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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5yut | ||||||
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Title | DNA polymerase IV - DNA ternary complex 3 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA POLYMERASE / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding ...DNA synthesis involved in DNA repair / error-free translesion synthesis / SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kottur, J. / Nair, D.T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Pyrophosphate hydrolysis is an intrinsic and critical step of the DNA synthesis reaction Authors: Kottur, J. / Nair, D.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 291.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 35 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 51.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5yurC ![]() 5yusC ![]() 5yuuC ![]() 5yuvC ![]() 5yuwC ![]() 5yuxC ![]() 5yuyC ![]() 5yuzC ![]() 5yv0C ![]() 5yv1C ![]() 5yv2C ![]() 5yv3C ![]() 5yydC ![]() 5yyeC ![]() 5zlvC ![]() 6ig1C ![]() 4ir1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 39589.895 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 5492.554 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.1 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.2 Details: 15% MPD , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 130 mm / Detector: CCD / Date: Sep 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95372 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→71.04 Å / Num. obs: 58767 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 4.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.27 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 8531 / CC1/2: 0.734 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4IR1 Resolution: 2.15→54.885 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / Phase error: 26.19 Details: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→54.885 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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