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- PDB-5z1g: Structure of the Brx1 and Ebp2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z1g
タイトルStructure of the Brx1 and Ebp2 complex
要素
  • Ribosome biogenesis protein BRX1
  • rRNA-processing protein EBP2
キーワードRIBOSOME / BRIX domain / pre-60S / pre-ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear division / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA primary transcript binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / preribosome, large subunit precursor / nuclear periphery / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing ...nuclear division / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA primary transcript binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / preribosome, large subunit precursor / nuclear periphery / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / 5S rRNA binding / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic rRNA processing / Eukaryotic rRNA processing protein EBP2 / Ribosome biogenesis protein BRX1 / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix
類似検索 - ドメイン・相同性
rRNA-processing protein EBP2 / Ribosome biogenesis protein BRX1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.294 Å
データ登録者Zheng, S. / Ye, K.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of an early precursor of large ribosomal subunit reveals a half-assembled intermediate.
著者: Dejian Zhou / Xing Zhu / Sanduo Zheng / Dan Tan / Meng-Qiu Dong / Keqiong Ye /
要旨: Assembly of eukaryotic ribosome is a complicated and dynamic process that involves a series of intermediates. It is unknown how the highly intertwined structure of 60S large ribosomal subunits is ...Assembly of eukaryotic ribosome is a complicated and dynamic process that involves a series of intermediates. It is unknown how the highly intertwined structure of 60S large ribosomal subunits is established. Here, we report the structure of an early nucleolar pre-60S ribosome determined by cryo-electron microscopy at 3.7 Å resolution, revealing a half-assembled subunit. Domains I, II and VI of 25S/5.8S rRNA pack tightly into a native-like substructure, but domains III, IV and V are not assembled. The structure contains 12 assembly factors and 19 ribosomal proteins, many of which are required for early processing of large subunit rRNA. The Brx1-Ebp2 complex would interfere with the assembly of domains IV and V. Rpf1, Mak16, Nsa1 and Rrp1 form a cluster that consolidates the joining of domains I and II. Our structure reveals a key intermediate on the path to establishing the global architecture of 60S subunits.
履歴
登録2017年12月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rRNA-processing protein EBP2
B: Ribosome biogenesis protein BRX1
C: rRNA-processing protein EBP2
D: Ribosome biogenesis protein BRX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8005
ポリマ－80,7044
非ポリマー961
水5,549308
1
A: rRNA-processing protein EBP2
D: Ribosome biogenesis protein BRX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4483
ポリマ－40,3522
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area15360 Å2
手法PISA
2
B: Ribosome biogenesis protein BRX1
C: rRNA-processing protein EBP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3522
ポリマ－40,3522
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.934, 47.353, 100.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 rRNA-processing protein EBP2 / EBNA1-binding protein homolog


分子量: 13053.873 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 186-295 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: EBP2, YKL172W, YKL636 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36049
#2: タンパク質 Ribosome biogenesis protein BRX1


分子量: 27298.133 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-259 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BRX1, YOL077C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08235
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris, pH 5.5 and 1.8M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.294→30 Å / Num. obs: 33644 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.294→2.34 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 1715 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.294→24.909 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2974 1680 5.06 %
Rwork0.2295 --
obs0.2331 33214 96.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.294→24.909 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5146 0 5 308 5459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0917102
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2283216
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006910
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2942-2.36160.3941300.27782616X-RAY DIFFRACTION96
2.3616-2.43780.33551340.26012684X-RAY DIFFRACTION99
2.4378-2.52480.36571480.26452706X-RAY DIFFRACTION99
2.5248-2.62580.31491550.25512642X-RAY DIFFRACTION99
2.6258-2.74520.31761440.24962672X-RAY DIFFRACTION99
2.7452-2.88970.37391440.23912714X-RAY DIFFRACTION100
2.8897-3.07050.29611250.24132725X-RAY DIFFRACTION100
3.0705-3.3070.28191560.22752699X-RAY DIFFRACTION100
3.307-3.63890.32341530.22312692X-RAY DIFFRACTION98
3.6389-4.16340.31771070.24481867X-RAY DIFFRACTION69
4.1634-5.23740.21921340.17662705X-RAY DIFFRACTION97
5.2374-24.91010.23881500.21292812X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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