PDB-5zfq: Crystal structure of PilT-4, a retraction ATPase motor of Type IV...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zfq

タイトル

Crystal structure of PilT-4, a retraction ATPase motor of Type IV pilus , from Geobacter sulfurreducens

要素

Twitching motility pilus retraction protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Type IV pilus / retraction ATPase / PilT-4

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter sulfurreducens PCA (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Thakur, K.G. / Kapoor, S. / Solanki, V.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the mechanism of Type IVa pilus extension and retraction ATPase motors
著者: Solanki, V. / Kapoor, S. / Thakur, K.G.

履歴

登録	2018年3月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zfq.cif.gz	291.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zfq.ent.gz	238 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zfq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zfq_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zfq_full_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示
XML形式データ	5zfq_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	5zfq_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/5zfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/5zfq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zfrC 3jvuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mi4-1 6d72-1 6cy6-1 4mj8-1 6e1x-2 6e1x-1 4ygo-1 4ncz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Twitching motility pilus retraction protein

B: Twitching motility pilus retraction protein

87.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Twitching motility pilus retraction protein

B: Twitching motility pilus retraction protein

A: Twitching motility pilus retraction protein

B: Twitching motility pilus retraction protein

A: Twitching motility pilus retraction protein

B: Twitching motility pilus retraction protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
262 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.760, 181.760, 123.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-466- HOH

#1: タンパク質	Twitching motility pilus retraction protein 分子量: 43595.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens PCA (バクテリア) 株: PCA / 遺伝子: pilT-4, GSU1492 / プラスミド: pET-Duet 詳細 (発現宿主): TEV cleavable 6xHistidine tag and Kanamycin resistance marker 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q74D27
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Twitching motility pilus retraction protein

分子量: 43595.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Geobacter sulfurreducens PCA (バクテリア)
株: PCA / 遺伝子: pilT-4, GSU1492 / プラスミド: pET-Duet
詳細 (発現宿主): TEV cleavable 6xHistidine tag and Kanamycin resistance marker
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q74D27

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.0M succinic acid pH7.0 / PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年2月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→97.198 Å / Num. obs: 23914 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.32 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.11 / R_sym value: 0.101 / Net I/av σ(I): 6.9 / Net I/σ(I): 12.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
2.6-2.74	6.1	0.623	1.2	3439	0.267	0.68	0.623	98.6
2.74-2.91	6.3	0.428	1.8	3261	0.18	0.465	0.428	98.8
2.91-3.11	6.4	0.294	2.6	3075	0.122	0.32	0.294	99.1
3.11-3.36	6.4	0.175	4.3	2888	0.073	0.19	0.175	99.8
3.36-3.68	6.6	0.113	6.5	2689	0.047	0.123	0.113	100
3.68-4.11	6.6	0.079	8.7	2416	0.033	0.086	0.079	100
4.11-4.75	6.6	0.053	12.5	2168	0.022	0.058	0.053	99.8
4.75-5.81	6.6	0.056	11	1810	0.023	0.061	0.056	99.6
5.81-8.22	6.6	0.055	10.7	1413	0.022	0.06	0.055	99
8.22-22.72	6.4	0.027	20.7	755	0.011	0.029	0.027	94

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	37.61 Å
Translation	3.5 Å	37.61 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3JVU

3jvu

解像度: 2.6→22.72 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.98

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2436	1227	5.15 %
R_work	0.1905	-	-
obs	0.1934	23805	98.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.47 Å² / B_iso mean: 45.3822 Å² / B_iso min: 25.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→22.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5632	0	0	134	5766
B_iso mean	-	-	-	39.04	-
残基数	-	-	-	-	720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5735
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.234	7772
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	917
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1010
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.908	2190

