PDB-5yux: DNA polymerase IV - DNA ternary complex 8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yux

タイトル

DNA polymerase IV - DNA ternary complex 8

要素

DNA polymerase IV
DTN1
DTN2

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA POLYMERASE / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Kottur, J. / Nair, D.T.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Pyrophosphate hydrolysis is an intrinsic and critical step of the DNA synthesis reaction
著者: Kottur, J. / Nair, D.T.

履歴

登録	2017年11月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yux.cif.gz	373.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yux.ent.gz	297.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yux.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yux_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yux_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5yux_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	5yux_validation.cif.gz	51.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yux	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yurC 5yusC 5yutC 5yuuC 5yuvC 5yuwC 5yuyC 5yuzC 5yv0C 5yv1C 5yv2C 5yv3C 5yydC 5yyeC 5zlvC 6ig1C 4ir1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yuv-1 3sfu-1 3nai-2 5hjd-1 6kw0-d 2uzx-1 5gks-d 3sfg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)
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類似性 (1)
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リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)

登録構造単位

F: DNA polymerase IV

A: DNA polymerase IV

G: DTN1

H: DTN2

B: DTN1

C: DTN1

ヘテロ分子

103 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: DNA polymerase IV

G: DTN1

H: DTN2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: DNA polymerase IV

B: DTN1

C: DTN1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.070, 57.090, 109.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FA

#1: タンパク質	DNA polymerase IV / Pol IV / Translesion synthesis polymerase IV / TSL polymerase IV 分子量: 39589.895 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-351 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: dinB, dinP, b0231, JW0221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase

#1: タンパク質

DNA polymerase IV / Pol IV / Translesion synthesis polymerase IV / TSL polymerase IV

分子量: 39589.895 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-351 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: dinB, dinP, b0231, JW0221 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 GBCH

#2: DNA鎖	DTN1 分子量: 5796.747 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: DNA鎖	DTN2 分子量: 5483.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 548分子

#4: 化合物	ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP 分子量: 482.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₂O₁₄P₃
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト分子量: 173.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₇P₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.82 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 15% MPD , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→54.83 Å / Num. obs: 68221 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.04→2.15 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IR1

4ir1

解像度: 2.04→44.638 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 26.79

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2367	6667	5.1 %
R_work	0.1852	-	-
obs	0.1878	67598	98.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→44.638 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5374	1362	80	540	7356

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7123
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.025	9929
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.971	4068
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1113
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1034

