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万見
- PDB-5z8f: Solution structure for the unique dimeric 4:2 complex of a platin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z8f
タイトルSolution structure for the unique dimeric 4:2 complex of a platinum(II)-based tripod bound to a hybrid-1 human telomeric G-quadruplex
要素G-quadruplex DNA (26-MER)
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / G-quadruplex complex (グアニン四重鎖) / Dimeric G-quadruplex / Human Telomeric G-quadruplex / Platinum(II) complex
機能・相同性Chem-9F0 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing / DGSA-distance geometry simulated annealing / molecular dynamics
データ登録者Liu, W.T. / Zhong, Y.F. / Liu, L.Y. / Zeng, W.J. / Wang, F.Y. / Yang, D.Z. / Mao, Z.W.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
973 program2014CB845604 and 2015CB856301 中国
National Science Foundation of China21231007 and 21572282 中国
Ministry of Education of ChinaIRT-17R111 中国
Science and Technology Planning Project of Guangdong Province2013B051000047 and 207999 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Solution structures of multiple G-quadruplex complexes induced by a platinum(II)-based tripod reveal dynamic binding
著者: Liu, W. / Zhong, Y.F. / Liu, L.Y. / Shen, C.T. / Zeng, W. / Wang, F. / Yang, D. / Mao, Z.W.
履歴
登録2018年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G-quadruplex DNA (26-MER)
B: G-quadruplex DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9586
ポリマ－16,4732
非ポリマー5,4854
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area480 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area11700 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 G-quadruplex DNA (26-MER)


分子量: 8236.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物
ChemComp-9F0 / 4-[1-(2,5,8-triazonia-1$l^4-platinabicyclo[3.3.0]octan-1-yl)pyridin-1-ium-4-yl]-N,N-bis[4-[1-(2,5,8-triazonia-1$l^4-platinabicyclo[3.3.0]octan-1-yl)pyridin-1-ium-4-yl]phenyl]aniline


分子量: 1371.303 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H63N13Pt3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113anisotropic22D 1H-1H NOESY
123anisotropic22D 1H-1H TOCSY
133anisotropic22D 1H-1H COSY
243anisotropic12D 1H-1H NOESY
253anisotropic12D 1H-1H TOCSY
263anisotropic12D 1H-1H COSY
372isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution21 mM 15N Thymine G-quadruplex DNA (26-MER), 3 mM Pt-tripod, 25 mM potassium phosphate, 70 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution31 mM G-quadruplex DNA (26-MER), 3 mM Pt-tripod, 25 mM potassium phosphate, 70 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O2D_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMG-quadruplex DNA (26-MER)15N Thymine2
3 mMPt-tripodnatural abundance2
25 mMpotassium phosphatenatural abundance2
70 mMpotassium chloridenatural abundance2
1 mMG-quadruplex DNA (26-MER)natural abundance3
3 mMPt-tripodnatural abundance3
25 mMpotassium phosphatenatural abundance3
70 mMpotassium chloridenatural abundance3
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
125 Celsius95 mMcondition_17.0 AMBIENT mbar298 K
215 Celsius95 mMcondition_27.0 AMBIENT mbar288 K
35 Celsius95 mMcondition_37.0 AMBIENT mbar278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLORBrunger精密化
DiscoverAccelrys Software Inc.structure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
TopSpinBruker Biospin解析
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing1
DGSA-distance geometry simulated annealing2
molecular dynamics3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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