PDB-5yzn: Crystal structure of S9 peptidase (active form) from Deinococcus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yzn

タイトル

Crystal structure of S9 peptidase (active form) from Deinococcus radiodurans R1

要素

Acyl-peptide hydrolase, putative

キーワード

HYDROLASE / Serine peptidase / Merops S9 / POP family

機能・相同性

WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Alpha/Beta hydrolase fold / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / Acyl-peptide hydrolase, putative

機能・相同性情報

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Yadav, P. / Jamdar, S.N. / Kumar, A. / Ghosh, B. / Makde, R.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Carboxypeptidase in prolyl oligopeptidase family: Unique enzyme activation and substrate-screening mechanisms.
著者: Yadav, P. / Goyal, V.D. / Gaur, N.K. / Kumar, A. / Gokhale, S.M. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D.

履歴

登録	2017年12月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yzn.cif.gz	997.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yzn.ent.gz	834.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yzn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yzn_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yzn_full_validation.pdf.gz	473.8 KB	表示
XML形式データ	5yzn_validation.xml.gz	97.1 KB	表示
CIF形式データ	5yzn_validation.cif.gz	138.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/5yzn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/5yzn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yzmSC 5yzoC 6igpC 6igqC 6igrC 6ikgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ikg-d 5yzo-d 5i92-d 3otr-d 9501 4yu2-d 4mq2-d 6uwy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (2)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-peptide hydrolase, putative

B: Acyl-peptide hydrolase, putative

C: Acyl-peptide hydrolase, putative

D: Acyl-peptide hydrolase, putative

291 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Tetramer

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.432, 148.223, 190.211
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acyl-peptide hydrolase, putative / S9 prolyl oligopeptidase 分子量: 72728.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 遺伝子: DR_0165 / プラスミド: pST50Tr / 詳細 (発現宿主): pET based plasmid / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) plysS / 参照: UniProt: Q9RXY9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Acyl-peptide hydrolase, putative / S9 prolyl oligopeptidase

分子量: 72728.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DR_0165 / プラスミド: pST50Tr / 詳細 (発現宿主): pET based plasmid / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) plysS / 参照: UniProt: Q9RXY9

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.85 % / 解説: parallelepiped, size 200-300 micron
結晶化	温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.3 詳細: 40mM potassium phosphate, 20% glycerol, 16% PEG 8000 PH範囲: 4.5-5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月6日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39.28 Å / Num. obs: 151191 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 24.3 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.929 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 7386 / CC_1/2: 0.913 / R_pim(I) all: 0.373 / R_rim(I) all: 1.002 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
REFMAC		精密化
Coot		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MAR345dtb		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YZM

5yzm

解像度: 2.3→39.279 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2311	7497	4.99 %
R_work	0.2045	-	-
obs	0.2058	150388	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.279 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20100	0	0	1331	21431

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	20716
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.638	28293
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.404	11975
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	2936
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3793

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3261	0.3344	221	0.3069	4736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3261-2.3535	0.3176	236	0.2954	4738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3535-2.3822	0.3347	265	0.2802	4690	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3822-2.4123	0.3153	252	0.2811	4727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4123-2.4441	0.3305	238	0.2597	4718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.4776	0.2874	243	0.2563	4743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4776-2.5129	0.3208	238	0.2621	4762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5129-2.5505	0.2888	229	0.257	4719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5505-2.5903	0.2784	225	0.2534	4763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5903-2.6328	0.271	243	0.2468	4711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.6781	0.2986	256	0.2446	4761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6781-2.7268	0.2855	258	0.2427	4736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7268-2.7793	0.2682	232	0.2308	4756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7793-2.836	0.2746	271	0.2444	4727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.836-2.8976	0.2559	247	0.2392	4763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8976-2.965	0.3027	265	0.2457	4736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.965-3.0391	0.3082	277	0.2396	4717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0391-3.1213	0.2623	261	0.232	4727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1213-3.2131	0.2591	232	0.2246	4780	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2131-3.3167	0.2378	259	0.2178	4741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3167-3.4352	0.2243	246	0.2147	4781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4352-3.5727	0.2197	250	0.2081	4763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5727-3.7351	0.2351	276	0.194	4766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7351-3.9319	0.1881	238	0.1816	4766	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9319-4.178	0.1898	249	0.1688	4765	X-RAY DIFFRACTION	99
4.178-4.5001	0.1711	246	0.1501	4809	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5001-4.9522	0.1542	239	0.1401	4825	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9522-5.667	0.1614	260	0.1524	4854	X-RAY DIFFRACTION	100
5.667-7.1328	0.2005	272	0.1739	4904	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1328-39.2845	0.1662	273	0.1543	4907	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 132.5933 Å / Origin y: 173.8118 Å / Origin z: 47.5903 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2234 Å²	-0.0174 Å²	0.0024 Å²	-	0.2136 Å²	0.0295 Å²	-	-	0.2309 Å²
L	0.0528 °²	-0.0304 °²	-0.0451 °²	-	0.0087 °²	0.0159 °²	-	-	0.1679 °²
S	-0.0066 Å °	0.0212 Å °	0.007 Å °	-0.0032 Å °	0.0066 Å °	0.0235 Å °	-0.0151 Å °	-0.0554 Å °	0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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