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6-2.704	0.3527	144	0.2712	2459	2603	98
2.704-2.8268	0.3257	154	0.2547	2453	2607	98
2.8268-2.9755	0.3354	137	0.2484	2478	2615	98
2.9755-3.1615	0.3434	119	0.2527	2513	2632	99
3.1615-3.4049	0.3136	129	0.2109	2516	2645	99
3.4049-3.7461	0.2791	139	0.196	2524	2663	99
3.7461-4.285	0.1847	138	0.1609	2500	2638	99
4.285-5.3868	0.1734	120	0.1481	2564	2684	99
5.3868-22.7209	0.1948	147	0.1617	2571	2718	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4797	-0.3185	-1.0468	2.8159	-0.3052	3	-0.095	0.0703	-0.0546	-0.2126	0.0351	-0.055	0.131	0.0607	0.0004	0.3295	0.0042	-0.0195	0.3655	-0.0502	0.2976	30.8183	84.7224	32.8909
2	0.6496	0.2874	-0.2307	1.2216	0.0425	2.1619	-0.0852	-0.0513	-0.061	-0.0231	0.1464	-0.072	0.1316	0.3272	0	0.2943	0.0172	0.0133	0.3656	0.004	0.4382	15.0522	69.5591	50.6163
3	0.9668	-0.8643	-0.0678	0.5722	-0.0523	1.2687	-0.1418	0.1839	0.4203	0.2018	0.0375	-0.1603	-0.1373	-0.2053	0.0006	0.3534	-0.0304	-0.0412	0.3576	0.0271	0.4856	2.0902	78.5877	51.5593
4	0.4264	-0.3564	-0.296	0.5028	0.5004	0.2582	-0.0774	-0.3081	0.155	0.0047	0.0698	0.1383	-0.2093	0.2623	-0.0005	0.3797	-0.0349	0.0246	0.3986	-0.0759	0.4356	9.3451	81.5169	63.274
5	1.7252	0.9831	0.668	2.6134	-0.1151	1.2378	0.1427	-0.7576	-0.1027	0.3355	-0.2022	0.1719	0.2315	-0.006	-0.0004	0.3869	-0.0718	-0.0261	0.5034	-0.0456	0.336	12.4732	76.6377	69.2156
6	0.8725	-0.6723	0.2725	0.9186	-0.5631	1.7254	0.1989	-0.6665	-0.321	0.219	-0.1747	-0.2697	0.282	-0.2483	-0.0024	0.4895	0.0114	-0.0615	0.5969	0.0566	0.5088	28.4697	74.4013	73.9636
7	2.6123	-0.024	-0.0986	3.0458	-0.7779	2.2046	-0.0305	0.1783	-0.1484	-0.2446	-0.0421	-0.0734	0.1269	0.0297	0.0002	0.3647	-0.0079	0.0147	0.3612	-0.0516	0.309	32.9275	121.3741	32.9206
8	0.4	0.3964	-0.4202	2.3719	0.148	1.9016	0.0172	-0.0705	0.0298	0.0156	0.0207	-0.0861	-0.0649	0.2374	0.0002	0.3188	0.0327	-0.0192	0.3795	-0.0252	0.3698	36.0932	98.7853	49.9696
9	1.182	-0.4782	-0.5876	1.1666	0.8432	0.7784	-0.0891	0.0555	0.0463	0.2583	0.0134	0.5304	0.0022	-0.0392	-0	0.4229	-0.0147	0.0149	0.3617	-0.0343	0.4805	25.2707	98.4437	61.8963
10	1.5549	-0.3123	0.5175	1.1971	1.1443	1.3377	0.2081	-0.4428	0.0453	0.7396	-0.2987	-0.1339	0.1872	0.3531	0.0006	0.6464	-0.009	-0.0596	0.3714	-0.0008	0.3708	33.8262	103.8214	71.5098
11	0.2306	0.0135	-0.3447	0.0342	0.0493	0.1329	0.2669	-0.2586	-0.0626	0.4717	-0.194	-0.6584	0.6492	0.3552	0.0036	0.6735	-0.0207	-0.0855	0.4284	0.0217	0.4956	42.6393	108.2586	73.1188
12	0.4098	0.1315	0.1871	0.7456	0.1864	0.5759	-0.263	-0.2659	0.128	0.3108	0.0789	0.0569	-0.2886	0.0465	-0	0.4837	-0.0522	-0.052	0.5012	-0.039	0.3836	39.1178	119.4225	74.7475

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -6 through 100 )	A	-6 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 101 through 185 )	A	101 - 185
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 186 through 221 )	A	186 - 221
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 222 through 246 )	A	222 - 246
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 247 through 308 )	A	247 - 308
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 309 through 353 )	A	309 - 353
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid -6 through 100 )	B	-6 - 100
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 101 through 199 )	B	101 - 199
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 200 through 271 )	B	200 - 271
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 272 through 308 )	B	272 - 308
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 309 through 328 )	B	309 - 328
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 329 through 353 )	B	329 - 353

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)