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万見
- PDB-5z2b: Crystal structure of highly active BTUO mutant P287G Improved by ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z2b
タイトルCrystal structure of highly active BTUO mutant P287G Improved by Humidity Control at 86% RH
要素Uric acid degradation bifunctional protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein engineering / enzyme / loop flexibility / entropy of activation
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / allantoin metabolic process / urate catabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase, type 1 / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase superfamily / OHCU decarboxylase / Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase ...2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase, type 1 / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase superfamily / OHCU decarboxylase / Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-AZAXANTHINE / OXYGEN MOLECULE / Uric acid degradation bifunctional protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Hibi, T. / Itoh, T. / Nishiya, Y.
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: Flexibility of a Distal Interface Loop Modulates Water Network in the Active Site of Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase
著者: Hibi, T. / Itoh, T. / Nishiya, Y.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Hyperstabilization of Tetrameric Bacillus sp. TB-90 Urate Oxidase by Introducing Disulfide Bonds through Structural Plasticity.
著者: Hibi, T. / Kume, A. / Kawamura, A. / Itoh, T. / Fukada, H. / Nishiya, Y.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Intersubunit salt bridges with a sulfate anion control subunit dissociation and thermal stabilization of Bacillus sp. TB-90 urate oxidase.
著者: Hibi, T. / Hayashi, Y. / Fukada, H. / Itoh, T. / Nago, T. / Nishiya, Y.
履歴
登録2018年1月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uric acid degradation bifunctional protein
B: Uric acid degradation bifunctional protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,72711
ポリマ－74,0392
非ポリマー6889
水7,891438
1
A: Uric acid degradation bifunctional protein
B: Uric acid degradation bifunctional protein
ヘテロ分子

A: Uric acid degradation bifunctional protein
B: Uric acid degradation bifunctional protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,45422
ポリマ－148,0784
非ポリマー1,37618
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area25870 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area40680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.351, 133.356, 145.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uric acid degradation bifunctional protein / urate oxidase


分子量: 37019.594 Da / 分子数: 2 / 変異: P287G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus sp. (strain TB-90) (バクテリア)
株: TB-90 / 遺伝子: uao / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
参照: UniProt: Q45697, factor-independent urate hydroxylase

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非ポリマー , 6種, 447分子

#2: 化合物 ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン


分子量: 153.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3N5O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.85 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16% PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl, 0.08 M K2SO4, 2 mM 8-azaxthantine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 50914 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2456 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.324 / Rrim(I) all: 0.722 / Χ2: 0.991 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XFP

4xfp


解像度: 1.901→40.043 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 1859 3.94 %
Rwork0.1718 --
obs0.1736 47143 86.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→40.043 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4677 0 44 438 5159
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8026565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4292828
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9009-1.95230.24941090.23932729X-RAY DIFFRACTION68
1.9523-2.00980.32951110.21683062X-RAY DIFFRACTION76
2.0098-2.07460.28261360.21553120X-RAY DIFFRACTION78
2.0746-2.14880.28271160.19453157X-RAY DIFFRACTION78
2.1488-2.23480.23461460.18963161X-RAY DIFFRACTION79
2.2348-2.33650.22541340.1793155X-RAY DIFFRACTION79
2.3365-2.45970.21641390.1813375X-RAY DIFFRACTION84
2.4597-2.61380.21971490.18183560X-RAY DIFFRACTION88
2.6138-2.81550.24521510.17863734X-RAY DIFFRACTION93
2.8155-3.09880.20941670.17273883X-RAY DIFFRACTION95
3.0988-3.54690.21851570.15814039X-RAY DIFFRACTION99
3.5469-4.46780.16881740.14234080X-RAY DIFFRACTION100
4.4678-40.05170.21211700.17024229X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21530.19330.14530.6605-0.10090.26760.15280.1814-0.0756-0.2717-0.05240.1726-0.0929-0.044-0.09980.31470.0677-0.06840.2456-0.05930.2304-9.013-14.8267-52.7983
20.2637-0.09010.0430.6210.04390.96580.08620.0414-0.1446-0.0845-0.07590.13570.1327-0.1069-0.01260.2597-0.0189-0.05730.1929-0.03660.2722-13.2221-24.3464-39.0619
31.77131.2017-3.1650.8391-1.88818.3077-0.13740.222-0.1519-0.3856-0.0459-0.06190.19130.42660.1180.420.07660.02670.3778-0.02120.26647.0444-6.7444-62.1323
40.6594-0.1983-0.03780.38240.12770.43260.11560.1668-0.0994-0.1067-0.04010.03310.0718-0.0946-0.06510.23710.0233-0.03440.2079-0.00170.1927-15.2052-3.2877-46.8531
50.4395-0.08550.00290.42420.60510.88590.12080.18880.0853-0.3126-0.04620.043-0.135-0.0187-0.03710.22890.0333-0.02350.27080.04530.2654-16.530910.113-47.4104
60.3738-0.1216-0.17391.42720.21220.39540.0630.2428-0.0872-0.1756-0.05880.17110.0646-0.13020.02020.32570.0533-0.06610.3133-0.0170.2297-19.7352-0.5818-57.2112
70.4046-0.3988-0.29620.52860.09550.71540.06920.051-0.0926-0.2595-0.11130.0516-0.1-0.18950.01230.25960.0283-0.01940.24510.01510.2255-15.92017.9701-46.0081
80.7275-0.22130.3870.3435-0.21950.83180.0404-0.00470.0765-0.026-0.00540.08150.0137-0.0982-0.02710.16140.0112-0.0010.18990.00530.2004-19.775210.9303-24.8386
90.7078-0.16390.18610.476-0.07720.53780.0107-0.00990.10490.1178-0.00610.0414-0.0108-0.0462-0.01990.18780.00280.0110.19240.01530.1999-16.748310.5948-19.6787
100.3196-0.09220.04670.16450.02290.4398-0.003-0.0451-0.0619-0.00220.03570.09040.0671-0.0844-0.02560.1659-0.0102-0.00850.1830.01740.206-14.5003-5.3453-22.2446
110.6073-0.1655-0.0590.69030.12360.95130.021-0.0565-0.129-0.00350.04010.09430.1322-0.0978-0.04350.1528-0.0273-0.01360.18560.0310.2177-12.0472-13.7762-17.7787
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 119 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 120 through 135 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 136 through 192 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 193 through 213 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 214 through 263 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 264 through 310 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 8 through 91 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 92 through 135 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 136 through 192 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 193 through 310 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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