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- PDB-5ytk: Crystal structure of SIRT3 bound to a leucylated AceCS2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ytk
タイトルCrystal structure of SIRT3 bound to a leucylated AceCS2
要素
  • AceCS2-KLeu
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / DNA-dependent deacetylase sirtuin-3 / leucylated AceCS2
機能・相同性
機能・相同性情報


propionate biosynthetic process / propionate-CoA ligase / acetate biosynthetic process / propionate-CoA ligase activity / positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity ...propionate biosynthetic process / propionate-CoA ligase / acetate biosynthetic process / propionate-CoA ligase activity / positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / peptidyl-lysine deacetylation / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / acetyl-CoA biosynthetic process / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K4 deacetylase activity, NAD-dependent / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation / positive regulation of oxidative phosphorylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / protein lysine deacetylase activity / cellular response to stress / AMP binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / NAD+ binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / aerobic respiration / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of insulin secretion / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain ...Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / ANL, N-terminal domain / TPP-binding domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LEUCINE / LYSINE / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial / Acetyl-coenzyme A synthetase 2-like, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Li, J. / Gong, W. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Cell Metab. / 年: 2018
タイトル: Sensing and Transmitting Intracellular Amino Acid Signals through Reversible Lysine Aminoacylations
著者: He, X.D. / Gong, W. / Zhang, J.N. / Nie, J. / Yao, C.F. / Guo, F.S. / Lin, Y. / Wu, X.H. / Li, F. / Li, J. / Sun, W.C. / Wang, E.D. / An, Y.P. / Tang, H.R. / Yan, G.Q. / Yang, P.Y. / Wei, Y. ...著者: He, X.D. / Gong, W. / Zhang, J.N. / Nie, J. / Yao, C.F. / Guo, F.S. / Lin, Y. / Wu, X.H. / Li, F. / Li, J. / Sun, W.C. / Wang, E.D. / An, Y.P. / Tang, H.R. / Yan, G.Q. / Yang, P.Y. / Wei, Y. / Mao, Y.Z. / Lin, P.C. / Zhao, J.Y. / Xu, Y. / Xu, W. / Zhao, S.M.
履歴
登録2017年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
C: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
D: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
E: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
F: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
G: AceCS2-KLeu
J: AceCS2-KLeu
K: AceCS2-KLeu
L: AceCS2-KLeu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,19424
ポリマ－186,72010
非ポリマー1,47414
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14400 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area69300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.906, 108.906, 340.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A
211CHAIN B
311CHAIN C
411CHAIN D
511CHAIN E
611CHAIN F
112CHAIN K
212CHAIN L

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 10分子 ABCDEFGJKL

#1: タンパク質
NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial / hSIRT3 / Regulatory protein SIR2 homolog 3 / SIR2-like protein 3


分子量: 30495.225 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT3, SIR2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NTG7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド
AceCS2-KLeu


分子量: 937.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NUB1*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 116分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#5: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1M MES monohydrate (pH6.2) and 8% PEG 20,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月22日
放射モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 65640 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 53.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.758 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GLR

