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- PDB-5ze6: CRYSTAL STRUCTURE OF OCTAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE FROM ESCHE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ze6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF OCTAPRENYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE FROM ESCHERICHIA COLI WITH BPH-981
要素Octaprenyl diphosphate synthase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / PRENYLTRANSFERASE / SITE-DIRECTED MUTAGENESIS / PRODUCT CHAIN LENGTH / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-octaprenyl-diphosphate synthase activity / all-trans-octaprenyl-diphosphate synthase / polyprenol biosynthetic process / prenyltransferase activity / ubiquinone biosynthetic process / isoprenoid biosynthetic process / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-hydroxy-6-(tetradecyloxy)benzoic acid / Octaprenyl diphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Han, X. / Liu, W.D. / Zheng, Y.Y. / Ko, T.P. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of Lipophilic Bisphosphonates That Target Bacterial Cell Wall and Quinone Biosynthesis.
著者: Malwal, S.R. / Chen, L. / Hicks, H. / Qu, F. / Liu, W. / Shillo, A. / Law, W.X. / Zhang, J. / Chandnani, N. / Han, X. / Zheng, Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T. / AbdelKhalek, A. / Seleem, M.N. / Oldfield, E.
履歴
登録2018年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Octaprenyl diphosphate synthase
B: Octaprenyl diphosphate synthase
C: Octaprenyl diphosphate synthase
D: Octaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,7498
ポリマ－141,0004
非ポリマー7504
水7,512417
1
A: Octaprenyl diphosphate synthase
C: Octaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8503
ポリマ－70,5002
非ポリマー3501
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25300 Å2
手法PISA
2
B: Octaprenyl diphosphate synthase
D: Octaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8995
ポリマ－70,5002
非ポリマー3993
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area24760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.032, 111.999, 133.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Octaprenyl diphosphate synthase / All-trans-octaprenyl-diphosphate synthase / Octaprenyl pyrophosphate synthase / OPP synthase


分子量: 35249.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: ispB, cel, yhbD, b3187, JW3154 / プラスミド: pET46Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0AD57, all-trans-octaprenyl-diphosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-HJX / 2-hydroxy-6-(tetradecyloxy)benzoic acid / BPH-981 / 2-ヒドロキシ-6-(テトラデシルオキシ)安息香酸


分子量: 350.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H34O4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 % / Mosaicity: 0.51 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.3M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE, 0.1M TRIS-HCL, 24%(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月26日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 49730 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.451 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.595.90.49549021.4381100
2.59-2.695.90.41449061.4921100
2.69-2.825.90.35349091.5421100
2.82-2.965.90.26949301.6121100
2.96-3.155.90.20549261.6551100
3.15-3.395.90.1449291.4541100
3.39-3.735.90.08749801.3581100
3.73-4.275.70.06849761.4511100
4.27-5.375.80.05150401.321100
5.37-255.60.03252321.188199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WJK

3wjk


解像度: 2.5→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 10.964 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.535 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26405 2427 4.9 %RANDOM
Rwork0.18544 ---
obs0.18931 47239 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.108 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2--1.3 Å2-0 Å2
3----1.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9411 0 52 417 9880
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0199608
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.491.96713016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91320790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.75651222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.36725.299451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.361151629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3831556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0210804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7083.9654921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7073.9644920
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4645.9266132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4645.9276133
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4384.4514687
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4364.4464684
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6116.496885
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.5937541442
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.59674.99841294
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.496→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 178 -
Rwork0.228 3338 -
obs--97.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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