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- PDB-5zh6: Crystal structure of Parvalbumin SPV-II of Mustelus griseus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zh6
タイトルCrystal structure of Parvalbumin SPV-II of Mustelus griseus
要素Parvalbumin SPV-II
キーワードALLERGEN / food allergen / sea food allergy / Parvalbumin
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Parvalbumin / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...Parvalbumin / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mustelus griseus (シロザメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Yang, R.Q. / Chen, Y.L. / Jin, T.C. / Cao, M.J.
引用ジャーナル: J. Agric. Food Chem. / 年: 2018
タイトル: Purification, Characterization, and Crystal Structure of Parvalbumins, the Major Allergens in Mustelus griseus.
著者: Yang, R.Q. / Chen, Y.L. / Chen, F. / Wang, H. / Zhang, Q. / Liu, G.M. / Jin, T. / Cao, M.J.
履歴
登録2018年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parvalbumin SPV-II
B: Parvalbumin SPV-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,57810
ポリマ－23,0342
非ポリマー5458
水4,089227
1
A: Parvalbumin SPV-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8856
ポリマ－11,5171
非ポリマー3685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Parvalbumin SPV-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6934
ポリマ－11,5171
非ポリマー1763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.870, 41.800, 60.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Parvalbumin SPV-II


分子量: 11516.769 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mustelus griseus (シロザメ) / 参照: UniProt: A0A3F2YLV2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.3 M Ammonium Sulfate, 5% Ethylene Glycol, 0.1 mM HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 190 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 30489 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.5 % / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 16.22
反射 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 6.33 / Num. unique obs: 1776 / Rrim(I) all: 0.201 / % possible all: 77.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZGM

5zgm


解像度: 1.54→33.615 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2125 1558 5.11 %
Rwork0.1943 --
obs0.1953 30468 97.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→33.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1614 0 24 228 1866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141650
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2282227
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.567972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5402-1.58990.2531090.20412184X-RAY DIFFRACTION81
1.5899-1.64680.24181480.19212647X-RAY DIFFRACTION100
1.6468-1.71270.25891450.19772662X-RAY DIFFRACTION99
1.7127-1.79060.24771600.20152639X-RAY DIFFRACTION99
1.7906-1.8850.22221350.19162682X-RAY DIFFRACTION100
1.885-2.00310.21400.18282656X-RAY DIFFRACTION100
2.0031-2.15780.20081240.18322689X-RAY DIFFRACTION99
2.1578-2.37490.1861760.18282652X-RAY DIFFRACTION100
2.3749-2.71840.24351450.20642671X-RAY DIFFRACTION99
2.7184-3.42430.19751350.20142706X-RAY DIFFRACTION99
3.4243-33.62260.19751410.19442722X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.045 Å / Origin y: -15.1621 Å / Origin z: -16.336 Å
111213212223313233
T0.0892 Å20.0022 Å2-0.0006 Å2-0.1024 Å20.0117 Å2--0.1 Å2
L0.1219 °20.2135 °20.0944 °2-0.6363 °20.4436 °2--0.3507 °2
S-0.0098 Å °0.001 Å °-0.0011 Å °-0.0316 Å °0.0251 Å °-0.0384 Å °0.0024 Å °0.0154 Å °-0.0181 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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