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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z34
タイトルThe structure of a chitin deacetylase from Bombyx mori provide the first insight into insect chitin deacetylation mechanism
要素Chitin deacetylase
キーワードHYDROLASE / Chitin deacetylase / Bombyx mori / activity / chitin binding
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.399 Å
データ登録者Liu, L. / Zhou, Y. / Yang, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Funds for Distinguished Young Scholar31425021 中国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of a chitin deacetylase from Bombyx mori provide the first insight into insect chitin deacetylation mechanism
著者: Liu, L. / Zhou, Y. / Yang, Q.
#1: ジャーナル: INSECT MOL.BIOL. / 年: 2017
タイトル: The physiological differentiation along the midgut of Bombyx mori-inspirations from the proteomics and gene expression patterns of the secreted proteins in the ectoperitrophic space
著者: Liu, L. / Qu, M. / Yang, J. / Yang, Q.
履歴
登録2018年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitin deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8253
ポリマ－42,3351
非ポリマー4902
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.017, 115.017, 106.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Chitin deacetylase


分子量: 42334.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 参照: chitin deacetylase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS NOT AVAILABLE IN UNIPROT AT THE TIME OF DATA PROCESSING. THE ...THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS NOT AVAILABLE IN UNIPROT AT THE TIME OF DATA PROCESSING. THE SEQUENCE IS BASED ON NCBI Reference Sequence XP_004923455.1. SIGNAL PEPTIDE ON N-TERMINAL (RESIDUES 1-18) WERE NOT EXPRESSED. AND HIS-TAG (HHHHHH) WAS ADDED C-TERMINAL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.02M Calcium chloride dihydrate, 0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.97775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 32284 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 37.59 Å2 / CC1/2: 0.834 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 10.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1815 / CC1/2: 0.907 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
精密化解像度: 2.399→46.964 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1913 1555 5.37 %
Rwork0.175 --
obs0.1759 28976 89.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.399→46.964 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2907 0 29 160 3096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0974159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7981112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3986-2.4760.24131300.22022163X-RAY DIFFRACTION79
2.476-2.56450.23121160.212260X-RAY DIFFRACTION82
2.5645-2.66720.22921520.20752303X-RAY DIFFRACTION85
2.6672-2.78860.22891390.21112344X-RAY DIFFRACTION85
2.7886-2.93560.2221480.19612455X-RAY DIFFRACTION90
2.9356-3.11950.20741660.19412509X-RAY DIFFRACTION92
3.1195-3.36030.21821180.18482643X-RAY DIFFRACTION94
3.3603-3.69830.16441340.17982682X-RAY DIFFRACTION96
3.6983-4.23310.15121420.15422737X-RAY DIFFRACTION97
4.2331-5.33210.17061610.14772675X-RAY DIFFRACTION96
5.3321-46.9730.19941490.16822650X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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