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- PDB-5yve: Crystal structure of human P2X3 receptor in complex with the AF-2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yve
タイトルCrystal structure of human P2X3 receptor in complex with the AF-219 negative allosteric modulator
要素P2X purinoceptor 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion channels / ATP
機能・相同性
機能・相同性情報


Platelet homeostasis / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / neuromuscular synaptic transmission / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / peristalsis / urinary bladder smooth muscle contraction / response to carbohydrate / inorganic cation transmembrane transport / positive regulation of calcium ion transport into cytosol ...Platelet homeostasis / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / neuromuscular synaptic transmission / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / peristalsis / urinary bladder smooth muscle contraction / response to carbohydrate / inorganic cation transmembrane transport / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / cellular response to ATP / behavioral response to pain / protein homotrimerization / response to mechanical stimulus / response to cold / positive regulation of calcium-mediated signaling / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / establishment of localization in cell / calcium ion transmembrane transport / regulation of synaptic plasticity / Schaffer collateral - CA1 synapse / sensory perception of taste / response to heat / postsynapse / receptor complex / response to hypoxia / axon / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2X3 purinoceptor / atp-gated p2x4 ion channel / atp-gated p2x4 ion channel fold / atp-gated p2x4 ion channel domain / : / ATP P2X receptors signature. / ATP P2X receptor / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily / Helix Hairpins ...P2X3 purinoceptor / atp-gated p2x4 ion channel / atp-gated p2x4 ion channel fold / atp-gated p2x4 ion channel domain / : / ATP P2X receptors signature. / ATP P2X receptor / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily / Helix Hairpins / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AF9 / P2X purinoceptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wang, Y. / Hattori, M.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Druggable negative allosteric site of P2X3 receptors.
著者: Wang, J. / Wang, Y. / Cui, W.W. / Huang, Y. / Yang, Y. / Liu, Y. / Zhao, W.S. / Cheng, X.Y. / Sun, W.S. / Cao, P. / Zhu, M.X. / Wang, R. / Hattori, M. / Yu, Y.
履歴
登録2017年11月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7376
ポリマ－40,8941
非ポリマー8435
水00
1
A: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子

A: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子

A: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,21218
ポリマ－122,6823
非ポリマー2,52915
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area15010 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area43470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.613, 119.613, 235.691
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 P2X purinoceptor 3 / P2X3 / ATP receptor / Purinergic receptor


分子量: 40894.078 Da / 分子数: 1 / 変異: T13P,S15V,V16I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P2RX3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56373
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物 ChemComp-AF9 / 5-[2,4-bis(azanyl)pyrimidin-5-yl]oxy-2-methoxy-4-propan-2-yl-benzenesulfonamide / AF-219 / 2-メトキシ-4-イソプロピル-5-(2,4-ジアミノ-5-ピリミジニルオキシ)ベンゼンスルホンアミド


分子量: 353.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H19N5O4S
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.05M MgCl2, 0.1M Glycine pH 9.0, 22-24% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 17203 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 14.45
反射 シェル解像度: 3.4→3.6 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→47.587 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.07
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2956 1719 9.99 %
Rwork0.2353 --
obs0.2405 17203 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→47.587 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2481 0 54 0 2535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9033544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5561523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004449
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4001-3.50020.28961450.31411288X-RAY DIFFRACTION98
3.5002-3.61310.31711450.31861298X-RAY DIFFRACTION100
3.6131-3.74220.31461450.31291289X-RAY DIFFRACTION100
3.7422-3.89190.33141410.27921303X-RAY DIFFRACTION100
3.8919-4.0690.31821400.25311281X-RAY DIFFRACTION99
4.069-4.28340.25891420.21851275X-RAY DIFFRACTION99
4.2834-4.55160.22321460.19761299X-RAY DIFFRACTION100
4.5516-4.90270.23231400.18411281X-RAY DIFFRACTION99
4.9027-5.39540.27061440.18481295X-RAY DIFFRACTION99
5.3954-6.17470.2491410.21361295X-RAY DIFFRACTION99
6.1747-7.7740.29551460.261283X-RAY DIFFRACTION99
7.774-47.59170.35381440.24381297X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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