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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zbk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of type-I LOG from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with AMP | ||||||
![]() | Putative cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase activity / : / AMP nucleosidase / AMP nucleosidase activity / cytokinin biosynthetic process / hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seo, H. / Kim, K.-J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insight into molecular mechanism of cytokinin activating protein from Pseudomonas aeruginosa PAO1. 著者: Seo, H. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 802.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 802.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21758.934 Da / 分子数: 1 / 変異: E115A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA4923 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P48636, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 化合物 | ChemComp-AMP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: ammonium phosphate dibasic, citrate pH 5.5, sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月23日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→54 Å / Num. obs: 10160 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.912 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.349 / Num. unique obs: 493 / CC1/2: 0.713 / Rpim(I) all: 0.162 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5ITS 解像度: 2.3→54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 6.463 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.214 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.94 Å2 / Biso mean: 16.208 Å2 / Biso min: 3.01 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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