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- PDB-1al7: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF GLYCOLATE OXIDASE WITH BOUND ACTI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1al7
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF GLYCOLATE OXIDASE WITH BOUND ACTIVE-SITE INHIBITORS
要素GLYCOLATE OXIDASE
キーワードFLAVOPROTEIN / DRUG DESIGN / INHIBITOR BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidative photosynthetic carbon pathway / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / response to other organism / peroxisome / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-HST / Glycolate oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Stenberg, K. / Lindqvist, Y.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Three-dimensional structures of glycolate oxidase with bound active-site inhibitors.
著者: Stenberg, K. / Lindqvist, Y.
#1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1996
タイトル: High-Level Expression, Purification, and Crystallization of Recombinant Spinach Glycolate Oxidase in Escherichia Coli
著者: Stenberg, K. / Lindqvist, Y.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Refined Structure of Spinach Glycolate Oxidase at 2 A Resolution
著者: Lindqvist, Y.
履歴
登録1997年6月12日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCOLATE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0923
ポリマ－39,3361
非ポリマー7562
水5,260292
1
A: GLYCOLATE OXIDASE
ヘテロ分子

A: GLYCOLATE OXIDASE
ヘテロ分子

A: GLYCOLATE OXIDASE
ヘテロ分子

A: GLYCOLATE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,36912
ポリマ－157,3454
非ポリマー3,0238
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area18100 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area45970 Å2
手法PISA, PQS
2
A: GLYCOLATE OXIDASE
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,73724
ポリマ－314,6918
非ポリマー6,04616
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area39360 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area88780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.100, 148.100, 136.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 GLYCOLATE OXIDASE


分子量: 39336.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GLYCOLATE OXIDASE COMPLEXED WITH FMN AND AN INHIBITOR
由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
細胞株: BL21 / 細胞内の位置: PEROXISOME / プラスミド: PKS20+ / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P05414, (S)-2-hydroxy-acid oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-HST / 4-CARBOXY-5-(1-PENTYL)HEXYLSULFANYL-1,2,3-TRIAZOLE


分子量: 299.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25N3O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.13 %
結晶化pH: 8.3
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 50MM TRIS-BUFFER PH 8.3, 0.25 MG/ML FMN, 4% TERTIARY BUTANOL, SATURATED WITH THE INHIBITOR.
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein11
20.05 MTris-HCl11
30.5 mg/mlGOX11
40.25 mg/mlFMN11
50.5 %JF596911
65 %(v/v)tertiary butanol12

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 20291 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 6.99
反射 シェル解像度: 2.6→2.68 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 74.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 48698
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.6→8 Å / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: TOPOLOGY AND PARAMETER FILES FOR THE TKCA-INHIBITOR WERE CREATED USING THE PROGRAMME XPLO2D (REF: [O/X-PLOR DICTIONARIES] G.J. KLEYWEGT, DICTIONARIES FOR HETEROS, ESF/CCP4 NEWSLETTER 31,JUNE ...詳細: TOPOLOGY AND PARAMETER FILES FOR THE TKCA-INHIBITOR WERE CREATED USING THE PROGRAMME XPLO2D (REF: [O/X-PLOR DICTIONARIES] G.J. KLEYWEGT, DICTIONARIES FOR HETEROS, ESF/CCP4 NEWSLETTER 31,JUNE 1995, PP. 45-50). BOND LENGTHS AND ANGLES ARE FROM IDEALIZED STRUCTURES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1579 8 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.18 20005 87.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2697 0 51 292 3040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.374
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.95
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.28
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.76 Å / Total num. of bins used: 12 /
Rfactor%反射
Rfree0.357 -
Rwork0.258 -
obs-74.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.DNATOPH11.DNA
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.FMNTOPOLOGY.FMN
X-RAY DIFFRACTION4TACA.TOPTACA.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.952
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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