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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1al7 | ||||||
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タイトル | THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF GLYCOLATE OXIDASE WITH BOUND ACTIVE-SITE INHIBITORS | ||||||
要素 | GLYCOLATE OXIDASEHydroxyacid oxidase (glycolate oxidase) 1 | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / DRUG DESIGN (医薬品設計) / INHIBITOR BINDING (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidative photosynthetic carbon pathway / (S)-2-ヒドロキシ酸オキシダーゼ / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / response to other organism / ペルオキシソーム / FMN binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Spinacia oleracea (ホウレンソウ) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Stenberg, K. / Lindqvist, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997 タイトル: Three-dimensional structures of glycolate oxidase with bound active-site inhibitors. 著者: Stenberg, K. / Lindqvist, Y. #1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1996 タイトル: High-Level Expression, Purification, and Crystallization of Recombinant Spinach Glycolate Oxidase in Escherichia Coli 著者: Stenberg, K. / Lindqvist, Y. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Refined Structure of Spinach Glycolate Oxidase at 2 A Resolution 著者: Lindqvist, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1al7.cif.gz | 89 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1al7.ent.gz | 67.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1al7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/1al7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/1al7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
| x 8||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39336.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: GLYCOLATE OXIDASE COMPLEXED WITH FMN AND AN INHIBITOR 由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: PEROXISOMEペルオキシソーム / プラスミド: PKS20+ / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS 参照: UniProt: P05414, (S)-2-ヒドロキシ酸オキシダーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 化合物 | ChemComp-HST / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.13 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.3 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 50MM TRIS-BUFFER PH 8.3, 0.25 MG/ML FMN, 4% TERTIARY BUTANOL, SATURATED WITH THE INHIBITOR. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 20291 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 6.99 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.68 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 74.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 48698 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 74.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.6→8 Å / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: TOPOLOGY AND PARAMETER FILES FOR THE TKCA-INHIBITOR WERE CREATED USING THE PROGRAMME XPLO2D (REF: [O/X-PLOR DICTIONARIES] G.J. KLEYWEGT, DICTIONARIES FOR HETEROS, ESF/CCP4 NEWSLETTER 31,JUNE ...詳細: TOPOLOGY AND PARAMETER FILES FOR THE TKCA-INHIBITOR WERE CREATED USING THE PROGRAMME XPLO2D (REF: [O/X-PLOR DICTIONARIES] G.J. KLEYWEGT, DICTIONARIES FOR HETEROS, ESF/CCP4 NEWSLETTER 31,JUNE 1995, PP. 45-50). BOND LENGTHS AND ANGLES ARE FROM IDEALIZED STRUCTURES.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.68→2.76 Å / Total num. of bins used: 12 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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