PDB-5z69: Structure of the recombination mediator protein RecF-ATPrS in Rec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z69

タイトル

Structure of the recombination mediator protein RecF-ATPrS in RecFOR pathway

要素

DNA replication and repair protein RecF

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / recF / DNA repair / recombination mediator / RecFOR / Rad50

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA synthesis involved in DNA repair / SOS response / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / DNA replication / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.102 Å

データ登録者

Tang, Q. / Liu, Y.-P. / Yan, X.-X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: ATP-dependent conformational change in ABC-ATPase RecF serves as a switch in DNA repair.
著者: Tang, Q. / Liu, Y.P. / Shan, H.H. / Tian, L.F. / Zhang, J.Z. / Yan, X.X.

履歴

登録	2018年1月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z69.cif.gz	327.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z69.ent.gz	274.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z69.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5z69_validation.pdf.gz	746.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z69_full_validation.pdf.gz	762.8 KB	表示
XML形式データ	5z69_validation.xml.gz	33.1 KB	表示
CIF形式データ	5z69_validation.cif.gz	47.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/5z69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/5z69	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z67C 5z68C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hxr-d 4s0t-d 4mh1-d 3k23-d 1hn0-d 2xra-d 1jps-d 1f3m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA replication and repair protein RecF

B: DNA replication and repair protein RecF

ヘテロ分子

86.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.727, 48.107, 116.855
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.06, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	DNA replication and repair protein RecF 分子量: 43194.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (strain DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4) (バクテリア) 株: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / 遺伝子: recF, TTE0004 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q8RDL3
#2: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 3350, 300 mM NaCl, 100 mM Tris-Hcl, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.005 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 913873 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.6 % / Net I/σ(I): 31.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.102→19.835 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2207	2550	4.78 %
R_work	0.1877	-	-
obs	0.1893	53379	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.102→19.835 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5995	0	31	381	6407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6225
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.267	8363
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.97	2423
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	925
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1067

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1017-2.1421	0.3071	136	0.2599	2714	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1421-2.1858	0.289	147	0.2459	2838	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1858-2.2333	0.3283	132	0.2322	2757	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2333-2.2851	0.3031	134	0.2288	2851	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2851-2.3422	0.2691	140	0.2155	2777	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3422-2.4054	0.2243	136	0.2068	2810	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4054-2.4761	0.2264	155	0.2041	2766	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4761-2.5558	0.2361	143	0.1985	2796	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5558-2.647	0.2397	139	0.195	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.647-2.7527	0.2599	140	0.2002	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7527-2.8776	0.2748	135	0.21	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8776-3.0288	0.2381	161	0.2027	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0288-3.2179	0.2515	121	0.2019	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2179-3.4651	0.236	126	0.1889	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4651-3.8116	0.187	157	0.1717	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8116-4.358	0.193	153	0.1614	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
4.358-5.4715	0.1748	141	0.1585	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4715-19.8361	0.2023	154	0.1825	2960	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.444	0.2108	0.1535	3.6199	-0.3676	2.4798	0.0211	-0.1007	-0.0581	0.1896	0.0191	-0.0383	0.1579	0.0042	-0.0248	0.2248	0.0185	0.0008	0.1558	-0.024	0.2371	-37.782	-5.0393	9.2827
2	5.6564	-1.7744	1.0514	2.2973	-0.4207	2.2801	-0.027	0.0057	0.233	0.163	0.0257	-0.2889	0.0412	0.4561	-0.0583	0.2795	-0.0368	-0.0576	0.3529	0.0166	0.2994	-9.4214	-2.1835	15.9304
3	2.7024	-0.4878	-0.5104	1.6484	0.3586	1.1967	-0.1976	-0.8383	0.5394	0.5434	0.1268	0.0435	-0.1584	0.1082	0.106	0.4795	0.0243	-0.0084	0.4366	-0.1034	0.2974	-30.9876	4.3973	24.7004
4	4.0218	0.8452	1.2518	3.2814	0.6612	4.1727	-0.0464	-0.1904	0.4574	0.0715	-0.0328	0.154	-0.2238	-0.2521	0.0714	0.448	0.0128	-0.1815	0.3847	-0.0271	0.4295	22.2984	3.9775	53.1471
5	3.3562	1.5167	-0.753	3.3922	-2.1813	4.6911	-0.1234	0.3623	0.239	-0.0907	0.267	-0.0813	-0.034	-0.0411	-0.1239	0.2789	0.0593	-0.0919	0.3301	0.0058	0.3832	15.7995	0.4455	24.4422
6	2.2171	0.4185	1.7207	1.7158	0.3727	3.2934	0.308	-0.79	-0.1237	0.4981	-0.1175	0.0905	0.4891	-0.9728	-0.162	0.5034	-0.0479	-0.0767	0.6121	0.0465	0.3857	6.6289	-7.8411	47.7638

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' AND (RESID -6 THROUGH 114 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 115 THROUGH 257 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 258 THROUGH 365 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID -5 THROUGH 114 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 115 THROUGH 263 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 264 through 365 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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