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- PDB-5zjp: Structure of N-acetylmannosamine-6-phosphate-2-epimerase from Vib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zjp
タイトルStructure of N-acetylmannosamine-6-phosphate-2-epimerase from Vibrio cholerae with N-acetylglucosamine-6-phosphate
要素Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase
キーワードISOMERASE / Sialic acid Catabolism Pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmannosamine catabolic process / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase / N-acylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase activity / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate epimerase / Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate epimerase / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / N-acetyl-D-glucosamine-6-phosphate / : / Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Manjunath, L. / Guntupalli, S.R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
BT/IN/SWEDEN/41/SR/2013 インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structures and kinetic analyses of N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerases from Fusobacterium nucleatum and Vibrio cholerae
著者: Manjunath, L. / Guntupalli, S.R. / Currie, M.J. / North, R.A. / Dobson, R.C.J. / Nayak, V. / Subramanian, R.
履歴
登録2018年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase
B: Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6248
ポリマ－48,6012
非ポリマー1,0236
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.959, 70.653, 149.362
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 7:32 or resseq 34:35 or resseq...
21(chain B and (resseq 7:32 or resseq 34:35 or resseq...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq 7:32 or resseq 34:35 or resseq...A7 - 32
121(chain A and (resseq 7:32 or resseq 34:35 or resseq...A34 - 35
131(chain A and (resseq 7:32 or resseq 34:35 or resseq...A37 - 118
141(chain A and (resseq 7:32 or resseq 34:35 or resseq...A5 - 231
151(chain A and (resseq 7:32 or resseq 34:35 or resseq...A165 - 170
161(chain A and (resseq 7:32 or resseq 34:35 or resseq...A172 - 177
171(chain A and (resseq 7:32 or resseq 34:35 or resseq...A1
181(chain A and (resseq 7:32 or resseq 34:35 or resseq...A5 - 231
191(chain A and (resseq 7:32 or resseq 34:35 or resseq...A5 - 231
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1111(chain A and (resseq 7:32 or resseq 34:35 or resseq...A5 - 231
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2151(chain B and (resseq 7:32 or resseq 34:35 or resseq...B3 - 232

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase / ManNAc-6-P epimerase


分子量: 24300.412 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-236 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: nanE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2K2UT85, UniProt: Q9KR62*PLUS, N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase

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非ポリマー , 5種, 10分子

#2: 化合物 ChemComp-RFW / N-acetyl-D-glucosamine-6-phosphate


分子量: 299.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14NO9P
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2M Malonate, pH 5.0, 20% PEG 3350, 1M Malonate, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→49.79 Å / Num. obs: 15416 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 43.02 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 89562 / Scaling rejects: 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.66-2.795.30.4931002219000.8920.230.5452.494.3
8.82-49.795.20.05726134990.9950.0270.06418.899.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.66→40.945 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2753 736 4.79 %
Rwork0.2304 14623 -
obs0.2326 15359 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.76 Å2 / Biso mean: 45.4206 Å2 / Biso min: 22.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.66→40.945 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3359 0 66 4 3429
Biso mean--51.85 41.35 -
残基数----453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7714715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005611
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7062062
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1860X-RAY DIFFRACTION5.935TORSIONAL
12B1860X-RAY DIFFRACTION5.935TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.66-2.86540.34721510.29162787293896
2.8654-3.15360.33361280.25792875300399
3.1536-3.60970.23821630.244129053068100
3.6097-4.54690.2881410.213929633104100
4.5469-40.94960.24751530.211130933246100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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