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.04-2.0632	0.3592	221	0.3155	4060	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0632-2.0875	0.3215	208	0.3009	4020	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0875-2.1129	0.3033	190	0.2721	4119	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1129-2.1397	0.3065	248	0.2664	4039	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1397-2.1678	0.283	233	0.2541	4108	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1678-2.1975	0.288	258	0.2462	4042	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1975-2.2289	0.3048	204	0.254	4076	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2289-2.2622	0.2728	217	0.2573	4145	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2622-2.2975	0.2486	190	0.24	4127	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2975-2.3352	0.3115	220	0.2364	4090	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3352-2.3754	0.2721	246	0.2313	4060	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3754-2.4186	0.3161	244	0.2342	4097	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4186-2.4652	0.2622	218	0.2234	4232	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4652-2.5155	0.2905	220	0.2234	4116	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5155-2.5702	0.2978	215	0.2239	4103	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5702-2.6299	0.2911	232	0.2237	4170	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6299-2.6957	0.3063	231	0.2152	4208	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6957-2.7686	0.2401	226	0.2019	4078	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7686-2.85	0.2553	254	0.2056	4187	X-RAY DIFFRACTION	99
2.85-2.942	0.2865	198	0.201	4200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.942-3.0471	0.2619	208	0.1968	4201	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0471-3.1691	0.2438	230	0.1811	4186	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1691-3.3133	0.2239	185	0.1639	4224	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3133-3.4879	0.1827	213	0.1663	4171	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4879-3.7063	0.2212	208	0.1662	4205	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7063-3.9923	0.2188	269	0.1557	4162	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9923-4.3938	0.2226	169	0.1405	4257	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3938-5.0288	0.2148	243	0.1467	4167	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0288-6.3329	0.1934	228	0.1616	4214	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3329-44.6487	0.1664	241	0.1492	3916	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1091	-0.6261	1.61	2.5108	-0.3388	3.2391	-0.0021	0.2426	-0.0621	-0.3406	-0.0032	-0.7782	0.1252	0.2428	0.0066	0.235	-0.025	0.0953	0.221	-0.016	0.488	4.6232	-13.9645	-69.925
2	1.3972	-0.4433	0.5488	4.3686	0.7108	1.8331	-0.1186	0.1804	0.7558	-0.3232	-0.1963	0.1916	-0.4122	-0.1334	0.2673	0.3112	0.0099	-0.1325	0.2432	0.0214	0.5793	-12.7042	3.3131	-69.162
3	3.823	-0.8095	-0.3401	2.6694	-0.6375	2.477	-0.2761	-0.3833	0.2586	0.5706	0.0718	-0.3514	-0.1217	-0.0257	0.1819	0.3338	0.0439	-0.1296	0.238	-0.0828	0.5133	1.2034	-14.6549	-44.3655
4	3.6175	0.2178	0.9858	3.0307	0.1228	2.4542	-0.1725	-0.4902	0.5844	-0.2022	0.1193	0.2194	0.2063	-0.5394	0.0268	0.154	-0.0571	0.0255	0.4483	-0.1507	0.3077	-30.7567	-18.9294	-63.9925
5	3.3867	0.3689	-0.0952	1.7098	-0.0132	1.7817	0.0428	-0.2773	-0.2389	0.4696	0.007	-0.3143	0.3249	0.3639	-0.0399	0.626	0.0786	-0.1077	0.4082	0.0073	0.2975	-27.9071	-8.1895	3.2892
6	4.4075	-0.6526	-0.4559	4.8541	-0.7605	2.6541	0.1979	-0.045	0.3764	0.1348	-0.0824	-0.3017	-0.7786	0.5649	-0.1195	0.6291	-0.0655	0.0248	0.375	-0.0412	0.2975	-25.5596	8.6874	-14.5598
7	2.8289	0.0621	0.5698	3.7945	-1.0234	1.5391	0.0837	0.0275	0.0378	-0.1216	0.0501	0.3968	0.1863	-0.3712	-0.1475	0.6059	-0.0085	0.0347	0.3928	0.0161	0.2405	-52.6141	-8.8857	-4.5093
8	2.2824	-0.8611	-0.0982	4.0636	-0.1148	4.8171	-0.0865	0.009	-0.256	0.2056	-0.1097	-0.1587	0.4934	0.4711	0.1837	0.4135	0.1268	0.0233	0.4022	-0.0115	0.2319	-27.6957	-14.8661	-32.395
9	4.5931	1.1874	-0.0918	3.1804	-1.6063	1.9255	-0.1006	-0.6425	-0.4185	0.0896	-0.1674	-0.1924	0.1089	-0.245	0.1799	0.2085	-0.012	0.0683	0.3273	-0.0416	0.3155	-17.8533	-23.0023	-53.5773
10	1.8306	2.9355	1.1369	4.9797	2.1085	0.7899	0.1651	-0.0772	0.0279	0.0772	-0.2264	0.1629	0.1154	-0.2713	0.047	0.6088	0.0151	0.0028	0.461	-0.0251	0.3159	-41.8538	-19.3916	-23.0758

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'F' and (resid 0 through 10 or resid 76 through 164 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'F' and (resid 11 through 75 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'F' and (resid 165 through 229 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'F' and (resid 241 through 341 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 0 through 10 or resid 76 through 164 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 11 through 75 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 165 through 229 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 241 through 341 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 860 through 874 ) or chain 'G' and (resid 838 through 854) or chain 'F' and (resid 900 through 903)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 838 through 854 ) or chain 'C' and (resid 857 through 874) or chain 'A' and (resid 900 through 903)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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