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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yut | ||||||
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タイトル | DNA polymerase IV - DNA ternary complex 3 | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA POLYMERASE / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kottur, J. / Nair, D.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Pyrophosphate hydrolysis is an intrinsic and critical step of the DNA synthesis reaction 著者: Kottur, J. / Nair, D.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 366.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 291.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5yurC ![]() 5yusC ![]() 5yuuC ![]() 5yuvC ![]() 5yuwC ![]() 5yuxC ![]() 5yuyC ![]() 5yuzC ![]() 5yv0C ![]() 5yv1C ![]() 5yv2C ![]() 5yv3C ![]() 5yydC ![]() 5yyeC ![]() 5zlvC ![]() 6ig1C ![]() 4ir1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39589.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 5492.554 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 15% MPD , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→71.04 Å / Num. obs: 58767 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 8531 / CC1/2: 0.734 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4IR1 解像度: 2.15→54.885 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 26.19 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→54.885 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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