+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5znm | ||||||
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Title | Colicin D Central Domain and C-terminal tRNase domain | ||||||
Components | Colicin-D | ||||||
Keywords | ANTIBIOTIC / Colicin / bacteriocin / tRNAse / membrane translocation. | ||||||
Function / homology | Function and homology information extrachromosomal circular DNA / RNA nuclease activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Chang, J.W. / Sato, Y. / Ogawa, T. / Arakawa, T. / Fukai, S. / Fushinobu, S. / Masaki, H. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: J. Biochem. / Year: 2018 Title: Crystal structure of the central and the C-terminal RNase domains of colicin D implicated its translocation pathway through inner membrane of target cell Authors: Chang, J.W. / Sato, Y. / Ogawa, T. / Arakawa, T. / Fukai, S. / Fushinobu, S. / Masaki, H. #1: Journal: Biochem. Biophys. Res. Commun. / Year: 2004 Title: Relation between tRNase activity and the structure of colicin D according to X-ray crystallography. Authors: Yajima, S. / Nakanishi, K. / Takahashi, K. / Ogawa, T. / Hidaka, M. / Kezuka, Y. / Nonaka, T. / Ohsawa, K. / Masaki, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5znm.cif.gz | 287.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5znm.ent.gz | 232.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5znm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/5znm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/5znm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41609.973 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K-12 W1485 / Gene: cda, colD / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): W3110 / References: UniProt: P17998 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.1 % / Description: pillar |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 2.5% v/v Polyethylene glycol 400, 2.2 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 24, 2015 / Details: horizontal two step focusing |
Radiation | Monochromator: liquid nitrogen-cooled Si double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 63995 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 5.1 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.441 / % possible all: 93.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.85→44.842 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 20.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→44.842 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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