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万見
- PDB-6c2z: Crystal Structures of Cystathionine beta-Synthase from Saccharomy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c2z
タイトルCrystal Structures of Cystathionine beta-Synthase from Saccharomyces cerevisiae: the Structure of the PLP-Aminoacrylate Intermediate
要素Cystathionine beta-synthase
キーワードLYASE / CBS / synthase / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


Cysteine formation from homocysteine / cystathionine beta-synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine biosynthetic process via cystathionine / hydrogen sulfide biosynthetic process / traversing start control point of mitotic cell cycle / transsulfuration / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasmic stress granule / mRNA binding ...Cysteine formation from homocysteine / cystathionine beta-synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine biosynthetic process via cystathionine / hydrogen sulfide biosynthetic process / traversing start control point of mitotic cell cycle / transsulfuration / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasmic stress granule / mRNA binding / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cystathionine beta-synthase, C-terminal domain / Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. ...Cystathionine beta-synthase, C-terminal domain / Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P1T / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Cystathionine beta-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Kreinbring, C.A. / Tu, Y. / Liu, D. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM32415 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of Cystathionine beta-Synthase from Saccharomyces cerevisiae: One Enzymatic Step at a Time.
著者: Tu, Y. / Kreinbring, C.A. / Hill, M. / Liu, C. / Petsko, G.A. / McCune, C.D. / Berkowitz, D.B. / Liu, D. / Ringe, D.
履歴
登録2018年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,50015
ポリマ－41,2871
非ポリマー1,21414
水6,305350
1
A: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子

A: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,00130
ポリマ－82,5732
非ポリマー2,42728
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area8720 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area25130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.465, 81.465, 209.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

PEG

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cystathionine beta-synthase / Beta-thionase / Serine sulfhydrase / Sulfur transfer protein 4


分子量: 41286.727 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-353 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CYS4, STR4, YGR155W, G6667 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P32582, cystathionine beta-synthase

-
非ポリマー , 8種, 364分子

#2: 化合物 ChemComp-P1T / 2-[({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)AMINO]ACRYLIC ACID


分子量: 318.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O7P
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG400, 100 mM calcium acetate, 100 mM Tris, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月12日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→50 Å / Num. obs: 86357 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 20.1 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.958 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 1732784
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.37-1.3912.642110.860.3520.59499.5
1.39-1.4215.842340.9030.3290.61199.7
1.42-1.4519.242450.940.2750.64599.7
1.45-1.4820.342750.9570.2340.67399.7
1.48-1.5120.942600.9680.1940.7299.80.8720.893
1.51-1.5421.142260.9710.1560.77999.90.7010.718
1.54-1.5821.142720.9790.1310.84899.90.590.605
1.58-1.6221.142800.9790.1110.89799.90.4990.511
1.62-1.6721.242620.9860.0920.96999.90.4140.424
1.67-1.7321.243030.9880.0791.0391000.3520.361
1.73-1.7921.242840.990.0661.1161000.2960.303
1.79-1.8621.243150.9860.0561.1791000.2480.255
1.86-1.9421.243150.9930.0461.2351000.2080.213
1.94-2.0521.243240.9950.041.2931000.180.185
2.05-2.1721.243510.9950.0351.2841000.1550.159
2.17-2.3421.143560.9970.031.2581000.1360.14
2.34-2.582143770.9970.0281.2331000.1250.128
2.58-2.9520.744400.9970.0241.0691000.1060.109
2.95-3.7219.944920.9980.0170.77799.80.0750.077
3.72-501845350.9970.0150.55894.50.060.061

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1JBQ

1jbq


解像度: 1.37→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.72 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: PHENIX, PDB-REDO, REFMAC
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1631 4072 5.1 %RANDOM
Rwork0.134 ---
obs0.1355 75277 91.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.89 Å2 / Biso mean: 18.638 Å2 / Biso min: 7.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.37→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2675 0 76 350 3101
Biso mean--33.38 33.66 -
残基数----345
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192970
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5851.9914029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98836612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0585384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0425.484124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.67615526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4731513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02549
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.90935795
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.3275205
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.24255890
LS精密化 シェル解像度: 1.372→1.407 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 117 -
Rwork0.194 2575 -
all-2692 -
obs--42.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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