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- PDB-5zqh: Crystal structure of Streptococcus transcriptional regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zqh
タイトルCrystal structure of Streptococcus transcriptional regulator
要素PadR family transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Bacteria / PadR / antibiotic resistance / regulator / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PadR family transcriptional regulator / Transcriptional regulator, PadR family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kim, M. / Hong, M.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2015R1D1A1A01057574 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structure-based functional analysis of a PadR transcription factor from Streptococcus pneumoniae and characteristic features in the PadR subfamily-2.
著者: Lee, C. / Kim, M.I. / Park, J. / Oh, H. / Kim, J. / Hong, J. / Jeon, B.Y. / Ka, H. / Hong, M.
履歴
登録2018年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.22023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PadR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8791
ポリマ－11,8791
非ポリマー00
水28816
1
A: PadR family transcriptional regulator

A: PadR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7572
ポリマ－23,7572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2690 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area11550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.301, 30.612, 51.481
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.890, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PadR family transcriptional regulator / putative PadR-like protein


分子量: 11878.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A229FJD3, UniProt: A5M9R0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 4026 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 2.556 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.443.10.0752000.9940.0510.0913.002100
2.44-2.4930.0632120.9950.0440.0772.999.5
2.49-2.533.10.0621800.9940.0430.0762.62798.9
2.53-2.5930.0582310.9920.0410.0712.87499.6
2.59-2.6430.0541820.9960.0370.0652.8399.5
2.64-2.72.90.0561990.990.040.0692.80698.5
2.7-2.7730.0542140.9950.0370.0662.81499.5
2.77-2.8530.0491890.9950.0340.062.69999
2.85-2.9330.0482040.9940.0340.0592.64699
2.93-3.0230.0451980.9960.0310.0552.597100
3.02-3.133.10.0452120.9950.030.0542.89699.1
3.13-3.262.90.0431980.9970.030.0522.75100
3.26-3.4130.0372200.9970.0260.0462.346100
3.41-3.5830.0371880.9960.0260.0452.38999.5
3.58-3.812.90.0372140.9950.0260.0462.28799.1
3.81-4.130.0351970.9960.0240.0422.4598.5
4.1-4.5230.0311990.9970.0210.0381.83895.2
4.52-5.172.80.0312040.9970.0220.0391.93996.2
5.17-6.512.90.032070.9970.0210.037298.6
6.51-502.70.0351780.9930.0250.0432.20978.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4esf

4esf


解像度: 2.4→40.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.865 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.962 / ESU R Free: 0.344 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2982 203 5 %RANDOM
Rwork0.2909 ---
obs0.2912 3820 97.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 36.56 Å2 / Biso mean: 10.43 Å2 / Biso min: 4.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å2-1.79 Å2
2--4.12 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→40.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数827 0 0 16 843
Biso mean---20.69 -
残基数----101
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.561.9731127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.235599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg45.97524.88443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.15615158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.513156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021633
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 19 -
Rwork0.3 288 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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