PDB-5yv0: DNA polymerase IV - DNA ternary complex 12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yv0

タイトル

DNA polymerase IV - DNA ternary complex 12

要素

DNA polymerase IV
DTN1
DTN2

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA POLYMERASE / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

SOS response / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Kottur, J. / Nair, D.T.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Pyrophosphate hydrolysis is an intrinsic and critical step of the DNA synthesis reaction.
著者: Kottur, J. / Nair, D.T.

履歴

登録	2017年11月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yv0.cif.gz	365.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yv0.ent.gz	290.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5yv0_validation.pdf.gz	872.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yv0_full_validation.pdf.gz	884.9 KB	表示
XML形式データ	5yv0_validation.xml.gz	32.7 KB	表示
CIF形式データ	5yv0_validation.cif.gz	47.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/5yv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/5yv0	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似性 (1)
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類似性 (1)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)

登録構造単位

F: DNA polymerase IV

A: DNA polymerase IV

G: DTN1

H: DTN2

B: DTN1

C: DTN2

ヘテロ分子

103 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: DNA polymerase IV

G: DTN1

H: DTN2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: DNA polymerase IV

B: DTN1

C: DTN2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.080, 57.120, 110.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.44, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FA

#1: タンパク質	DNA polymerase IV / Pol IV / Translesion synthesis polymerase IV / TSL polymerase IV 分子量: 39589.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: dinB, dinP, b0231, JW0221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 GBHC

#2: DNA鎖	DTN1 分子量: 5492.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: DNA鎖	DTN2 分子量: 5796.747 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 383分子

#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₇P₂
#7: 化合物	ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP 分子量: 482.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₂O₁₄P₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.67 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 15% MPD , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→65.23 Å / Num. obs: 63701 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.09→2.2 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IR1

4ir1

解像度: 2.09→44.73 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 27.74

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	6268	5.06 %
R_work	0.192	-	-
obs	0.195	63659	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→44.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5374	1362	52	375	7163

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7077
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.12	9860
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.824	4085
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1100
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1033

