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- PDB-5yuw: DNA polymerase IV - DNA ternary complex 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yuw
タイトルDNA polymerase IV - DNA ternary complex 6
要素
  • DNA polymerase IV
  • DTN1
  • DTN2C
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DAN / DNA POLYMERASE / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DAN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / : / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / : / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.124 Å
データ登録者Kottur, J. / Nair, D.T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Pyrophosphate hydrolysis is an intrinsic and critical step of the DNA synthesis reaction
著者: Kottur, J. / Nair, D.T.
履歴
登録2017年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
B: DTN1
C: DTN2C
F: DNA polymerase IV
G: DTN1
H: DTN2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,30213
ポリマ－101,7586
非ポリマー1,5447
水9,404522
1
A: DNA polymerase IV
B: DTN1
C: DTN2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8927
ポリマ－50,8793
非ポリマー1,0134
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: DNA polymerase IV
G: DTN1
H: DTN2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4106
ポリマ－50,8793
非ポリマー5313
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.190, 57.010, 110.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AF

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV / Translesion synthesis polymerase IV / TSL polymerase IV


分子量: 39589.895 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: dinB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 4分子 BGCH

#2: DNA鎖 DTN1


分子量: 5492.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DTN2C


分子量: 5796.747 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: PVI represents the pentacovalent intermediate formed during DNA synthesis
由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 529分子

#4: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 15% MPD , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.124→109.7 Å / Num. obs: 60569 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.124→2.14 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IR1

4ir1


解像度: 2.124→44.64 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 25.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 5810 5.08 %
Rwork0.189 --
obs0.191 59515 97.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.124→44.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5373 1322 91 522 7308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6329857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.9764135
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571091
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061032
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.124-2.14810.3482030.27253354X-RAY DIFFRACTION90
2.1481-2.17340.31981580.27093457X-RAY DIFFRACTION91
2.1734-2.19990.28972170.27023390X-RAY DIFFRACTION91
2.1999-2.22780.33791710.28183391X-RAY DIFFRACTION92
2.2278-2.25710.32171820.31763423X-RAY DIFFRACTION92
2.2571-2.2880.27431570.26933521X-RAY DIFFRACTION93
2.288-2.32070.2971910.24673394X-RAY DIFFRACTION93
2.3207-2.35530.28762170.24643577X-RAY DIFFRACTION95
2.3553-2.39210.29881900.24553587X-RAY DIFFRACTION95
2.3921-2.43130.28061850.24463495X-RAY DIFFRACTION95
2.4313-2.47330.28771920.23593601X-RAY DIFFRACTION96
2.4733-2.51820.28461870.23423600X-RAY DIFFRACTION97
2.5182-2.56670.28531920.23563568X-RAY DIFFRACTION97
2.5667-2.6190.34022080.23813644X-RAY DIFFRACTION98
2.619-2.6760.27481980.23473702X-RAY DIFFRACTION99
2.676-2.73820.29322070.2313702X-RAY DIFFRACTION99
2.7382-2.80670.26552340.21053678X-RAY DIFFRACTION100
2.8067-2.88260.22381830.2133764X-RAY DIFFRACTION100
2.8826-2.96740.26311730.20543718X-RAY DIFFRACTION100
2.9674-3.06310.27571990.2023697X-RAY DIFFRACTION100
3.0631-3.17260.24261960.18853799X-RAY DIFFRACTION100
3.1726-3.29960.24231710.17573704X-RAY DIFFRACTION100
3.2996-3.44970.17661620.16673783X-RAY DIFFRACTION100
3.4497-3.63150.19672160.17483699X-RAY DIFFRACTION100
3.6315-3.85890.2442040.16683714X-RAY DIFFRACTION100
3.8589-4.15660.20422010.1523734X-RAY DIFFRACTION100
4.1566-4.57450.20711850.14493742X-RAY DIFFRACTION100
4.5745-5.23560.18872080.14943714X-RAY DIFFRACTION100
5.2356-6.59290.19572120.16993720X-RAY DIFFRACTION100
6.5929-44.64580.14482110.14653684X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3302-0.56940.69362.3499-0.28822.42-0.00610.2129-0.0734-0.3920.0201-0.66380.14670.11650.04750.2262-0.02330.08760.2363-0.02880.47474.6954-13.8079-69.9461
21.5004-0.29880.5412.95590.0371.4525-0.10790.19330.5937-0.3356-0.14470.0969-0.2714-0.18440.18750.26160.0138-0.0890.22370.01050.4786-12.6313.4132-69.187
32.1161-0.7840.251.9929-0.16911.8341-0.2602-0.33740.0630.52320.0086-0.2781-0.1618-0.06780.18770.30560.0364-0.0930.2421-0.05280.49781.3053-14.5693-44.3531
43.12670.2630.5433.3232-0.30682.4576-0.1451-0.3480.4381-0.22120.16770.22730.2581-0.4733-0.0960.1585-0.06290.02180.467-0.13290.3222-30.7106-18.8424-63.9615
51.85230.3191-0.07161.55710.20321.26940.0657-0.1713-0.17380.4041-0.0217-0.30430.2630.3109-0.0630.55520.0776-0.09990.39030.00880.2946-27.9141-8.06453.3084
61.39420.0654-0.47812.4421-0.39931.44480.19190.00750.20070.081-0.0699-0.2105-0.61860.4803-0.06970.5919-0.04430.01640.3941-0.05230.3205-25.58248.7919-14.5692
71.720.01990.15151.9557-0.70041.00410.03590.02190.0713-0.06690.04320.28460.0689-0.1753-0.08820.567-0.01040.03960.38420.01730.2603-52.6404-8.8571-4.5283
81.91970.1122-0.3272.21060.55043.184-0.09790.0455-0.18950.148-0.0593-0.08840.39160.37390.13880.41190.13650.03520.4122-0.00620.2335-27.6851-14.756-32.4493
94.08140.9594-0.03612.1686-0.74811.5119-0.0538-0.6187-0.51230.1157-0.1434-0.15620.1678-0.20320.08430.2272-0.00930.07160.3484-0.01490.3524-18.5258-24.0159-52.7664
100.98181.38540.60122.07140.9410.39150.1091-0.0438-0.03520.1224-0.14360.04270.1072-0.2395-0.01970.6062-0.011-0.00910.4299-0.04150.2929-41.8759-19.2852-23.0962
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'F' AND (RESID 0 THROUGH 10 OR RESID 76 THROUGH 164 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'F' AND (RESID 11 THROUGH 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'F' AND (RESID 165 THROUGH 229 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'F' AND (RESID 241 THROUGH 341 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 0 THROUGH 10 OR RESID 76 THROUGH 164 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 11 THROUGH 75 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 165 THROUGH 229 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 241 THROUGH 341 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'H' AND (RESID 860 THROUGH 873 ) OR CHAIN 'G' AND (RESID 838 THROUGH 854) OR CHAIN 'F' AND (RESID 901 THROUGH 902)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 838 THROUGH 854 ) OR CHAIN 'C' AND (RESID 857 THROUGH 873) OR CHAIN 'A' AND (RESID 900 THROUGH 902)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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