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- PDB-2y75: The Structure of CymR (YrzC) the Global Cysteine Regulator of B. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y75
タイトルThe Structure of CymR (YrzC) the Global Cysteine Regulator of B. subtilis
要素HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
キーワードTRANSCRIPTION / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein heterooligomerization / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator Rrf2-type, conserved site / Rrf2-type HTH domain signature. / Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator CymR
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shepard, W. / Soutourina, O. / Courtois, E. / England, P. / Haouz, A. / Martin-Verstraete, I.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2011
タイトル: Insights Into the Rrf2 Repressor Family - the Structure of Cymr, the Global Cysteine Regulator of Bacillus Subtilis.
著者: Shepard, W. / Soutourina, O. / Courtois, E. / England, P. / Haouz, A. / Martin-Verstraete, I.
履歴
登録2011年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
C: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
D: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
E: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
F: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,56225
ポリマ－84,9196
非ポリマー1,64319
水15,673870
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19280 Å2
ΔGint-146.5 kcal/mol
Surface area38590 Å2
手法PISA
2
B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
D: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
F: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,43015
ポリマ－42,4593
非ポリマー97112
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-151.6 kcal/mol
Surface area22680 Å2
手法PISA
3
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
C: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
E: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,13210
ポリマ－42,4593
非ポリマー6727
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-109.2 kcal/mol
Surface area22360 Å2
手法PISA
4
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9189
ポリマ－28,3062
非ポリマー6127
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-103.4 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
5
C: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
D: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7267
ポリマ－28,3062
非ポリマー4205
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-93.9 kcal/mol
Surface area12780 Å2
手法PISA
6
E: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
F: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9189
ポリマ－28,3062
非ポリマー6127
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-97.8 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.700, 103.700, 106.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.674073, 0.300232, -0.674897), (0.351228, -0.673502, -0.650411), (-0.649818, -0.675467, 0.34854)32.212, -64.955, -16.168
2given(-0.113866, 0.989224, -0.092036), (-0.012232, 0.091236, 0.995754), (0.993421, 0.114509, 0.001711)47.942, 3.284, -46.152
3given(-0.596941, -0.717792, 0.358379), (-0.674871, 0.207707, -0.708101), (0.433832, -0.664554, -0.608406)32.018, -20.662, -65.708
4given(-0.100039, -0.023052, 0.994716), (0.987106, 0.123255, 0.10213), (-0.124958, 0.992107, 0.010424)50.77, -42.198, 1.535
5given(0.446603, -0.616238, -0.648689), (-0.64726, -0.723074, 0.241284), (-0.617738, 0.312112, -0.721793)-15.808, -19.873, -20.626
詳細THE BIOLOGICALLY RELEVANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE IS A DIMER (BIOMOLECULES 4,5,6), WHICH HAS BEEN CONFIRMED BY ANALYTICAL CENTRIFUGATION.

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要素

#1: タンパク質
HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR CYMR / CYMR / YRZC / CYSTEINE METABOLISM REPRESSOR / RRF2 TRANSCRIPTION FACTOR


分子量: 14153.104 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 2-128 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / プラスミド: PDIA5770 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLI5 (NOVAGEN) / 参照: UniProt: O34527
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 870 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細EXTRA LEU BETWEEN POSITIONS 1 & 2 OF O34527 SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
解説: STRUCTURE WAS SOLVED WITH DATA COLLECTED ON PROXIMA 1 FROM A CRYSTAL, CYMR_13, OF THE SEMET PROTEIN.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: OPTIMIZATION OF INITIAL HITS WAS PURSUED MANUALLY IN LINBRO PLATES WITH A HANGING DROP SETUP. THE BEST CRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING 1.5 UL OF NATIVE CYMR PROTEIN OR SELENOMETHIONINE ...詳細: OPTIMIZATION OF INITIAL HITS WAS PURSUED MANUALLY IN LINBRO PLATES WITH A HANGING DROP SETUP. THE BEST CRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING 1.5 UL OF NATIVE CYMR PROTEIN OR SELENOMETHIONINE LABELED PROTEIN AT 14 MG/ML WITH 1.5 UL OF THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 1.6 M AMMONIUM SULPHATE AND 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5 AT 18 C DEGREES. THE CRYSTALS APPEARED WITHIN ONE WEEK AND HAD DIMENSIONS OF UP TO 0.1 MM X 0.1 MM X 0.2 MM. A SINGLE CRYSTAL OF THE CYMR PROTEIN WAS FLASH-FROZEN IN LIQUID NITROGEN USING A MIXTURE OF 50% PARATONE AND 50% PARAFFIN OIL AS CRYOPROTECTANT.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.983
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→17.84 Å / Num. obs: 73831 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.64 % / Biso Wilson estimate: 36.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.42
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.68 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→17.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9537 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: MISSING RESIDUES - 60A-63A 130C -139C, 129D-139D, 130E-139E, 130F-139F. MISSING SIDECHAINS - 92C. RESIDUES WITH MULTIPLE CONFORMATIONS - 123A, 20B, 44B, 44D, 57D, 81E, 6F, 98F. UNIDENTIFIED ...詳細: MISSING RESIDUES - 60A-63A 130C -139C, 129D-139D, 130E-139E, 130F-139F. MISSING SIDECHAINS - 92C. RESIDUES WITH MULTIPLE CONFORMATIONS - 123A, 20B, 44B, 44D, 57D, 81E, 6F, 98F. UNIDENTIFIED FOFC OBJECTS, UFOS. UFO-1, FLATTENED BLOB NEAR N THR-6, POSSIBLE MIXTURE OF SULPHATE AND CHLORIDE ANIONS, LOCATED INSIDE HEXAMER. UFO-2, ELONGATED AND BRANCHED BLOB NEAR OG SER-28, POSSIBLE DISORDER IN CRYSTAL CONTACTS WITH C- -TERMINI. UFO-3, ELONGATED AND BRANCHED BLOB NEAR N GLY-25, POSSIBLE DISORDER IN CRYSTAL CONTACTS WITH C- TERMINI. UFO-4, EXTENDED AND BRANCHED BLOB NEAR N GLU-40 AND SER- -39, POSSIBLE DISORDER IN CRYSTAL CONTACT WITH ARG-82 SIDECHAIN. UNIDENTIFIED FOFC DENSITY OBJECTS OCCUR NEAR N THR-6, OG SER-28, N GLY-25, N GLU-40 AND SER-39. ATTEMPTS TO MODEL THESE BLOBS CORRECTLY AS WATERS, CHLORIDES OR SULPHATES WERE UNSUCCESSFUL. THESE BLOBS OR UFOS HAVE BEEN LEFT UNMODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2136 3715 5.04 %RANDOM
Rwork0.1871 ---
obs0.1884 73692 --
原子変位パラメータBiso mean: 41.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5589 Å20 Å20 Å2
2--0.1613 Å20 Å2
3----0.7201 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.226 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→17.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5878 0 83 870 6831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016081HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.098250HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2184SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes151HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes862HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6081HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.51
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion823SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7705SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 281 5.16 %
Rwork0.2201 5169 -
all0.2202 5450 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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