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.09-2.1138	0.3361	200	0.3086	4010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1138-2.1386	0.3479	204	0.2902	3855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1386-2.1647	0.3224	192	0.276	3978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1647-2.1921	0.3285	228	0.271	3933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1921-2.2209	0.3199	214	0.2732	3811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2209-2.2514	0.3696	220	0.3103	4002	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2514-2.2835	0.3196	167	0.2877	3973	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2835-2.3176	0.3283	211	0.2592	3862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3176-2.3538	0.3027	241	0.2456	3893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3538-2.3924	0.2889	208	0.2365	3971	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3924-2.4337	0.2775	214	0.2354	3880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4337-2.4779	0.2579	210	0.2227	3950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4779-2.5256	0.2885	203	0.2324	3911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5256-2.5771	0.2948	217	0.2315	3898	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5771-2.6331	0.2956	209	0.2314	3913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6331-2.6944	0.3306	217	0.2327	3941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6944-2.7618	0.2815	218	0.2278	3876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7618-2.8364	0.2623	248	0.2207	3882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8364-2.9199	0.2634	199	0.217	3928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9199-3.0141	0.2742	174	0.2145	3977	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0141-3.1218	0.2605	215	0.2082	3932	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1218-3.2468	0.2635	189	0.1833	3934	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2468-3.3945	0.211	171	0.1681	3939	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3945-3.5734	0.2032	212	0.1649	3970	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5734-3.7971	0.2248	217	0.1673	3879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7971-4.0901	0.2383	226	0.1619	3938	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0901-4.5014	0.1961	175	0.1472	3906	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5014-5.1519	0.2032	229	0.1522	3929	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1519-6.4877	0.1937	210	0.1679	3908	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4877-44.7354	0.1592	230	0.1461	3853	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3436	-0.2715	0.0722	1.975	-0.3749	1.6666	-0.0537	0.1755	0.0146	-0.3347	0.0083	-0.5736	0.1084	0.0656	0.043	0.2373	-0.0275	0.0787	0.2184	-0.0132	0.3945	4.5465	-14.602	-70.0541
2	0.9616	-0.121	0.7083	1.9265	0.2398	0.8028	-0.1057	0.1304	0.6482	-0.2837	-0.1311	0.1842	-0.2849	-0.1758	0.1928	0.3032	0.0153	-0.0975	0.247	0.0199	0.5107	-12.7751	2.6427	-69.3005
3	1.6247	-0.546	0.3072	1.787	-0.0544	1.2967	-0.2836	-0.2773	0.0878	0.5257	0.057	-0.3329	-0.0654	-0.0446	0.2095	0.3273	0.0505	-0.0805	0.2507	-0.0658	0.4529	1.1524	-15.3217	-44.4889
4	1.7588	0.1749	0.371	2.1253	-0.4952	1.6901	-0.1421	-0.2522	0.3888	-0.1371	0.1367	0.2614	0.1952	-0.5428	0.0116	0.1438	-0.0583	0.0219	0.4445	-0.1339	0.2893	-30.7966	-19.6515	-64.0835
5	1.3276	0.095	0.135	1.1602	0.318	1.2982	0.0563	-0.1087	-0.122	0.4161	0.0045	-0.2986	0.157	0.2884	-0.045	0.5761	0.062	-0.1145	0.3865	0.0113	0.3156	-27.9208	-8.8393	3.3132
6	0.9091	-0.0404	-0.1529	1.2936	0.1032	1.1801	0.1266	0.1292	0.1343	0.1097	-0.0283	-0.1123	-0.7009	0.4995	-0.1192	0.6538	-0.0582	-0.0053	0.3831	-0.0196	0.3329	-25.5795	8.047	-14.5687
7	1.0159	-0.0629	0.0608	1.3335	-0.2643	0.9965	0.121	-0.0518	-0.0335	-0.0658	-0.031	0.3441	0.0665	-0.1571	-0.0777	0.5582	-0.0028	0.0199	0.3581	0.0193	0.26	-52.6559	-9.5201	-4.5802
8	1.3715	-0.187	0.076	1.8903	0.2997	2.2335	-0.0851	0.0357	-0.2353	0.1416	-0.0839	-0.1098	0.3222	0.3002	0.1446	0.4222	0.1442	0.0414	0.4282	0	0.272	-27.7262	-15.5463	-32.4644
9	2.6456	0.5677	0.253	2.1435	-0.9964	1.3446	-0.0471	-0.4809	-0.3529	0.0327	-0.1059	-0.1073	0.1092	-0.1799	0.1478	0.198	0.0021	0.067	0.3463	-0.0049	0.3317	-18.5835	-24.8042	-52.887
10	0.7496	1.21	0.603	1.96	0.9787	0.4886	0.1321	0.006	-0.0211	0.0703	-0.1668	0.082	0.0704	-0.2258	0.0334	0.5764	-0.0011	-0.0012	0.4396	-0.0505	0.312	-41.888	-20.086	-23.1246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'F' AND (RESID 0 THROUGH 10 OR RESID 76 THROUGH 164 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'F' AND (RESID 11 THROUGH 75 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'F' AND (RESID 165 THROUGH 229 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'F' AND (RESID 241 THROUGH 341 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 0 THROUGH 10 OR RESID 76 THROUGH 164 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 11 THROUGH 75 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 165 THROUGH 229 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 241 THROUGH 341 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'H' AND (RESID 860 THROUGH 874 ) OR CHAIN 'G' AND (RESID 838 THROUGH 854) OR CHAIN 'F' AND (RESID 901 THROUGH 904)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 838 THROUGH 854 ) OR CHAIN 'C' AND (RESID 857 THROUGH 874) OR CHAIN 'A' AND (RESID 901 THROUGH 903)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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