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- PDB-5zbn: Structure of glycolate oxidase without FMN from Nicotiana benthamiana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zbn
タイトルStructure of glycolate oxidase without FMN from Nicotiana benthamiana
要素Glycolate oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / enzyme kinetics / SAXS / oligomerization
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / response to other organism / peroxisome / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / (S)-2-hydroxy-acid oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana benthamiana (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Chen, Z. / Liu, Y.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2018
タイトル: Structures of glycolate oxidase from Nicotiana benthamiana reveal a conserved pH sensor affecting the binding of FMN.
著者: Liu, Y. / Wu, W. / Chen, Z.
履歴
登録2018年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycolate oxidase
B: Glycolate oxidase
C: Glycolate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,2146
ポリマ－121,9293
非ポリマー2853
水10,593588
1
A: Glycolate oxidase
ヘテロ分子

A: Glycolate oxidase
ヘテロ分子

A: Glycolate oxidase
ヘテロ分子

A: Glycolate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,9528
ポリマ－162,5724
非ポリマー3804
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area12660 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area54700 Å2
手法PISA
2
B: Glycolate oxidase
ヘテロ分子

B: Glycolate oxidase
ヘテロ分子

B: Glycolate oxidase
ヘテロ分子

B: Glycolate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,9528
ポリマ－162,5724
非ポリマー3804
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area10200 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area52600 Å2
手法PISA
3
C: Glycolate oxidase
ヘテロ分子

C: Glycolate oxidase
ヘテロ分子

C: Glycolate oxidase
ヘテロ分子

C: Glycolate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,9528
ポリマ－162,5724
非ポリマー3804
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area9440 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area49920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.351, 145.351, 156.904
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-690-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glycolate oxidase


分子量: 40642.961 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana benthamiana (ナス科) / 遺伝子: GOX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1AXT8
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10%(w/v) polyethylene glycol 3000, 0.1M Na/K phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.644
11K, H, -L20.356
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. obs: 70355 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 2.32→2.36 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Num. unique obs: 3525 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZBM

5zbm


解像度: 2.32→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.171 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.039 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21466 3417 4.9 %RANDOM
Rwork0.19556 ---
obs0.19654 65856 98.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.49 Å20 Å20 Å2
2--1.49 Å20 Å2
3----2.98 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.32→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7827 0 15 588 8430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0197989
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3111.96410843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.58951032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.0323.125304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.902151307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4831559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.319→2.379 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 221 -
Rwork0.202 4599 -
obs--92.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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