PDB-5yus: DNA polymerase IV - DNA ternary complex 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yus

タイトル

DNA polymerase IV - DNA ternary complex 2

要素

DNA polymerase IV
DTN

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA POLYMERASE / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

SOS response / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Kottur, J. / Nair, D.T.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Pyrophosphate hydrolysis is an intrinsic and critical step of the DNA synthesis reaction
著者: Kottur, J. / Nair, D.T.

履歴

登録	2017年11月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yus.cif.gz	371.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yus.ent.gz	297.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yus_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yus_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5yus_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	5yus_validation.cif.gz	54.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yus	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)

登録構造単位

F: DNA polymerase IV

A: DNA polymerase IV

G: DTN

H: DTN

B: DTN

C: DTN

ヘテロ分子

102 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: DNA polymerase IV

G: DTN

H: DTN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: DNA polymerase IV

B: DTN

C: DTN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.840, 57.120, 110.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DNA polymerase IV / Pol IV / Translesion synthesis polymerase IV / TSL polymerase IV 分子量: 39589.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dinB, dinP, b0231, JW0221 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖	DTN 分子量: 5492.554 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 482.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₂O₁₄P₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.45 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 15% MPD , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→57.12 Å / Num. obs: 80323 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.94→2.04 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 11636 / CC_1/2: 0.749 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.94→44.721 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 25.41
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2277	7791	4.98 %	RANDOM
R_work	0.1899	-	-	-
obs	0.1918	80158	99.78 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→44.721 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5374	1356	62	682	7474

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7053
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.019	9825
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.492	4040
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1102
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1031

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.962	0.3655	263	0.3231	4976	X-RAY DIFFRACTION	100
1.962-1.9851	0.3198	231	0.2955	4887	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9851-2.0093	0.3231	273	0.2961	4963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0093-2.0348	0.3304	269	0.2839	5038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0348-2.0615	0.3058	247	0.2858	4908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0615-2.0898	0.3193	225	0.2762	4977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0898-2.1196	0.2845	230	0.2551	5068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1196-2.1513	0.2691	256	0.2316	4896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1513-2.1849	0.2677	247	0.2286	5004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1849-2.2207	0.2816	246	0.2306	4965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2207-2.259	0.2962	274	0.2456	4994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.259-2.3001	0.2859	274	0.2292	4896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3001-2.3443	0.2848	275	0.226	4946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3443-2.3922	0.2747	272	0.233	4996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3922-2.4442	0.2835	241	0.2278	4934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4442-2.501	0.2723	262	0.2225	4934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.501-2.5636	0.284	288	0.2135	5003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5636-2.6329	0.2226	262	0.2085	4927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6329-2.7103	0.2489	291	0.2037	4976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7103-2.7978	0.246	285	0.2069	4873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7978-2.8978	0.2555	265	0.2132	4989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8978-3.0138	0.249	241	0.1988	4948	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0138-3.1509	0.2317	254	0.1882	5005	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1509-3.317	0.2233	238	0.1737	4958	X-RAY DIFFRACTION	100
3.317-3.5247	0.1739	237	0.1683	4974	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5247-3.7968	0.2263	275	0.164	4963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7968-4.1786	0.2066	268	0.155	4964	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1786-4.7826	0.2011	242	0.1413	5003	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7826-6.0233	0.1842	282	0.1615	4898	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0233-44.7326	0.1603	278	0.1618	4650	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.352	0.2818	0.4692	1.516	-0.0069	2.3755	0.0298	-0.3045	-0.0932	0.3299	-0.0077	0.674	0.1399	-0.2413	-0.0011	0.2029	0.0079	0.0669	0.2256	0.0541	0.5488	72.0875	12.4271	180.4027
2	1.0069	-0.1833	0.7536	2.018	-0.3219	1.042	-0.0596	-0.1698	0.6007	0.2736	-0.2569	0.0401	-0.2896	0.1333	0.2123	0.2838	-0.0337	-0.1168	0.2045	0.0129	0.5341	89.4781	29.6725	179.6086
3	1.6828	0.584	0.1954	1.2558	-0.301	1.027	-0.2582	0.2663	0.0373	-0.4161	-0.0277	0.1543	-0.1103	0.0409	0.2393	0.3085	-0.0396	-0.1336	0.2571	0.0472	0.6036	75.5036	11.6563	154.6508
4	1.5215	-0.3397	0.2105	2.0018	0.4154	1.6811	-0.1458	0.4258	0.2164	0.2384	0.1135	-0.1907	0.2854	0.5253	0.051	0.0946	0.0647	0.0612	0.4896	0.1983	0.2853	107.7181	7.6171	174.415
5	1.4571	-0.284	0.4117	1.4837	-0.1385	1.4466	0.0723	0.1774	-0.1375	-0.426	0.0522	0.2519	0.2952	-0.4911	-0.1104	0.5702	-0.1269	-0.0822	0.4579	0.0297	0.2564	105.3918	18.1296	106.7204
6	1.0139	-0.2374	-0.3951	1.3824	-0.1604	1.7384	0.1823	-0.0468	0.2699	-0.1108	0.0009	0.202	-0.6687	-0.6423	-0.15	0.5535	0.0807	0.0524	0.3869	0.062	0.2812	103.0196	35.0488	124.5993
7	0.7199	-0.0841	-0.0261	1.1304	0.4211	0.934	0.0115	0.0636	0.1142	-0.0109	0.0111	-0.3133	0.3249	0.4614	-0.0409	0.6125	0.016	0.0494	0.4665	-0.0196	0.256	130.117	17.2814	114.7234
8	1.2772	0.3408	0.0041	1.8888	-0.2142	2.3705	-0.0693	0.0019	-0.1328	-0.2433	-0.0063	0.1638	0.4169	-0.4814	0.0481	0.3964	-0.1511	0.0178	0.3955	0.0041	0.1979	104.9264	11.5202	142.6458
9	1.8376	-0.5876	0.1862	1.4495	1.1125	1.0907	-0.1021	0.391	-0.2475	-0.1009	-0.0895	0.0427	0.0877	0.2811	0.1459	0.2512	0.0193	0.0921	0.3578	0.0826	0.3975	95.6417	2.9319	162.8754
10	1.3124	-0.9383	0.4736	1.4945	-0.7471	0.3347	0.0717	0.0644	-0.0877	0.0764	-0.1461	-0.0566	0.1374	0.2635	0.0565	0.5279	0.0301	0.002	0.3488	0.0164	0.2197	119.8798	6.4098	134.1382

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'F' and (resid 0 through 10 or resid 76 through 164 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'F' and (resid 11 through 75 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'F' and (resid 165 through 229 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'F' and (resid 241 through 341 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 0 through 10 or resid 76 through 164 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 11 through 75 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 165 through 229 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 241 through 341 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 860 through 873 ) or chain 'G' and (resid 837 through 854) or chain 'F' and (resid 900 through 902)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 837 through 854 ) or chain 'C' and (resid 857 through 873) or chain 'A' and (resid 900 through 902)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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