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万見
- PDB-2yxw: The deletion mutant of Multicopper Oxidase CueO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yxw
タイトルThe deletion mutant of Multicopper Oxidase CueO
要素Blue copper oxidase cueO
キーワードOXIDOREDUCTASE / multicopper oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on metal ions, oxygen as acceptor / cuproxidase / oxidoreductase activity, acting on metal ions / detoxification of copper ion / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to copper ion / ferroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins ...Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CU-O-CU LINKAGE / COPPER (II) ION / NITRATE ION / Multicopper oxidase CueO
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Higuchi, Y. / Komori, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure and function of the engineered multicopper oxidase CueO from Escherichia coli--deletion of the methionine-rich helical region covering the substrate-binding site
著者: Kataoka, K. / Komori, H. / Ueki, Y. / Konno, Y. / Kamitaka, Y. / Kurose, S. / Tsujimura, S. / Higuchi, Y. / Kano, K. / Seo, D. / Sakurai, T.
履歴
登録2007年4月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blue copper oxidase cueO
B: Blue copper oxidase cueO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,99211
ポリマ－97,2632
非ポリマー7299
水11,800655
1
A: Blue copper oxidase cueO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0276
ポリマ－48,6321
非ポリマー3965
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Blue copper oxidase cueO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9655
ポリマ－48,6321
非ポリマー3344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.326, 51.573, 86.698
Angle α, β, γ (deg.)83.77, 90.38, 67.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Blue copper oxidase cueO / Copper efflux oxidase / Multicopper Oxidase CueO


分子量: 48631.500 Da / 分子数: 2 / 変異: P357G/H406G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (Novagen) / 参照: UniProt: P36649
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-C2O / CU-O-CU LINKAGE


分子量: 143.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 16% PEG 3350, 0.16M Potassium Nitrate, 20% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→25.94 Å / Num. obs: 114961

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→25.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.131 / SU ML: 0.06 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20713 6112 5 %RANDOM
Rwork0.17749 ---
obs0.17901 114961 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.333 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å2-1.65 Å2-0.33 Å2
2--2.03 Å2-0.05 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→25.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6771 0 16 655 7442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226972
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4861.9599461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.743314746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5545882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.29724.422294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.98151124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5131534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021306
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21146
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.26211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.23295
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.24092
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0410.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1860.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1170.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0370.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8881.55673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.181.51798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02827084
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94232924
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5944.52375
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.502→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 449 -
Rwork0.22 8262 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.71890.2941-0.45290.88170.16541.1951-0.05590.17440.028-0.05890.04880.0331-0.09580.010.0071-0.12920.0173-0.0135-0.29070.0205-0.17830.30740.05940.1252
21.36020.09330.13171.0311-0.00931.4410.0926-0.35220.01820.1476-0.08950.05590.0347-0.2112-0.0031-0.0919-0.04160.01050.0445-0.0148-0.1528-13.4875-10.8025-43.0613
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA31 - 5183 - 442
2X-RAY DIFFRACTION1AC - D701 - 7031
3X-RAY DIFFRACTION2BB31 - 5223 - 446
4X-RAY DIFFRACTION2BE - F701 - 7031

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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