PDB-5ysh: Diol dehydratase - alpha/T172A mutant complexed with AdoCbl, aero...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ysh

タイトル

Diol dehydratase - alpha/T172A mutant complexed with AdoCbl, aerobically-prepared crystal

要素

(Diol dehydrase ...) x 3

キーワード

LYASE / Adenosylcobalamin / Radical enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

propanediol dehydratase / propanediol dehydratase activity / cobalamin binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella oxytoca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Shibata, N.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Direct Participation of a Peripheral Side Chain of a Corrin Ring in Coenzyme B12Catalysis.
著者: Shibata, N. / Sueyoshi, Y. / Higuchi, Y. / Toraya, T.

履歴

登録	2017年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ysh.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ysh.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ysh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/5ysh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/5ysh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yrtC 5yrvC 5ysnC 5ysrC 1iwbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yrt-2 1uc4-d 5yrv-2 1iwb-d 1dio-d 5yrv-1 1eex-d 1mmf-d 1uc5-d 1egv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diol dehydrase alpha subunit

B: Diol dehydrase beta subunit

C: Diol dehydrase gamma subunit

D: Diol dehydrase alpha subunit

E: Diol dehydrase beta subunit

F: Diol dehydrase gamma subunit

G: Diol dehydrase alpha subunit

H: Diol dehydrase beta subunit

I: Diol dehydrase gamma subunit

J: Diol dehydrase alpha subunit

K: Diol dehydrase beta subunit

L: Diol dehydrase gamma subunit

ヘテロ分子

398 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diol dehydrase alpha subunit

B: Diol dehydrase beta subunit

C: Diol dehydrase gamma subunit

D: Diol dehydrase alpha subunit

E: Diol dehydrase beta subunit

F: Diol dehydrase gamma subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
199 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Diol dehydrase alpha subunit

H: Diol dehydrase beta subunit

I: Diol dehydrase gamma subunit

J: Diol dehydrase alpha subunit

K: Diol dehydrase beta subunit

L: Diol dehydrase gamma subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
199 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.330, 110.490, 115.480
Angle α, β, γ (deg.)	92.69, 95.97, 105.44
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
Diol dehydrase ... , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

#1: タンパク質	Diol dehydrase alpha subunit / Propanediol dehydratase / Propanediol dehydratase large subunit 分子量: 60378.102 Da / 分子数: 4 / 変異: T172A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: pddA, pduC, AB185_12495, SAMEA2273575_05741 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q59470, propanediol dehydratase
#2: タンパク質	Diol dehydrase beta subunit 分子量: 21721.887 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: pddB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q59471, propanediol dehydratase
#3: タンパク質	Diol dehydrase gamma subunit / Propanediol dehydratase / Propanediol dehydratase small subunit 分子量: 15611.735 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) 遺伝子: pddC, pduE, pduE_1, AB185_12485, SAMEA2273639_01293, SAMEA2273697_01477 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q59472, propanediol dehydratase

-
非ポリマー , 6種, 1324分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#7: 化合物	ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン分子量: 251.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₃
#8: 化合物	ChemComp-B12 / COBALAMIN 分子量: 1330.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 10.7% (w/v) PEG 3000, 8.6% (w/v) PEG 2000 MME, 50mM Tris pH 7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49 Å / Num. obs: 260267 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.107 / R_rim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.882 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique obs: 18289 / CC_1/2: 0.721 / R_rim(I) all: 0.963 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IWB

1iwb

解像度: 1.9→49 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1914	2000	0.77 %
R_work	0.1635	-	-
obs	0.1637	260238	98.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26480	0	440	1300	28220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	27516
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.085	37407
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.23	16908
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	4215
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	4931

