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万見
- PDB-5zmn: Sulfur binding domain and SRA domain of ScoMcrA complexed with ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zmn
タイトルSulfur binding domain and SRA domain of ScoMcrA complexed with phosphorothioated DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*(GS)P*CP*CP*GP*GP*G)-3')
  • Uncharacterized protein McrA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Type IV restriction endonuclease / DNA Phosphorothioation / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性HNH endonuclease / HNH endonuclease / HNH nucleases / HNH nuclease / endonuclease activity / nucleic acid binding / zinc ion binding / DNA / HNH nuclease domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
Streptomyces lividans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Liu, G. / Fu, W. / Zhang, Z. / He, Y. / Yu, H. / Zhao, Y. / Deng, Z. / Wu, G. / He, X.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31670034 中国
National Science Foundation (China)31470223 中国
National Science Foundation (China)31670106 中国
National Science Foundation (China)31130068 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the recognition of sulfur in phosphorothioated DNA.
著者: Liu, G. / Fu, W. / Zhang, Z. / He, Y. / Yu, H. / Wang, Y. / Wang, X. / Zhao, Y. / Deng, Z. / Wu, G. / He, X.
履歴
登録2018年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein McrA
B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*(GS)P*CP*CP*GP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*(GS)P*CP*CP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0157
ポリマ－45,6303
非ポリマー3844
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area17910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.340, 122.340, 313.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein McrA


分子量: 39504.258 Da / 分子数: 1 / 断片: SBD-SRA domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO4631 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L0M9
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*(GS)P*CP*CP*GP*GP*G)-3')


分子量: 3063.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptomyces lividans (バクテリア)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.87 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M CAPS buffer, pH 10.5, 0.2M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→113.98 Å / Num. obs: 34877 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化解像度: 3.29→113.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.821 / SU B: 20.896 / SU ML: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.595 / ESU R Free: 0.394
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2878 943 5.1 %RANDOM
Rwork0.2507 ---
obs0.2526 17670 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 213.46 Å2 / Biso mean: 116.972 Å2 / Biso min: 50 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.78 Å2-0 Å20 Å2
2--3.78 Å2-0 Å2
3----7.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.29→113.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2523 404 20 3 2950
Biso mean--125.79 75.57 -
残基数----344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0183061
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.022581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7921.8284253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21635953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.325323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.93522.742124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.93515388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7021527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02689
LS精密化 シェル解像度: 3.285→3.37 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 74 -
Rwork0.381 1243 -
all-1317 -
obs--97.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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