PDB-5zj4: Guanine-specific ADP-ribosyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zj4

タイトル

Guanine-specific ADP-ribosyltransferase

要素

ADP-ribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / ADP-ribosyltransferase

機能・相同性

: / : / Scabin-like / glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / extracellular region / Guanine-specific ADP-ribosyl transferase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49739273546 Å

データ登録者

Yoshida, T. / Tsuge, H.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Substrate N2atom recognition mechanism in pierisin family DNA-targeting, guanine-specific ADP-ribosyltransferase ScARP.
著者: Yoshida, T. / Tsuge, H.

履歴

登録	2018年3月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zj4.cif.gz	344.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zj4.ent.gz	233 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zj4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/5zj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/5zj4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5zj5C 5dazS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1qu0-4 1juq-1 2h0b-4 7k62-1 5zj5-2 4j4m-1 5zj5-1 4oy8-d 5vpi-2 3a2g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ADP-ribosyltransferase

B: ADP-ribosyltransferase

C: ADP-ribosyltransferase

D: ADP-ribosyltransferase

ヘテロ分子

73.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ADP-ribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
18.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ADP-ribosyltransferase

登録者が定義した集合体
18.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ADP-ribosyltransferase

登録者が定義した集合体
18.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: ADP-ribosyltransferase

登録者が定義した集合体
18.4 kDa, 1 ポリマー
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5

A: ADP-ribosyltransferase

C: ADP-ribosyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 2 ポリマー
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6

B: ADP-ribosyltransferase

D: ADP-ribosyltransferase

ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.048, 51.185, 94.972
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.238, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	ADP-ribosyltransferase / ScARP 分子量: 18449.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア) 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO5461 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star(DE3) / 参照: UniProt: Q9L1E4
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium acetate, MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.497→35.64 Å / Num. obs: 129121 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 16.0987183424 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.03967 / R_rim(I) all: 0.1062 / Net I/σ(I): 18.28
反射シェル	解像度: 1.497→1.551 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 12711 / CC_1/2: 0.778 / R_pim(I) all: 0.3365 / R_rim(I) all: 0.9033 / % possible all: 98.73

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	1.11.1_2575	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DAZ

5daz

解像度: 1.49739273546→35.6366172625 Å / SU ML: 0.142318560512 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34703921045 / 位相誤差: 17.3725870697

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.185018908122	1978	1.53201508779 %
R_work	0.162358975402	-	-
obs	0.162708839954	129111	99.8584621096 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.7960350711 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49739273546→35.6366172625 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5160	0	8	542	5710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0153858881189	5478
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.35936417447	7510
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.111792802887	757
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0103948588852	1007
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.84785469556	3182

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4974-1.5348	0.271994986063	141	0.229329801476	8866	X-RAY DIFFRACTION	98.2117544434
1.5348-1.5763	0.211760846817	131	0.200913938154	9015	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5763-1.6227	0.207894051478	137	0.174336634128	9025	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6227-1.6751	0.197229863607	147	0.167290810957	9020	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6751-1.735	0.200001282883	133	0.159828209389	9072	X-RAY DIFFRACTION	99.989137519
1.735-1.8044	0.202042881158	149	0.163132361834	9072	X-RAY DIFFRACTION	99.9783150819
1.8044-1.8865	0.163285360032	136	0.15423114498	9057	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8865-1.986	0.165463833171	140	0.153464316532	9063	X-RAY DIFFRACTION	100
1.986-2.1104	0.195732029533	146	0.153269723391	9106	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1104-2.2733	0.171412714685	148	0.162720844203	9065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2733-2.5021	0.208978623393	143	0.168506701498	9107	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5021-2.864	0.178976386342	144	0.176907983924	9140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.864-3.6078	0.186790908664	150	0.163370607065	9147	X-RAY DIFFRACTION	99.978492311
3.6078-35.6467	0.167702030618	133	0.146658727571	9378	X-RAY DIFFRACTION	99.8635027299