3glr


解像度: 2.7→38.8 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.68
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 2007 3.07 %RANDOM SELECTION
Rwork0.201 ---
obs0.202 65421 100 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→38.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13111 0 72 102 13285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613555
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.918446
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.445053
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042084
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062404
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11A7951X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B7951X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
13C7951X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
14D7951X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
15E7951X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
16F7951X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
21K48X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22L48X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.76750.36751370.29534465X-RAY DIFFRACTION100
2.7675-2.84230.34251420.28664449X-RAY DIFFRACTION100
2.8423-2.92590.27271400.28514454X-RAY DIFFRACTION100
2.9259-3.02030.34231450.27934506X-RAY DIFFRACTION100
3.0203-3.12820.31661420.26784451X-RAY DIFFRACTION100
3.1282-3.25340.28991450.26054483X-RAY DIFFRACTION100
3.2534-3.40140.2591390.23664512X-RAY DIFFRACTION100
3.4014-3.58060.27761440.22914467X-RAY DIFFRACTION100
3.5806-3.80480.22611410.20684520X-RAY DIFFRACTION100
3.8048-4.09820.24931450.18364534X-RAY DIFFRACTION100
4.0982-4.51010.17881430.16424545X-RAY DIFFRACTION100
4.5101-5.16140.18951430.15014572X-RAY DIFFRACTION100
5.1614-6.49790.22141490.17644643X-RAY DIFFRACTION100
6.4979-38.80510.19371520.15844813X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0955-0.46970.17063.2139-1.54371.71810.0332-0.0112-0.1089-0.0009-0.26741.17230.7242-0.65770.09370.4450.05760.05750.7907-0.05920.519965.796955.101459.6679
22.4770.3829-0.76741.23080.97610.97840.0559-0.27660.315-0.01820.036-0.09790.05640.1825-0.00140.57360.10410.12420.629-0.04060.460879.238859.61955.9882
30.5268-0.15950.12550.20580.18810.2424-0.56880.13170.6030.16740.46821.2192-0.89-1.2302-0.00180.98920.12580.01830.9898-0.09320.999885.683572.924730.0411
40.033-0.1561-0.14010.26590.24710.40760.37370.22070.9659-0.1396-0.1576-0.373-0.7065-0.54250.00030.67330.0509-0.03880.7148-0.02970.815690.576965.481726.0711
51.7611.001-0.31150.3133-0.36251.00150.2284-0.18570.46160.12450.13880.0625-0.60610.213-0.00050.65010.03280.09080.5511-0.09930.563791.72267.265443.2543
61.44570.6851-0.6044-0.3464-0.43321.9868-0.0171-0.42140.29310.17940.00690.0771-0.35980.40190.00020.5776-0.02940.08330.6317-0.11750.5653100.043664.055843.5948
70.7154-0.1241-0.30060.00430.04680.1861-0.2182-0.27240.0864-0.11470.2304-0.20810.33390.4302-00.56320.10940.09340.6369-0.09810.583588.793950.399347.8552
81.3275-0.4148-0.17740.98341.12230.6963-0.15860.5787-0.3914-0.92780.1211-0.08420.6077-0.19630.00080.82410.00370.11280.7652-0.08360.466977.615850.039647.5629
90.26870.0750.3708-0.02110.33182.86810.06450.73680.2071-1.895-0.09930.2437-0.2315-0.39730.00050.93410.04940.03921.0109-0.09360.56470.173753.843643.3874
102.54730.2117-0.91980.62140.65341.67350.1491-0.20630.533-0.22160.08850.3498-0.0329-0.8923-00.65570.05320.04680.6598-0.04210.565371.002361.627856.0513
110.1582-0.17210.34610.4966-0.671.40820.2723-1.04071.04491.3674-0.4284-0.4548-1.07890.2899-0.04511.0155-0.07660.14630.7627-0.32981.135784.378474.475663.2248
121.91840.0928-0.45130.9744-1.86663.47270.279-0.17110.3978-0.0036-0.3376-0.4033-0.5270.4118-0.0060.528-0.07180.08390.48120.06150.6215121.545968.180510.0641
131.2230.330.35460.47160.31160.43480.25840.0093-0.4108-0.3405-0.2568-0.1495-0.22241.1568-0.00280.80960.07670.02270.93720.00040.5464121.059534.1989.6459
141.2532-1.2878-1.00342.08420.15811.66290.15870.75040.0038-0.42910.0032-0.07120.28040.09440.00150.51380.0185-0.01090.54560.01870.3999119.452536.209219.5216
152.1087-1.1247-1.56242.2131-0.19420.7153-0.1347-0.32910.08280.2686-0.1553-0.723-0.01850.54750.0020.5131-0.06920.00240.65120.08840.5835125.677959.361418.5052
161.3397-1.42151.17441.6865-0.96151.54310.105-0.02750.2692-0.1643-0.1424-0.5129-0.37690.573800.4654-0.0541-0.02030.54090.01260.4572124.726239.154831.3004
171.5891-1.21550.45770.7651-0.24161.27010.0586-0.19340.13350.1457-0.09560.3397-0.10490.1309-0.00540.5233-0.07130.08420.4436-00.4439111.761357.821423.2609
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46X-RAY DIFFRACTION46(CHAIN E AND RESID 174:221)
47X-RAY DIFFRACTION47(CHAIN E AND RESID 222:255)
48X-RAY DIFFRACTION48(CHAIN E AND RESID 256:284)
49X-RAY DIFFRACTION49(CHAIN E AND RESID 285:298)
50X-RAY DIFFRACTION50(CHAIN E AND RESID 299:321)
51X-RAY DIFFRACTION51(CHAIN E AND RESID 322:344)
52X-RAY DIFFRACTION52(CHAIN E AND RESID 345:374)
53X-RAY DIFFRACTION53(CHAIN E AND RESID 375:394)
54X-RAY DIFFRACTION54(CHAIN F AND RESID 121:139)
55X-RAY DIFFRACTION55(CHAIN F AND RESID 140:173)
56X-RAY DIFFRACTION56(CHAIN F AND RESID 174:222)
57X-RAY DIFFRACTION57(CHAIN F AND RESID 223:263)
58X-RAY DIFFRACTION58(CHAIN F AND RESID 264:278)
59X-RAY DIFFRACTION59(CHAIN F AND RESID 279:313)
60X-RAY DIFFRACTION60(CHAIN F AND RESID 314:364)
61X-RAY DIFFRACTION61(CHAIN F AND RESID 365:394)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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