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万見
- PDB-5zoh: Crystal structure of a far-red light-absorbing form of AnPixJg2_B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zoh
タイトルCrystal structure of a far-red light-absorbing form of AnPixJg2_BV4 in complex with biliverdin
要素Methyl-accepting chemotaxis protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Photoreceptor / Cyanobacteriochrome / Complex / Tetrapyrrole / Biliverdin
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. ...Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / Methyl-accepting chemotaxis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Miyazaki, T. / Fushimi, K. / Narikawa, R.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and Technology 日本
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Rational conversion of chromophore selectivity of cyanobacteriochromes to accept mammalian intrinsic biliverdin.
著者: Fushimi, K. / Miyazaki, T. / Kuwasaki, Y. / Nakajima, T. / Yamamoto, T. / Suzuki, K. / Ueda, Y. / Miyake, K. / Takeda, Y. / Choi, J.H. / Kawagishi, H. / Park, E.Y. / Ikeuchi, M. / Sato, M. / Narikawa, R.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3163
ポリマ－22,6411
非ポリマー6752
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9950 Å2
2
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子

A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6326
ポリマ－45,2832
非ポリマー1,3494
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area17260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.957, 60.650, 55.475
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein / Cyanobacteriochrome


分子量: 22641.479 Da / 分子数: 1 / 変異: H293Y, F308T, H318Y, I336V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: all1069 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q8YXY7
#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 26% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate
PH範囲: 6.0-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 27039 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 2737 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W2Z

3w2z


解像度: 1.6→31.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 1.881 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24075 1346 5 %RANDOM
Rwork0.20607 ---
obs0.20785 25495 97.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.308 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→31.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1417 0 49 89 1555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021519
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0831.9652071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88533234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1885181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.99524.38473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.12915252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.113158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.02371
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1622.425703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1362.42702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5013.62879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4993.624880
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4122.714816
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4022.714816
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9263.9421189
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.17620.3871912
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.11920.271892
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 111 -
Rwork0.258 1885 -
obs--99.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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