PDB-5tf0: Crystal Structure of Glycosil Hydrolase Family 3 N-Terminal Domai...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tf0

タイトル

Crystal Structure of Glycosil Hydrolase Family 3 N-Terminal Domain Protein from Bacteroides intestinalis

要素

Glycosyl hydrolase family 3 N-terminal domain protein

キーワード

HYDROLASE / Cellulase / TIM barrel / alpha-beta-alpha sandwich / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucosidase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides intestinalis DSM 17393 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2021 Å

データ登録者

Kim, Y. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Glycosil Hydrolase Family 3 N-Terminal Domain Protein from Bacteroides intestinalis
著者: Kim, Y. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / MCSG

履歴

登録	2016年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Source and taxonomy
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tf0.cif.gz	569.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tf0.ent.gz	472.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tf0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/5tf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/5tf0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3u48-d 5z87-d 6r5p-d 5xxo-d 5xxn-d 6r5v-d 10846 5yot-d 5c8e-1 5c8e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: APC115045 TargetTrack: MSCG-APC115045

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase family 3 N-terminal domain protein

B: Glycosyl hydrolase family 3 N-terminal domain protein

ヘテロ分子

168 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.570, 88.447, 107.282
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.89, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glycosyl hydrolase family 3 N-terminal domain protein 分子量: 83956.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides intestinalis DSM 17393 (バクテリア) 遺伝子: BACINT_00768 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: B3C777
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 0.2 M potassium nitrate pH 6.9, 20 5(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 72619 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.62 Å² / R_sym value: 0.162 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC_1/2: 0.667 / % possible all: 72.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2411: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2021→39.169 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.79

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2642	3535	4.87 %	random
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.2174	72567	95.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2021→39.169 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11350	0	22	408	11780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11633
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.889	15710
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.898	7014
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1740
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2031

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2021-2.2322	0.345	92	0.2563	1805	X-RAY DIFFRACTION	62
2.2322-2.2641	0.3554	116	0.277	2189	X-RAY DIFFRACTION	77
2.2641-2.2979	0.3793	130	0.2921	2362	X-RAY DIFFRACTION	83
2.2979-2.3338	0.343	144	0.2776	2512	X-RAY DIFFRACTION	89
2.3338-2.3721	0.3571	141	0.2545	2680	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3721-2.413	0.3364	133	0.2465	2761	X-RAY DIFFRACTION	97
2.413-2.4568	0.2853	136	0.2242	2880	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4568-2.5041	0.2626	145	0.2357	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5041-2.5552	0.3191	166	0.2301	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5552-2.6107	0.2781	120	0.2351	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6107-2.6714	0.3177	140	0.23	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6714-2.7382	0.2971	151	0.2337	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7382-2.8122	0.2914	161	0.2325	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8122-2.895	0.3219	172	0.2359	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.895-2.9884	0.2879	136	0.2311	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9884-3.0951	0.2599	135	0.2346	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0951-3.219	0.3056	131	0.24	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
3.219-3.3654	0.3047	147	0.2278	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3654-3.5428	0.2507	158	0.2157	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5428-3.7646	0.205	131	0.2014	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7646-4.055	0.23	139	0.1939	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
4.055-4.4625	0.2425	137	0.1854	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4625-5.107	0.2032	160	0.1806	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
5.107-6.4297	0.2322	138	0.2009	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4297-39.1747	0.2212	176	0.1761	2939	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0853	0.0707	-0.1956	0.7449	0.1405	0.5303	0.0282	0.1998	0.1319	-0.0896	-0.0037	-0.0997	-0.0619	0.0522	-0.0155	0.2844	-0.0115	-0.0099	0.3205	0.0638	0.275	68.0389	56.5174	68.5828
2	1.9487	0.0313	0.1019	1.5575	0.299	0.996	-0.1557	0.2671	0.7771	0.0509	0.1137	0.1651	-0.2337	-0.2963	-0.0207	0.3421	-0.0303	-0.0473	0.2413	-0.0238	0.4029	57.4349	77.4804	92.2261
3	0.6649	0.169	0.2899	0.677	0.1218	0.7051	-0.0261	-0.0432	0.16	0.1219	0.0187	-0.0331	-0.065	-0.0117	0.0002	0.3201	-0.0059	0.015	0.2618	-0.0267	0.2794	51.0991	63.4535	96.0315
4	1.2041	0.4987	-0.0174	2.4348	1.2973	1.4666	-0.0072	0.1232	0.2983	-0.1905	0.0214	-0.1051	-0.1791	-0.0046	0.0404	0.2699	0.0279	-0.0236	0.255	0.0686	0.3212	36.5656	69.1039	72.4199
5	1.8888	-0.1169	0.5574	0.6127	-0.2999	0.7782	0.0429	0.1863	-0.2445	-0.0585	0.0306	0.1831	0.1301	0.0173	-0.0865	0.2182	-0.0187	-0.0031	0.207	-0.034	0.2941	20.7501	23.1718	76.2762
6	0.6883	-0.2841	0.4418	0.6127	-0.4541	0.3977	0.0129	0.1465	-0.0172	0.0156	0.0229	-0.0481	0.0661	-0.032	-0.0611	0.263	-0.0006	-0.0029	0.2482	-0.0071	0.2009	33.1848	35.7537	70.9786
7	0.6749	-0.0689	0.2267	0.904	-0.5433	0.631	0.0423	0.1139	-0.1661	-0.1162	0.0321	0.1129	0.1444	-0.041	-0.084	0.2012	0.0242	0.0299	0.2443	-0.06	0.256	23.9144	24.6798	80.8512
8	0.9784	-0.0657	-0.0352	0.2944	-0.1481	1.3724	0.0257	-0.11	-0.0106	0.1474	0.0096	0.0977	0.0005	-0.0767	-0.0269	0.2989	-0.0022	0.0583	0.2753	0.0181	0.2844	29.6372	32.0937	107.4837
9	0.8523	0.3323	-0.0916	0.7285	0.0487	0.9772	0.0272	-0.0445	-0.0132	0.0677	-0.014	0.0027	0.0361	0.0824	-0.0211	0.1591	0.0214	-0.0178	0.1791	-0.0044	0.1743	49.7409	27.6739	94.6601
10	1.3475	1.5836	-1.3604	2.9899	-2.1248	2.9136	-0.1316	0.0015	-0.2689	0.1468	-0.0336	-0.3587	0.0736	-0.0223	0.2055	0.1591	0.0187	-0.0238	0.1828	-0.0311	0.2683	53.5028	15.8751	84.7928
11	0.3322	-0.0113	-0.2821	1.8987	-0.9397	1.6403	0.1339	0.0754	-0.1472	-0.1367	-0.1813	-0.0205	0.0236	0.1513	0.0405	0.1862	0.0201	0.0047	0.2469	-0.0787	0.3268	55.4832	18.5475	76.2157

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 29 through 373 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 374 through 418 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 419 through 675 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 676 through 772 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 28 through 214 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 215 through 306 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 307 through 423 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 424 through 548 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 549 through 676 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 677 through 721 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 722 through 772 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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