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- PDB-5z87: Structural of a novel b-glucosidase EmGH1 at 2.3 angstrom from Er... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z87
タイトルStructural of a novel b-glucosidase EmGH1 at 2.3 angstrom from Erythrobacter marinus
要素EmGH1
キーワードHYDROLASE / EmGH1 / Glucoside hydrolase / Erythrobacter marinus
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan 1,4-beta-xylosidase activity / arabinan catabolic process / plant-type cell wall / alpha-L-arabinofuranosidase activity / xylan catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-D-xylosidase / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal ...Beta-D-xylosidase / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Fibronectin type III-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Erythrobacter marinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Li, J.X. / Hu, X.J. / Zhao, Y. / Li, L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and biochemical analysis of a novel b-glucosidase EmGH1 from Erythrobacter marinus
著者: Li, L. / Zhao, Y. / Hu, X.J. / Li, J.X.
履歴
登録2018年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年8月18日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EmGH1
B: EmGH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,83228
ポリマ－168,7502
非ポリマー2,08226
水18,4111022
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12380 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area47480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.640, 132.150, 194.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 EmGH1


分子量: 84375.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Erythrobacter marinus (バクテリア)
遺伝子: AAV99_00160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H0XV02

-
非ポリマー , 7種, 1048分子

#2: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1022 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG 3350, 0.05M magnesium acetate, 2% benzamidine hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 99834 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 0.943 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 14.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.87 / Num. unique obs: 4956 / CC1/2: 0.938 / Rpim(I) all: 0.2 / Rrim(I) all: 0.753 / Χ2: 0.743 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U48

3u48


解像度: 2.3→43.32 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2116 4961 4.97 %
Rwork0.1617 --
obs0.1642 99762 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11442 0 130 1022 12594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711927
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85716157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6939769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511748
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062193
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.32610.27691480.20533141X-RAY DIFFRACTION100
2.3261-2.35350.2461880.19673088X-RAY DIFFRACTION100
2.3535-2.38220.26141660.17933088X-RAY DIFFRACTION100
2.3822-2.41240.25171780.18273158X-RAY DIFFRACTION100
2.4124-2.44410.24221600.18363097X-RAY DIFFRACTION100
2.4441-2.47760.25991620.18343197X-RAY DIFFRACTION100
2.4776-2.5130.24721520.18163079X-RAY DIFFRACTION100
2.513-2.55050.23261700.18613140X-RAY DIFFRACTION100
2.5505-2.59030.22541550.18323136X-RAY DIFFRACTION100
2.5903-2.63280.23821830.17823140X-RAY DIFFRACTION100
2.6328-2.67820.28231530.2133101X-RAY DIFFRACTION100
2.6782-2.72690.26471450.19153173X-RAY DIFFRACTION100
2.7269-2.77930.20671510.17193140X-RAY DIFFRACTION100
2.7793-2.8360.27791820.17413117X-RAY DIFFRACTION100
2.836-2.89770.23551560.17983160X-RAY DIFFRACTION100
2.8977-2.96510.22461640.17943119X-RAY DIFFRACTION100
2.9651-3.03920.26971370.18253190X-RAY DIFFRACTION100
3.0392-3.12140.24681740.18113122X-RAY DIFFRACTION100
3.1214-3.21320.24951850.1763163X-RAY DIFFRACTION100
3.2132-3.31690.23381490.16633158X-RAY DIFFRACTION100
3.3169-3.43540.20181870.16343155X-RAY DIFFRACTION100
3.4354-3.57280.19631680.16253154X-RAY DIFFRACTION100
3.5728-3.73540.20941780.16363143X-RAY DIFFRACTION100
3.7354-3.93220.2171540.15653177X-RAY DIFFRACTION100
3.9322-4.17840.17311830.12743169X-RAY DIFFRACTION100
4.1784-4.50070.1581690.12023183X-RAY DIFFRACTION100
4.5007-4.9530.15021870.12033185X-RAY DIFFRACTION100
4.953-5.66840.16811510.13163238X-RAY DIFFRACTION100
5.6684-7.13640.16521680.14453280X-RAY DIFFRACTION100
7.1364-43.32770.18451580.15643410X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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