PDB-5zkn: Structure of N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase from Fus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zkn

タイトル

Structure of N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase from Fusobacterium nucleatum

要素

Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / Sialic acid catabolic pathway Epimerase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase / N-acetylmannosamine catabolic process / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.205 Å

データ登録者

Manjunath, L.

資金援助

インド, 3件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structures and kinetic analyses of N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerases from Fusobacterium nucleatum and Vibrio cholerae
著者: Manjunath, L. / Guntupalli, S.R. / Currie, M.J. / North, R.A. / Dobson, R.C.J. / Nayak, V. / Subramanian, R.

履歴

登録	2018年3月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zkn.cif.gz	103 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zkn.ent.gz	78.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zkn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/5zkn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/5zkn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zjbC 5zjnC 5zjpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5la2-2 4qbh-d 4y6u-1 6gcd-d 5la2-1 5xev-d 3v48-d 6gcf-d 5z4h-d 2dza-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase

ヘテロ分子

27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase

ヘテロ分子

A: Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
54 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.515, 75.347, 135.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase / ManNAc-6-P epimerase 分子量: 26928.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア) 株: ATCC 25586 / 遺伝子: nanE, FN1476 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8RDN5, N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 20% PEG 3350, 0,1M MES pH5.2, 0.4M MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.21→44.85 Å / Num. obs: 12687 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 49.38 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 80912 / Scaling rejects: 10

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.21-2.27	6.4	0.7	6997	1086	0.783	0.297	0.761	2.8	99
9.09-44.85	5	0.044	1075	213	0.997	0.02	0.048	32.4	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
Aimless	0.5.29	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.205→38.82 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2326	644	5.08 %
R_work	0.183	12034	-
obs	0.1856	12678	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 153.11 Å² / B_iso mean: 66.5271 Å² / B_iso min: 32.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.205→38.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1745	0	2	29	1776
B_iso mean	-	-	80.76	54.64	-
残基数	-	-	-	-	225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1769
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.905	2386
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	283
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	301
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.557	1097

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2052-2.3755	0.329	119	0.2684	2360	2479	99
2.3755-2.6145	0.2566	134	0.2324	2359	2493	100
2.6145-2.9927	0.297	133	0.2161	2392	2525	100
2.9927-3.77	0.2607	134	0.1907	2395	2529	100
3.77-38.8258	0.1866	124	0.1539	2528	2652	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.1858	1.2063	2.0319	3.9789	0.5359	4.1593	-0.1202	-0.1681	-0.2193	0.214	-0.0727	0.2826	0.0525	-0.117	0.1599	0.3942	0.0222	0.0742	0.3836	-0.031	0.2673	-10.3376	-5.7435	-12.9457
2	4.177	0.1329	-0.6278	4.2364	0.6865	3.5931	-0.1941	0.1475	-1.4022	0.1837	0.0032	0.4579	0.6287	0.0453	0.1712	0.3857	0.028	0.074	0.4391	-0.0535	0.7283	-12.2208	-21.3491	-15.2061
3	8.9095	5.053	3.2937	6.3504	2.536	6.203	-0.2417	1.0285	-0.7316	-0.3681	0.2562	0.0121	-0.0528	0.1771	-0.0209	0.3826	0.036	0.0182	0.6461	-0.1429	0.4547	-11.5155	-10.469	-27.0406
4	4.174	3.7097	-4.3867	6.5117	-3.8073	4.6035	-0.6477	1.2856	-0.9948	-0.8269	0.238	-0.8194	0.8632	-0.744	0.391	0.5267	0.0571	0.0331	0.5912	-0.1116	0.3573	9.2682	-2.8216	-23.958

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 40 )	A	1 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 41 through 173 )	A	41 - 173
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 174 through 211 )	A	174 - 211
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 212 through 224 )	A	212 - 224

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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