PDB-5ysd: Crystal structure of beta-1,2-glucooligosaccharide binding protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ysd

タイトル

Crystal structure of beta-1,2-glucooligosaccharide binding protein in complex with sophorotriose

要素

Lin1841 protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / solute-binding protein / protein-carbohydrate complex / beta-1 / 2-glucooligosaccharide / sophorooligosaccharide / alpha/beta domain

機能・相同性

機能・相同性情報

maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria innocua serovar 6a

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Abe, K. / Nakajima, M. / Taguchi, H. / Arakawa, T. / Fushinobu, S.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and thermodynamic insights into beta-1,2-glucooligosaccharide capture by a solute-binding protein inListeria innocua.
著者: Abe, K. / Sunagawa, N. / Terada, T. / Takahashi, Y. / Arakawa, T. / Igarashi, K. / Samejima, M. / Nakai, H. / Taguchi, H. / Nakajima, M. / Fushinobu, S.

履歴

登録	2017年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ysd.cif.gz	333.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ysd.ent.gz	271.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ysd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ysd_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ysd_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5ysd_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	5ysd_validation.cif.gz	45.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/5ysd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/5ysd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ysbC 5yseSC 5ysfC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yse-1 7c6z-1 5ysf-1 5ysf-2 7c6x-8 6zj4-d 7c6l-1 2zym-d 7c6t-d 2gh9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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類似性 (1)

登録構造単位

A: Lin1841 protein

B: Lin1841 protein

ヘテロ分子

90.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Lin1841 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lin1841 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	36.082, 125.561, 91.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	7 - 392
2	0	1	0	B	7 - 392

#1: タンパク質

Lin1841 protein / beta-1 / 2-glucooligosaccharide binding protein

分子量: 44582.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Listeria innocua serovar 6a (strain ATCC BAA-680 / CLIP 11262) (バクテリア)
株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262 / 遺伝子: lin1841 / プラスミド: pET30a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92AS8

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-2/a2-b1_b2-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル

分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.15M MES-NaOH, pH 5.5, 50% (v/v) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月19日
放射	モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 44909 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.116 / R_pim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.639 / Num. unique obs: 2234 / CC_1/2: 0.697 / R_pim(I) all: 0.389 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		data processing
MOLREP		位相決定
Coot		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YSE

