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- PDB-5zlh: Crystal structure of Mn-ProtoporphyrinIX-reconstituted P450BM3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zlh
タイトルCrystal structure of Mn-ProtoporphyrinIX-reconstituted P450BM3
要素Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding ...aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MANGANESE PROTOPORPHYRIN IX / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Omura, K. / Aiba, Y. / Onoda, H. / Sugimoto, H. / Shoji, O. / Watanabe, Y.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR15P3 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)17H03087 日本
引用ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2018
タイトル: Reconstitution of full-length P450BM3 with an artificial metal complex by utilising the transpeptidase Sortase A.
著者: Omura, K. / Aiba, Y. / Onoda, H. / Stanfield, J.K. / Ariyasu, S. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Shoji, O. / Watanabe, Y.
履歴
登録2018年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
C: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
D: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,1408
ポリマ－208,6784
非ポリマー2,4624
水00
1
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7852
ポリマ－52,1691
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7852
ポリマ－52,1691
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7852
ポリマ－52,1691
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7852
ポリマ－52,1691
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.760, 155.320, 208.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase


分子量: 52169.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: BTA37_15100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A1Q8UP87, UniProt: P14779*PLUS, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase
#2: 化合物
ChemComp-MNH / MANGANESE PROTOPORPHYRIN IX


分子量: 615.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32MnN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.61 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M magnesium chloride, 12% PEG 3350, 0.1 M MES buffer (pH 6.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1.75 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.75 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 24522 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 47.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.144 / Χ2: 0.885 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 180735
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
3.4-3.527.41.0824170.7380.4261.1620.991
3.52-3.667.40.76824150.830.3020.8260.963
3.66-3.837.40.53924100.9060.2110.5790.908
3.83-4.037.40.39724100.9170.1560.4271.144
4.03-4.287.40.23124570.9810.090.2480.766
4.28-4.617.40.14824250.9920.0580.1590.787
4.61-5.087.40.12324420.9920.0480.1320.773
5.08-5.817.40.12324610.9920.0480.1330.813
5.81-7.327.40.0924910.9960.0360.0970.837
7.32-507.10.04825940.9970.020.0520.878

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化解像度: 3.4→19.929 Å / SU ML: 0.65 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3462 1147 5.08 %
Rwork0.3103 --
obs0.3121 22572 95.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 164.1 Å2 / Biso mean: 42.8864 Å2 / Biso min: 1.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→19.929 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14550 0 172 0 14722
Biso mean--20.93 --
残基数----1804
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4001-3.5540.3761930.39151765185864
3.554-3.74020.49061490.42922744289398
3.7402-3.97280.4811590.39127442903100
3.9728-4.27670.36151510.335527962947100
4.2767-4.7020.31771480.290127972945100
4.702-5.37070.27371560.28528012957100
5.3707-6.72310.3441540.297828402994100
6.7231-19.9290.22311370.201329383075100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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