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- PDB-5zoj: Crystal structure of human SMAD2-MAN1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zoj
タイトルCrystal structure of human SMAD2-MAN1 complex
要素
  • Inner nuclear membrane protein Man1
  • Mothers against decapentaplegic homolog 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcription / Complex / TGF-beta signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


zygotic specification of dorsal/ventral axis / regulation of binding / homomeric SMAD protein complex / paraxial mesoderm morphogenesis / activin responsive factor complex / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / nodal signaling pathway / SMAD protein complex / endoderm formation ...zygotic specification of dorsal/ventral axis / regulation of binding / homomeric SMAD protein complex / paraxial mesoderm morphogenesis / activin responsive factor complex / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / nodal signaling pathway / SMAD protein complex / endoderm formation / heteromeric SMAD protein complex / co-SMAD binding / Depolymerization of the Nuclear Lamina / odontoblast differentiation / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / secondary palate development / Nuclear Envelope Breakdown / nuclear envelope organization / pericardium development / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / embryonic foregut morphogenesis / primary miRNA processing / transforming growth factor beta receptor binding / Germ layer formation at gastrulation / pulmonary valve morphogenesis / type I transforming growth factor beta receptor binding / Formation of definitive endoderm / signal transduction involved in regulation of gene expression / activin receptor signaling pathway / SMAD protein signal transduction / negative regulation of activin receptor signaling pathway / Signaling by Activin / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Formation of axial mesoderm / positive regulation of BMP signaling pathway / U1 snRNP binding / Signaling by NODAL / response to cholesterol / embryonic cranial skeleton morphogenesis / RHOD GTPase cycle / I-SMAD binding / pancreas development / aortic valve morphogenesis / insulin secretion / RND1 GTPase cycle / nuclear inner membrane / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / anterior/posterior pattern specification / ureteric bud development / endocardial cushion morphogenesis / organ growth / adrenal gland development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / SMAD binding / R-SMAD binding / mesoderm formation / negative regulation of BMP signaling pathway / RHOG GTPase cycle / anatomical structure morphogenesis / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / phosphatase binding / cell fate commitment / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / gastrulation / RAC1 GTPase cycle / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / post-embryonic development / cellular response to glucose stimulus / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / lung development / tau protein binding / chromatin DNA binding / disordered domain specific binding / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / cell population proliferation / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Ub-specific processing proteases / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
MAN1, RNA recognition motif / MAN1, winged-helix domain / Man1/Src1, C-terminal / Man1-Src1p-C-terminal domain / Tumour Suppressor Smad4 - #10 / LEM domain / LEM domain / LEM domain profile. / in nuclear membrane-associated proteins / LEM/LEM-like domain superfamily ...MAN1, RNA recognition motif / MAN1, winged-helix domain / Man1/Src1, C-terminal / Man1-Src1p-C-terminal domain / Tumour Suppressor Smad4 - #10 / LEM domain / LEM domain / LEM domain profile. / in nuclear membrane-associated proteins / LEM/LEM-like domain superfamily / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / SMAD/FHA domain superfamily / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mothers against decapentaplegic homolog 2 / Inner nuclear membrane protein Man1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.794 Å
データ登録者Miyazono, K. / Ohno, Y. / Ito, T. / Tanokura, M.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science15K14708 日本
Japan Society for the Promotion of Science17K19581 日本
Japan Society for the Promotion of Science23228003 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for receptor-regulated SMAD recognition by MAN1
著者: Miyazono, K.I. / Ohno, Y. / Wada, H. / Ito, T. / Fukatsu, Y. / Kurisaki, A. / Asashima, M. / Tanokura, M.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mothers against decapentaplegic homolog 2
B: Mothers against decapentaplegic homolog 2
C: Mothers against decapentaplegic homolog 2
D: Inner nuclear membrane protein Man1
E: Inner nuclear membrane protein Man1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4965
ポリマ－97,4965
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area35420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.813, 176.813, 73.854
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain D and (resid 762 through 866 or resid 878 through 888))
21chain E
12(chain A and resid 272 through 456)
22chain B
32(chain C and resid 272 through 456)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERLEULEU(chain D and (resid 762 through 866 or resid 878 through 888))DD762 - 8664 - 108
121ALAALASERSER(chain D and (resid 762 through 866 or resid 878 through 888))DD878 - 888120 - 130
211SERSERSERSERchain EEE762 - 8884 - 130
112ALAALAMETMET(chain A and resid 272 through 456)AA272 - 45614 - 198
212ALAALAMETMETchain BBB272 - 45614 - 198
312ALAALAMETMET(chain C and resid 272 through 456)CC272 - 45614 - 198

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Mothers against decapentaplegic homolog 2 / Mothers against DPP homolog 2 / JV18-1 / Mad-related protein 2 / hMAD-2 / SMAD family member 2 / hSMAD2


分子量: 22518.482 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 262-458 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMAD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15796
#2: タンパク質 Inner nuclear membrane protein Man1 / LEM domain-containing protein 3