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.896-1.9434	0.3186	135	0.2715	17435	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9434-1.9959	0.2537	144	0.2258	18528	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9959-2.0546	0.2486	143	0.2044	18582	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0546-2.121	0.2356	144	0.197	18507	X-RAY DIFFRACTION	99
2.121-2.1968	0.2099	143	0.1859	18521	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1968-2.2847	0.225	142	0.1822	18313	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2847-2.3887	0.2159	145	0.1739	18597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3887-2.5146	0.2057	144	0.1681	18661	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5146-2.6722	0.1928	143	0.1677	18456	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6722-2.8785	0.2345	142	0.169	18365	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8785-3.1681	0.1993	144	0.1738	18648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1681-3.6264	0.1848	144	0.1611	18582	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6264-4.5684	0.1425	143	0.1304	18486	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5684-48.9319	0.156	144	0.1357	18557	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3984	0.8778	-0.1046	1.9291	-0.2812	0.6976	0.0501	-0.1622	-0.3096	0.0597	-0.0867	0.1125	0.2524	-0.0151	0.0061	0.1562	0.026	0.0063	0.1483	0.0151	0.2536	105.2368	127.0017	-87.2414
2	0.4117	-0.0931	0.0361	0.5991	-0.0064	0.1852	0.149	0.0195	-1.1238	0.0246	-0.0823	-0.6217	0.5875	0.2983	0.0093	0.4481	0.4496	-0.0595	0.0953	0.2143	1.7268	123.3028	102.8256	-89.3709
3	0.6122	0.1417	0.2709	1.2392	0.1034	0.9522	0.0091	-0.197	-0.4059	0.0126	0.1647	0.371	0.5325	-0.4173	0.0851	0.3619	-0.1467	-0.0201	0.1716	-0.0192	0.8148	86.7874	111.4699	-90.4178
4	1.1936	1.0287	-0.2306	1.8338	-0.2678	0.5805	0.0591	-0.1214	0.1222	0.0439	-0.0706	0.0955	-0.0651	0.06	-0.0112	0.0336	0.0639	-0.0073	0.1508	-0.027	0.1203	123.9998	161.2128	-93.7581
5	0.6521	0.3297	0.4564	0.7658	0.0163	0.4207	0.0164	-0.2291	0.3601	0.925	-0.3503	-0.2816	-0.5575	0.3439	0.115	0.7817	-0.3089	-0.2873	0.5572	-0.0388	0.2488	134.9382	173.112	-68.3756
6	1.3513	0.2323	-0.0887	1.6881	0.0732	1.2032	0.0749	0.1107	0.5608	-0.1213	0.003	0.1676	-0.2934	0.0354	-0.0749	0.2364	-0.0127	0.013	0.1379	0.0297	0.3312	125.7264	183.3016	-103.5603
7	0.9969	0.4882	0.1319	1.7405	0.1119	1.2232	-0.1308	0.1981	-0.16	-0.0989	0.1037	-0.1484	0.2669	0.1722	0.029	0.4277	-0.012	0.0387	0.3179	-0.0263	0.1298	101.2414	163.3663	-144.9633
8	0.6921	0.534	0.6137	1.1757	0.9134	1.7076	-0.0934	0.2359	-0.1569	-0.5167	0.0789	0.3507	0.894	-0.1712	-0.0219	1.1423	-0.3601	-0.1969	0.498	-0.092	0.2091	81.7181	153.4904	-166.3837
9	2.161	0.7149	0.4215	1.973	0.0619	1.174	0.0195	-0.0107	-0.658	0.3512	0.0224	-0.3418	0.8047	0.1284	-0.0287	0.9527	0.0638	0.0303	0.3026	-0.011	0.3912	101.118	140.9825	-135.67
10	0.9026	0.1599	-0.2491	1.4376	-0.2077	1.1428	-0.0287	0.1137	0.3527	0.0826	0.003	0.1252	-0.6083	0.1598	0.0339	0.6835	-0.1083	-0.0892	0.2976	0.0582	0.2964	99.7277	202.7605	-142.0311
11	0.9227	0.352	-0.4596	0.5536	-0.1246	0.2378	0.1144	0.1986	0.4663	-0.1666	-0.1465	-0.301	-0.9496	0.6743	0.0501	1.6839	-0.7054	-0.0296	1.0215	0.2884	0.6445	121.4118	215.5539	-158.7018
12	1.1973	0.593	0.0364	1.5713	0.2714	0.6834	-0.1165	-0.1061	0.6087	0.274	0.0117	0.286	-0.7906	-0.0218	0.0751	1.4242	-0.0984	-0.0319	0.3975	-0.0363	0.7003	98.2196	223.5259	-129.4864

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 1 through 551)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 46 through 1601)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 38 through 173)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 1 through 550)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 47 through 1601)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 38 through 173)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 1 through 550)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 44 through 1601)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain 'I' and resid 38 through 173)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain 'J' and resid 1 through 551)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain 'K' and resid 49 through 1601)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain 'L' and resid 38 through 173)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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Diol dehydrase ... , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

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非ポリマー , 6種, 1324分子

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)