+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f7k | ||||||
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Title | Crystal structure of Lac15 from a marine microbial metagenome | ||||||
Components | Laccase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / extracellular | ||||||
Function / homology | Function and homology information hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | uncultured bacterium (environmental samples) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Ge, H. / Xiao, Y. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of Lac15 from a marine microbial metagenome Authors: Ge, H. / Xiao, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4f7k.cif.gz | 299.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4f7k.ent.gz | 244.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4f7k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/4f7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/4f7k | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2yxwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 24 - 437 / Label seq-ID: 2 - 415
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-Components
#1: Protein | Mass: 46531.277 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 23-439 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) uncultured bacterium (environmental samples) Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E1ACR6, laccase #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1M MES, 18% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97916 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Dec 1, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97916 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→20 Å / Num. all: 44251 / Num. obs: 41974 / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / % possible all: 98.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2YXW Resolution: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 15.161 / SU ML: 0.176 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.225 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.471 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 2770 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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