分子量: 14970.151 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 762-890 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2U8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: 0.1M acetate, 7.5% PEG4000, 10% 2-propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→45.55 Å / Num. obs: 31950 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 63.69 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 171576
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.79-2.943.61.08844710.5310.6151.25792.8
8.83-45.555.40.07110400.9940.0320.07994.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.29データスケーリング
PHENIX1.12rc2_2821: ???精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.794→42.469 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 30.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2692 2818 4.82 %
Rwork0.2419 --
obs0.2433 31934 91.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 190.66 Å2 / Biso mean: 78.4638 Å2 / Biso min: 28.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.794→42.469 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6383 0 0 0 6383
残基数----801
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026549
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5748889
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044954
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051150
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0293871
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11D1056X-RAY DIFFRACTION13.439TORSIONAL
12E1056X-RAY DIFFRACTION13.439TORSIONAL
21A2601X-RAY DIFFRACTION13.439TORSIONAL
22B2601X-RAY DIFFRACTION13.439TORSIONAL
23C2601X-RAY DIFFRACTION13.439TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.794-2.84220.38271070.36972233234071
2.8422-2.89380.35941240.34932640276488
2.8938-2.94950.36881290.35082719284888
2.9495-3.00970.34021220.35272745286791
3.0097-3.07510.34331240.35452822294691
3.0751-3.14660.35071760.30922803297994
3.1466-3.22530.33391310.2942815294692
3.2253-3.31240.32391650.27152808297393
3.3124-3.40990.28271770.26782826300393
3.4099-3.51990.29281310.25522775290692
3.5199-3.64560.30141540.23672841299594
3.6456-3.79150.26491520.22772813296593
3.7915-3.96390.22921460.22722844299093
3.9639-4.17280.19871350.21022863299893
4.1728-4.43390.23711310.19832865299694
4.4339-4.77590.23471630.19292827299094
4.7759-5.25570.24221110.19312838294993
5.2557-6.01440.29291330.24122888302194
6.0144-7.57050.26231810.24872809299094
7.5705-42.4740.24491260.22942874300093
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.37040.6817-2.96212.35060.02664.1525-0.15520.6937-0.082-0.43350.01770.2245-0.1633-1.06330.1590.29590.03020.03160.6307-0.05690.450260.014-43.8084-6.6652
24.2250.5209-1.79815.33791.65932.2053-0.06070.4870.3738-0.32790.2319-0.1553-0.6423-0.0312-0.14060.4121-0.0594-0.00840.37630.06570.363471.5679-44.2675-5.5355
37.78990.07175.96824.82091.08518.66910.1450.1165-0.91360.40220.2198-0.17710.27760.3958-0.34090.4211-0.02220.12810.36430.10940.171372.3131-53.0749-2.7713
43.40160.51520.52872.88120.3063.72390.11960.0267-0.26480.4623-0.21980.53940.2346-0.71420.06780.4348-0.12160.08240.4853-0.03720.492359.6272-58.87971.6295
53.0124-1.73130.55644.5113-0.16221.59860.3855-0.56850.82880.4373-0.14861.4322-0.2133-0.3853-0.26780.5184-0.08570.21010.64410.00970.941648.5559-49.62612.1093
67.7052-0.13072.06254.7296-0.35061.28390.1823-0.38360.38630.5332-0.10970.813-0.1325-0.2297-0.11140.4449-0.06270.18360.5064-0.02350.454858.301-47.23054.3021
74.98812.1822-2.56196.41510.23272.23910.00630.37960.7158-0.6696-0.14450.9322-0.1391-0.3560.02490.3953-0.0062-0.07480.47120.08630.550375.1842-24.5514-6.9533
85.4831-1.6104-2.7947.0792.32782.75320.13030.39950.4456-0.0097-0.10790.4219-0.4856-0.7351-0.13020.4662-0.0578-0.09540.48690.05140.640882.7129-18.6619-5.684
93.2741.58920.99553.7318-0.69960.6863-0.28470.4552-0.0622-0.4620.2383-0.25690.12360.08220.01090.5469-0.10410.07090.4415-0.04270.388194.1544-27.5347-8.7299
102.63410.94150.92596.98971.61330.2907-0.27570.1912-0.4436-0.06990.2086-0.21040.0740.18580.07090.5174-0.03850.05470.5412-0.09970.350490.6277-41.1192-10.2462
113.3091-0.5351-1.03325.55331.47510.9980.0078-0.10850.18590.4901-0.04650.33830.01970.17890.0710.4177-0.09690.05580.42220.05250.176186.144-35.05-3.8658
125.3601-1.0524-1.29017.2579-3.69648.4806-0.0439-0.18571.08670.13330.04241.3411-0.4025-0.2449-0.320.50040.0020.02610.4302-0.03331.124361.0347-26.3505-0.6477
138.63-0.1742-0.49516.9726-1.25562.70370.05850.66550.05770.2286-0.00771.9460.132-0.25160.03250.614-0.0251-0.1940.5894-0.04691.519551.2062-29.1274-6.6325
142.2327-3.4785-1.59176.99911.39015.75880.2412-0.66510.021.1172-0.10661.89950.32040.4395-0.06570.7403-0.06850.35530.6418-0.06531.204454.2777-34.718910.408
156.49898.8551-5.60132.0387-7.04958.0964-0.36690.51382.5657-1.32120.71993.99960.4243-1.6751-0.98160.85630.13270.16450.6108-0.02272.777947.4904-20.8738-3.979
