PDB-5z97: Crystal structure of a lactonase double mutant in complex with li...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z97

タイトル

Crystal structure of a lactonase double mutant in complex with ligand N

要素

Lactonase for protein

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / ALPHA/BETA-HYDROLASE /

LACTONASE /

ZEARALENONE (ゼアラレノン)

機能・相同性

alpha/beta hydrolase fold /

Alpha/beta hydrolase fold-1 /

Alpha/Beta hydrolase fold / Chem-ZER / AB hydrolase-1 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Rhinocladiella mackenziei CBS 650.93 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Zheng, Y.Y. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of a Mycoestrogen-Detoxifying Lactonase from Rhinocladiella mackenziei: Molecular Insight into ZHD Substrate Selectivity
著者: Zheng, Y.Y. / Liu, W.T. / Chen, C.C. / Hu, X.Y. / Liu, W.D. / Ko, T.P. / Tang, X.K. / Wei, H.L. / Huang, J.W. / Guo, R.T.

履歴

登録	2018年2月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z97.cif.gz	218.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z97.ent.gz	175.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z97.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/5z97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/5z97	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xo6C 5xo7C 5xo8C 5z5jC 5z7jC 5ie4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xo8-2 5z5j-3 5xo7-2 5xo7-4 2v8w-d 5z5j-2 5xo7-3 1m5w-4 5xo6-1 6a9d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lactonase for protein

B: Lactonase for protein

C: Lactonase for protein

D: Lactonase for protein

ヘテロ分子

117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lactonase for protein

B: Lactonase for protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Lactonase for protein

D: Lactonase for protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.319, 110.520, 127.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lactonase for protein 分子量: 29083.775 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 4-266 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhinocladiella mackenziei CBS 650.93 (菌類) プラスミド: pET-46 EK/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D2ILK1
#2: 化合物	ChemComp-ZER / (3S,11E)-14,16-dihydroxy-3-methyl-3,4,5,6,9,10-hexahydro-1H-2-benzoxacyclotetradecine-1,7(8H)-dione / Zearalenone / ゼアラレノン / ゼアラレノン分子量: 318.364 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂O₅ / コメント: 毒素*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.58 % / Mosaicity: 0.656 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.085M Sodium Cacodylate pH 6.5, 25-28%(w/v) Polyethylene Glycol 8000, 15%(v/v) Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月2日

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.32→25 Å / Num. obs: 50048 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 1.083 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 194860

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.32-2.4	3.8	0.486	5058	0.803	0.276	0.561	1.214	96.6
2.4-2.5	3.8	0.426	4974	0.851	0.24	0.491	1.175	94.8
2.5-2.61	3.8	0.325	4988	0.886	0.184	0.375	1.157	94.2
2.61-2.75	3.8	0.233	4970	0.939	0.132	0.269	1.055	95
2.75-2.92	3.9	0.171	4879	0.962	0.097	0.198	1.012	93.5
2.92-3.15	3.9	0.11	4859	0.983	0.063	0.128	1.05	92
3.15-3.46	3.9	0.087	4858	0.985	0.05	0.1	1.013	92.1
3.46-3.96	3.9	0.062	4886	0.992	0.035	0.072	1.007	93.3
3.96-4.99	3.9	0.038	5221	0.997	0.022	0.044	1.102	98.4
4.99-25	4.2	0.031	5355	0.998	0.017	0.036	1.052	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IE4

5ie4

解像度: 2.32→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 9.166 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.398 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26634	2490	5 %	RANDOM
R_work	0.20958	-	-	-
obs	0.21236	47531	94.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.8 Å²	-0 Å²	0.53 Å²
2-	-	0.12 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.32→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8174	0	74	250	8498

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	8482
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.196	1.968	11586
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.725	3.003	17825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.815	5	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.469	23.626	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.143	15	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.072	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	9456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.254	4.822	4196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.251	4.821	4195
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.25	7.214	5238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.25	7.216	5239
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.22	4.99	4286
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.219	4.991	4287
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.086	7.395	6349
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.616	90.425	39546
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.615	90.421	39545
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.317→2.377 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	208	-
R_work	0.292	3483	-
obs	-	-	95.8 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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