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.82504196813	0.223226880106	0.494366465346	2.66288799349	0.562496389326	3.82602331983	0.00379260570246	0.0277574504901	-0.23620442052	0.0187861035809	-0.00870701660673	0.123746813732	0.469878832149	0.243265508105	0.0106148684933	0.21633114882	-0.00515962392459	0.0379828179001	0.128236198569	-0.016337772897	0.224712923579	48.1786257332	-22.0244728274	98.563390555
2	0.380453664311	-0.494135899228	-0.608834637489	1.54984410963	1.01192999987	0.987695411154	-0.141478624332	0.49356351217	-0.557270266842	-0.297138185272	-0.252724286492	0.437862496904	0.0419742683142	-0.417555396226	0.095764716707	0.225559194963	-0.0282718984471	-0.0570506870154	0.275137365986	-0.0721929790808	0.181916873065	45.487916081	-15.12798768	84.7635022772
3	0.842037897411	-0.0217834360942	-0.657016887142	1.06063072878	0.306174026434	1.08572527434	-0.0128115382327	0.125115367121	-0.0532975970262	-0.0628453482507	-0.0399127667144	0.0367312189935	0.00855784217671	-0.0440970365538	0.0447848561161	0.139818112471	-0.0121271444001	-0.00806874132285	0.111067127754	-0.00873664962399	0.11250235177	48.4119671765	-7.36286201543	96.8916045612
4	2.03621177994	-0.715580880331	-2.21148697717	0.735053807553	0.774734360803	2.68002544771	0.081292824721	0.483618072542	-0.0137253531322	-0.160255588914	-0.0763680845868	0.0222947526155	-0.083572585588	-0.271153674051	-0.0225036828758	0.191383659793	0.00294295504328	-0.0113085934245	0.22997098388	-0.00964781772851	0.136007448857	47.1773554417	-7.32371614311	84.0723639002
5	1.14487780522	0.155698150911	-0.771207265796	0.345445958826	-0.248878112618	1.09404336875	0.0442618320629	0.237375143315	0.0819740369594	-0.0979743738488	0.0168321789865	-0.118310549349	0.0588826174314	-0.0436237435347	-0.0550982648202	0.182545375468	0.00221863021887	0.00941039363328	0.164815284246	0.00567700437866	0.148819344062	55.7420266689	-5.62279243233	85.7204646025
6	1.1977729179	0.156204899381	-0.0418753443167	1.26710507914	0.897437092082	1.00799189517	-0.0358945106302	0.0415470792803	0.0955638847179	-0.158453792155	0.0214554213232	0.0434404019174	-0.109729624186	0.104767873579	0.012088938281	0.142986574421	-0.0103617515373	-0.000296509855628	0.119653461668	0.0120193672525	0.0991076821598	54.604986868	-1.45867711811	100.714529369
7	3.70852396827	0.488574335381	-0.651627129994	2.62593707329	2.12191028954	2.30272494553	0.0299266474644	-0.0616827033793	0.112483368791	-0.256809270704	0.191673231628	-0.226275890498	-0.263929584638	0.369895724528	-0.115412627781	0.201196931369	-0.0139579152823	0.0442726857237	0.178023810478	-0.0267031287107	0.168152829386	65.04939039	-9.05576845503	90.388081207
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34	3.02320912321	0.474576312096	0.128689678402	0.319226640421	0.469291501645	0.985304229893	0.0816778200915	0.236093645057	0.0988067868995	-0.200084182554	-0.116559370804	0.111306779928	-0.0322359529426	-0.12214860403	0.0202105926643	0.178186214582	0.0412035377848	-0.0110827403623	0.152198412481	0.00440304257432	0.171421743024	18.6209792206	24.9620017433	92.953605351
35	1.90799968977	0.303293711321	0.164803623842	2.52217122042	0.120669631132	1.9532969694	0.0884037392364	0.174323149406	-0.0951483932434	-0.244958862457	-0.0417525435574	-0.138093725153	0.0451173309039	0.0636496281479	-0.0476798954051	0.152105972755	0.0135776852608	0.0225300995503	0.120076539572	-0.0062003030832	0.15915179559	35.4099089384	15.3754664918	94.823662097
36	2.54585922835	-0.0642866084001	0.458396882104	1.9571466376	-0.573334642858	1.30348488289	0.00765622898771	0.124631660046	0.659497538374	-0.0101241951742	-0.101158832274	-0.19803777509	-0.205735455062	-0.0207496493532	0.0561174199846	0.216546971347	0.0192760889604	0.00991854991708	0.132762595716	0.011430814728	0.250355263428	24.7344849838	34.4408346526	96.4322771799

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 45 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 93 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 94 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 107 through 123 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 124 through 148 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 149 through 159 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 160 through 181 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 182 through 193 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 194 through 204 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 45 through 54 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 55 through 78 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 79 through 93 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 94 through 106 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 107 through 123 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 124 through 141 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 142 through 168 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 169 through 181 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 182 through 193 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 194 through 204 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 45 through 93 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 94 through 106 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 107 through 123 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 124 through 141 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 142 through 168 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 169 through 204 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 45 through 54 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 55 through 78 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 79 through 93 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 94 through 106 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 107 through 123 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 124 through 141 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 142 through 159 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 160 through 181 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 182 through 193 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 194 through 204 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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