5yse

解像度: 2.1→44.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20732	2264	5 %	RANDOM
R_work	0.16942	-	-	-
obs	0.17139	42614	96.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.682 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→44.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6135	0	109	286	6530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.02	6407
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	5828
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.851	1.973	8687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.704	3	13643
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.046	5	776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.631	25.804	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.44	15	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.968	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	945
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	6994
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.872	1.465	3107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.871	1.465	3106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.44	2.193	3882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.44	2.193	3883
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.197	1.644	3300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.197	1.645	3301
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.93	2.403	4806
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.102	17.652	7263
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.103	17.657	7264
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 25838 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	165	-
R_work	0.228	3081	-
obs	-	-	95.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8613	1.1175	1.4865	10.3161	2.1761	6.4571	-0.1551	-0.1035	0.2019	0.3463	0.3464	-0.1335	-0.0492	0.3556	-0.1913	0.0415	-0.0187	0.0049	0.2091	0.0032	0.1674	3.62	18.071	9.06
2	2.2143	-1.7747	-0.072	35.2156	-7.3858	10.5859	0.3016	-0.071	0.2531	-0.6847	0.087	-0.4001	0.4162	0.3933	-0.3886	0.0752	-0.0189	0.0622	0.1881	-0.0091	0.1953	3.741	19.215	0.123
3	0.8523	0.2075	0.2765	9.1465	-3.4881	3.9631	0.0687	0.012	-0.0345	0.0364	-0.3372	-0.6895	-0.1432	0.3323	0.2686	0.0391	-0.0296	0.0442	0.1682	0.0358	0.1725	4.244	19.148	7.7
4	3.8935	8.0064	2.4498	21.4916	5.6148	7.3147	-0.0756	-0.2655	0.4364	0.5132	-0.3708	0.4991	-0.6818	0.6234	0.4464	0.4187	-0.0671	-0.0442	0.2887	-0.0491	0.206	0.699	14.074	24.207
5	0.1546	0.5771	0.2585	4.3483	-0.5829	1.5474	0.075	-0.0168	0.0215	0.7856	-0.0215	0.229	-0.1913	-0.0639	-0.0536	0.229	-0.0059	0.1046	0.1955	-0.0197	0.1852	-7.488	14.173	17.57
6	0.6085	-1.3639	-3.396	7.7515	3.7421	22.9285	0.164	0.122	0.0407	-0.3831	-0.0198	0.4021	-0.9345	-0.7797	-0.1442	0.059	0.0747	-0.0211	0.2212	0.0484	0.4105	-17.208	23.345	6.171
7	0.0809	0.3275	-0.0047	2.9675	0.2056	0.8199	0.0114	0.0522	0.0444	0.1409	-0.0599	0.4296	-0.0175	-0.1056	0.0486	0.0413	-0.015	0.0411	0.1869	0.0013	0.1776	-10.85	3.32	5.76
8	8.2884	-1.5325	-3.2682	2.0426	4.2656	9.0386	-0.0427	0.2092	-0.086	-0.0446	-0.1059	0.0929	0.0767	-0.2604	0.1486	0.2427	-0.0251	-0.0094	0.1401	0.0074	0.184	-7.138	-21.781	-1.839
9	1.1679	-0.9208	-0.9619	4.5748	1.6423	1.3611	-0.0431	0.005	-0.0583	0.2103	0.0478	-0.2413	0.1043	0.0814	-0.0047	0.0665	-0.0036	0.0149	0.1676	0.0241	0.1137	-0.62	-18.104	8.427
10	1.4891	-0.2692	1.3826	4.3981	-0.1189	7.0011	-0.0464	-0.1606	0.0075	0.7198	-0.0283	0.5358	-0.2047	-0.6432	0.0747	0.1481	-0.0093	0.1378	0.2172	-0.0044	0.1957	-17.405	-10.977	21.631
11	1.1686	-0.3173	0.1361	1.7478	-0.6809	0.902	-0.0156	-0.0344	-0.0055	0.0946	-0.0386	-0.146	0.0331	0.1279	0.0541	0.0437	-0.0107	0.0302	0.1618	-0.006	0.1276	2.522	-14.894	8.453
12	7.1296	2.0317	-1.9925	7.7652	2.8597	5.0972	0.0054	0.2802	0.1538	-0.5256	-0.0916	-0.3801	-0.0101	0.1638	0.0861	0.0959	0.0248	0.0496	0.1996	0.0819	0.1356	4.22	-6.987	-5.594
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14	1.4438	2.9272	-0.1209	12.8531	1.4912	1.0623	0.151	-0.189	0.113	0.5129	-0.0979	0.2913	-0.199	0.041	-0.0531	0.1248	-0.0072	0.0706	0.1914	-0.0231	0.1292	-6.537	16.342	14.261
15	4.7031	5.2069	4.4901	11.4223	6.3159	10.0891	-0.1651	0.1333	0.3115	-0.1138	-0.0673	0.6392	-0.7217	0.1023	0.2324	0.0827	0.0201	0.0235	0.1353	0.0166	0.1874	-6.574	24.035	5.381
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39	7.4996	7.574	5.1164	17.6852	12.3278	8.6002	0.2366	0.2288	-0.2007	-0.1229	-0.0418	-0.2971	-0.0942	-0.0354	-0.1947	0.2004	0.0451	0.0644	0.1862	-0.0058	0.1801	-8.165	-47.269	9.977
40	12.5569	7.5131	6.5831	17.5574	7.792	7.8841	-0.2984	0.3092	0.162	-0.7911	0.4641	0.1955	-0.8423	-0.1314	-0.1657	0.131	0.0198	0.0153	0.1738	-0.0444	0.2146	-11.611	-57.985	4.046

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	34 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	49 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	56 - 74
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	75 - 86
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	87 - 110
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	111 - 121
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	122 - 158
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	159 - 171
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	172 - 203
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	204 - 227
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	228 - 268
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	269 - 286
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	287 - 296
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	297 - 312
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	313 - 326
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	327 - 346
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	347 - 351
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	352 - 368
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	369 - 407
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	408 - 420
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	34 - 54
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	55 - 75
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	76 - 93
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	94 - 113
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	114 - 118
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	119 - 130
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	131 - 139
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	140 - 158
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	159 - 171
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	172 - 268
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	269 - 287
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	289 - 317
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	318 - 329
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36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	353 - 362
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	363 - 368
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	369 - 405
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	406 - 415
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	416 - 422

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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