163.21942.5097-0.53761.9557-0.32913.40470.48040.6080.24140.5065-0.22912.5306-0.6554-0.1143-0.19350.7484-0.10080.20630.4274-0.05022.319550.4526-13.54622.1194
172.86751.4696-0.99132.4021.03511.40490.00910.19891.75750.09740.12631.8793-0.5392-0.173-0.22450.7532-0.03870.10740.62760.03782.052859.4613-8.27010.8461
183.72881.3789-1.27696.506-2.06773.72520.2934-0.19851.23390.4997-0.28831.2566-0.4586-0.1981-0.09970.5442-0.03810.06680.5125-0.11621.371861.9077-16.18183.4707
199.65853.464-0.0243.2886-1.84371.66740.0388-0.8922-0.99290.6499-0.8727-0.90060.11720.4590.68030.61840.01920.03730.70480.1380.718564.4169-70.8163.8675
202.88390.73291.85882.97413.42656.13142.3649-0.86681.57532.0287-1.50411.1809-0.6483-0.0993-0.87561.132-0.18080.17930.88580.10580.756553.8534-67.129516.8775
215.12361.5262-2.72147.5239-5.15557.5754-0.00350.33920.0576-0.3738-0.05050.37050.0529-0.71940.17550.4266-0.0235-0.07620.4893-0.03480.457652.9878-77.9734-2.8736
227.64962.39690.48076.59771.35918.7570.3865-0.1827-1.1426-0.16540.4722-0.26090.70561.1207-0.60940.5083-0.10460.11560.66450.11460.995260.0931-83.7368-0.9716
238.91842.3104-0.79353.1113-4.19876.8744-0.3385-0.2545-0.6860.0192-0.05240.0183-0.37230.08970.16390.5727-0.04560.02240.60810.05230.792553.4756-81.66662.1447
243.89611.481-0.42428.4281.7631.66920.0791-0.4476-0.361-0.0385-0.2533-0.65360.21950.35080.12560.4523-0.02590.00620.57380.1940.53155.3725-76.31198.1731
253.26213.42222.57284.05123.68954.45160.3257-0.14730.01950.2173-0.43380.8742-0.523-0.38780.41380.4247-0.0041-0.00470.63180.14790.942841.1468-82.8086.5345
262.9011.63052.3314.3081-0.1452.60040.443-0.6941-0.9987-0.4003-0.4929-1.08620.74680.28030.08230.73230.01830.00940.62110.251.173652.0697-91.60336.239
275.35113.9669-3.43523.3679-2.0942.9046-0.291-0.3706-0.5821-0.0786-0.0778-0.90790.0140.83480.39160.6347-0.09990.04770.5891-0.09760.6994106.3512-25.4408-4.5189
286.53630.70563.44387.1958-0.64994.4882-0.44651.01860.0179-1.41570.0152-0.91580.23961.00170.38380.8131-0.11890.36990.82880.01670.7358113.3062-19.8856-18.1015
295.01480.4133-1.55415.6139-2.27551.75130.16720.11260.1528-0.7735-0.2239-0.62180.30060.5110.14120.655-0.08620.19880.6859-0.03930.5689111.742-25.3-13.461
301.3248-2.3062-0.24864.04830.49190.5413-0.6613-0.62680.6480.80990.2794-2.2810.90191.09570.23470.74820.10130.35321.17350.3551.0426125.3686-20.4678-16.1771
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 270 through 280 )A270 - 280
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 281 through 322 )A281 - 322
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 323 through 341 )A323 - 341
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 342 through 380 )A342 - 380
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 381 through 418 )A381 - 418
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 419 through 456 )A419 - 456
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 272 through 322 )B272 - 322
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 323 through 341 )B323 - 341
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 342 through 380 )B342 - 380
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 381 through 418 )B381 - 418
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 419 through 456 )B419 - 456
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 271 through 289 )C271 - 289
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 290 through 312 )C290 - 312
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 313 through 331 )C313 - 331
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 332 through 341 )C332 - 341
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 342 through 365 )C342 - 365
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 366 through 418 )C366 - 418
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 419 through 456 )C419 - 456
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 762 through 771 )D762 - 771
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 772 through 781 )D772 - 781
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 782 through 801 )D782 - 801
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 802 through 813 )D802 - 813
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 814 through 833 )D814 - 833
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 834 through 865 )D834 - 865
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 866 through 874 )D866 - 874
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 875 through 888 )D875 - 888
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 762 through 781 )E762 - 781
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 782 through 825 )E782 - 825
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 826 through 865 )E826 - 865
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 866 through 888 )E866 - 888

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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