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- PDB-5z9s: Functional and Structural Characterization of a beta-Glucosidase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z9s
タイトルFunctional and Structural Characterization of a beta-Glucosidase Involved in Saponin Metabolism from Intestinal Bacteria
要素Glycosyl hydrolase family 3 protein
キーワードHYDROLASE / Saponins / glucosidase / biotransformation / Bifidobacterium longum
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucosidase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / : / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily ...Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / : / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / beta-glucosidase / Beta-glucosidase-like glycosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium longum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yan, S. / Wei, P.C. / Li, J.R.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31470388 中国
National Natural Science Foundation of China31470738 中国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Functional and structural characterization of a beta-glucosidase involved in saponin metabolism from intestinal bacteria.
著者: Yan, S. / Wei, P.C. / Chen, Q. / Chen, X. / Wang, S.C. / Li, J.R. / Gao, C.
履歴
登録2018年2月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase family 3 protein
B: Glycosyl hydrolase family 3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,3244
ポリマ－171,9632
非ポリマー3602
水8,575476
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area49630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.954, 134.419, 90.285
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase family 3 protein / beta-Glucosidase / BlBG3


分子量: 85981.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum (バクテリア)
遺伝子: HMPREF3231_00214 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A133LV16, UniProt: F8ATF7*PLUS
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: sodium formate, BICINE, polyethylene glycol monomethyl ether 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 277.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.85 Å / Num. obs: 70856 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 6276 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U48

3u48


解像度: 2.3→47.85 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 2000 2.82 %
Rwork0.224 --
obs0.2245 70848 98.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11598 0 24 476 12098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73216134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0777050
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481837
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042121
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2997-2.35720.33481210.29484190X-RAY DIFFRACTION84
2.3572-2.42090.29371370.28754698X-RAY DIFFRACTION94
2.4209-2.49210.29641430.28684931X-RAY DIFFRACTION98
2.4921-2.57260.28481440.27234958X-RAY DIFFRACTION100
2.5726-2.66450.25511450.26554980X-RAY DIFFRACTION100
2.6645-2.77120.30631440.25514984X-RAY DIFFRACTION100
2.7712-2.89730.26421460.25365011X-RAY DIFFRACTION100
2.8973-3.050.2851440.25264962X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.24110.27981460.24555007X-RAY DIFFRACTION100
3.2411-3.49130.26011460.22875023X-RAY DIFFRACTION100
3.4913-3.84250.2361450.20835001X-RAY DIFFRACTION100
3.8425-4.39810.19581450.18564993X-RAY DIFFRACTION100
4.3981-5.53990.18231460.18695040X-RAY DIFFRACTION100
5.5399-47.85990.20751480.18625070X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 71.2562 Å / Origin y: -22.1078 Å / Origin z: 22.7085 Å
111213212223313233
T0.2703 Å2-0.0056 Å2-0.0065 Å2-0.2386 Å2-0.0097 Å2--0.3052 Å2
L0.591 °20.0609 °2-0.0914 °2-0.3412 °20.0159 °2--0.9569 °2
S-0.0217 Å °-0.002 Å °0.0092 Å °-0.0506 Å °0.0132 Å °-0.0447 Å °0.0286 Å °-0.0305 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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