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万見
- PDB-5z0b: Crystal structure of plasma-derived human serum albumin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z0b
タイトルCrystal structure of plasma-derived human serum albumin
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Human serum albumin
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
LINOLEIC ACID / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PALMITIC ACID / TRYPTOPHAN / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Park, J. / Kim, M.-S. / Shin, D.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2015R1D1A1A01058942 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of plasma-derived human serum albumin
著者: Park, J. / Kim, M.S. / Shin, D.H.
履歴
登録2017年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年6月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / chem_comp / computing / diffrn / entity / pdbx_audit_support / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_site / struct_site_gen / symmetry
Item: _cell.angle_beta / _cell.volume ..._cell.angle_beta / _cell.volume / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_all / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.type / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _software.version / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Ligand geometry
詳細: We have replaced several fatty acid ligands with longer fatty acids, re-modeled the ligand geometry, and refined the overall protein structure.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
C: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,97760
ポリマ－199,7623
非ポリマー8,21657
水8,305461
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21180 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area76450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)203.576, 113.466, 86.809
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.878, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66587.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768

-
非ポリマー , 10種, 518分子

#2: 化合物 ChemComp-EIC / LINOLEIC ACID / 9,12-LINOLEIC ACID / リノ-ル酸


分子量: 280.445 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸


分子量: 144.211 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG600, Ammonium sulfate, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→19.78 Å / Num. obs: 96299 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 35.86 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.17→2.29 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 11416 / Rsym value: 0.29 / % possible all: 78.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AO6

1ao6


解像度: 2.17→19.78 Å / SU ML: 0.258 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.3239
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 4822 5.01 %
Rwork0.1828 91467 -
obs0.1853 96289 96.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→19.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13495 0 534 461 14490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007714268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.914319109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04432067
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4175644
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.20.2775960.25251954X-RAY DIFFRACTION61.36
2.2-2.220.30521200.22582386X-RAY DIFFRACTION75.26
2.22-2.250.25741170.22132540X-RAY DIFFRACTION80.64
2.25-2.280.27291580.21672785X-RAY DIFFRACTION88.46
2.28-2.310.28471710.21093060X-RAY DIFFRACTION97.85
2.31-2.340.25041740.20383147X-RAY DIFFRACTION98.93
2.34-2.370.23361550.19873081X-RAY DIFFRACTION98.69
2.37-2.410.23651600.19493155X-RAY DIFFRACTION98.98
2.41-2.450.27021440.20123119X-RAY DIFFRACTION98.97
2.45-2.490.25471460.19823176X-RAY DIFFRACTION98.96
2.49-2.530.25781720.19993129X-RAY DIFFRACTION99.01
2.53-2.580.26671440.20013141X-RAY DIFFRACTION99.07
2.58-2.630.2721790.19613126X-RAY DIFFRACTION99.07
2.63-2.680.25111850.19653099X-RAY DIFFRACTION99.21
2.68-2.740.23121370.193154X-RAY DIFFRACTION99.1
2.74-2.80.24611740.20133174X-RAY DIFFRACTION99.23
2.8-2.870.25161770.19753089X-RAY DIFFRACTION99.15
2.87-2.950.24631750.20473123X-RAY DIFFRACTION99.34
2.95-3.030.2591460.20213165X-RAY DIFFRACTION99.43
3.03-3.130.27071550.20363175X-RAY DIFFRACTION99.34
3.13-3.240.2571670.19553172X-RAY DIFFRACTION99.38
3.24-3.370.25251460.19243153X-RAY DIFFRACTION99.49
3.37-3.530.22931700.17723149X-RAY DIFFRACTION99.55
3.53-3.710.21911990.16973116X-RAY DIFFRACTION99.49
3.71-3.940.20341940.16693156X-RAY DIFFRACTION99.7
3.94-4.240.20331700.15333163X-RAY DIFFRACTION99.55
4.24-4.660.20621580.15133193X-RAY DIFFRACTION99.73
4.66-5.330.22541870.1643170X-RAY DIFFRACTION99.76
5.33-6.670.22651700.19583205X-RAY DIFFRACTION99.94
6.67-19.780.20441760.16983212X-RAY DIFFRACTION99.01
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.4380300071 Å / Origin y: -8.39593435405 Å / Origin z: -18.2087829151 Å
111213212223313233
T0.358170978783 Å2-0.00734545067059 Å20.00443158604637 Å2-0.356259378784 Å2-0.025069542985 Å2--0.304270145083 Å2
L0.183653343441 °20.0579389621211 °20.0173917792905 °2-0.289964508204 °2-0.105662211305 °2--0.0334615613146 °2
S-0.0284112655503 Å °0.0643034805569 Å °0.0113985798518 Å °-0.0854270752174 Å °0.000789223832073 Å °-0.0085150038951 Å °0.012200153297 Å °-0.0217686084264 Å °1.87666820287E-13 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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