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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5znm | ||||||
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Title | Colicin D Central Domain and C-terminal tRNase domain | ||||||
![]() | Colicin-D | ||||||
![]() | ANTIBIOTIC / Colicin / bacteriocin / tRNAse / membrane translocation. | ||||||
Function / homology | ![]() extrachromosomal circular DNA / RNA nuclease activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, J.W. / Sato, Y. / Ogawa, T. / Arakawa, T. / Fukai, S. / Fushinobu, S. / Masaki, H. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of the central and the C-terminal RNase domains of colicin D implicated its translocation pathway through inner membrane of target cell Authors: Chang, J.W. / Sato, Y. / Ogawa, T. / Arakawa, T. / Fukai, S. / Fushinobu, S. / Masaki, H. #1: ![]() Title: Relation between tRNase activity and the structure of colicin D according to X-ray crystallography. Authors: Yajima, S. / Nakanishi, K. / Takahashi, K. / Ogawa, T. / Hidaka, M. / Kezuka, Y. / Nonaka, T. / Ohsawa, K. / Masaki, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 287.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 232.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 466.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 479.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 41609.973 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.1 % / Description: pillar |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 2.5% v/v Polyethylene glycol 400, 2.2 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 24, 2015 / Details: horizontal two step focusing |
Radiation | Monochromator: liquid nitrogen-cooled Si double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 63995 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 5.1 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.441 / % possible all: 93.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→44.842 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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