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- PDB-5yrq: Crystal structure of Rad5 and Rev1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yrq
タイトルCrystal structure of Rad5 and Rev1
要素DNA repair protein RAD5,DNA repair protein REV1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Rad5 / DNA damage tolerance / E3 ligase / TLS polymerase / Rev1
機能・相同性
機能・相同性情報


error-free postreplication DNA repair / deoxycytidyl transferase activity / free ubiquitin chain polymerization / Y-form DNA binding / four-way junction helicase activity / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / Termination of translesion DNA synthesis ...error-free postreplication DNA repair / deoxycytidyl transferase activity / free ubiquitin chain polymerization / Y-form DNA binding / four-way junction helicase activity / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / Termination of translesion DNA synthesis / postreplication repair / ATP-dependent chromatin remodeler activity / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / ATP-dependent activity, acting on DNA / four-way junction DNA binding / replication fork / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein polyubiquitination / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / double-strand break repair / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / chromatin / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HIRAN domain / HIRAN domain / HIRAN / : / DNA repair protein Rev1 / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) ...HIRAN domain / HIRAN domain / HIRAN / : / DNA repair protein Rev1 / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Ring finger / Helicase conserved C-terminal domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein REV1 / DNA repair protein RAD5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Chen, Z.C. / Zhou, C.Y.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Involvement of budding yeast Rad5 in translesion DNA synthesis through physical interaction with Rev1.
著者: Xu, X. / Lin, A.Y. / Zhou, C.Y. / Blackwell, S.R. / Zhang, Y.R. / Wang, Z.H. / Feng, Q.Q. / Guan, R.F. / Hanna, M.D. / Chen, Z.C. / Xiao, W.
履歴
登録2017年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD5,DNA repair protein REV1
B: DNA repair protein RAD5,DNA repair protein REV1
D: DNA repair protein RAD5,DNA repair protein REV1
E: DNA repair protein RAD5,DNA repair protein REV1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8134
ポリマ－67,8134
非ポリマー00
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9490 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area24450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.589, 49.280, 103.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA repair protein RAD5,DNA repair protein REV1 / Radiation sensitivity protein 5 / Revertibility protein 2 / Reversionless protein 1


分子量: 16953.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The Rad5 (5-20) and Rev1 (876-985) coding sequences linked with the flexible linker sequence GGSSSSLVPRGSGGSGGSP
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RAD5, REV2, SNM2, YLR032W, REV1, YOR346W, O6339 / 発現宿主: Escherichia coli 042 (大腸菌) / 株 (発現宿主): 042
参照: UniProt: P32849, UniProt: P12689, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 転移酵素; ...参照: UniProt: P32849, UniProt: P12689, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18-20% PEG 3350, 100mM potassium citrate, 100mM HEPES, 5mM DTT, pH 7.0
PH範囲: 7.0-7.5 / Temp details: Homoiothermy

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 38367 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000v705aデータ削減
HKL-2000v705aデータスケーリング
PHASERv7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.999→29.133 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2463 1911 4.98 %
Rwork0.205 --
obs0.2071 38367 95.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.999→29.133 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4075 0 0 154 4229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064151
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8155579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4362511
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006710
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9991-2.04910.27491220.2122303X-RAY DIFFRACTION84
2.0491-2.10450.28621460.20992536X-RAY DIFFRACTION95
2.1045-2.16640.29321310.20942572X-RAY DIFFRACTION95
2.1664-2.23630.25611440.19862548X-RAY DIFFRACTION94
2.2363-2.31620.26911160.21452588X-RAY DIFFRACTION95
2.3162-2.40890.2371360.20292529X-RAY DIFFRACTION94
2.4089-2.51840.31081060.21062566X-RAY DIFFRACTION94
2.5184-2.65110.23211300.21462601X-RAY DIFFRACTION94
2.6511-2.81710.27631520.23362665X-RAY DIFFRACTION99
2.8171-3.03440.24711580.23082696X-RAY DIFFRACTION99
3.0344-3.33940.2811460.23072702X-RAY DIFFRACTION99
3.3394-3.82170.23131440.1932714X-RAY DIFFRACTION99
3.8217-4.81140.20141430.17472700X-RAY DIFFRACTION98
4.8114-29.13570.23211370.19762736X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.09660.57950.83856.99621.13393.8038-0.13230.14790.2556-0.31380.0927-0.4501-0.00580.16870.04140.0724-0.0240.00730.1742-0.0230.137840.5583-7.59493.7537
21.756-0.7168-0.11113.09081.76242.3779-0.1582-0.32350.13950.22160.1097-0.14790.11470.08940.03980.14660.0245-0.01240.1362-0.00150.0936.4657-10.890510.5267
31.75061.89260.35162.0855-0.54832.06790.0728-0.3999-0.8239-0.53180.2341-0.35861.59550.87150.00630.52810.16330.02010.1998-0.02790.288837.4073-25.82875.6656
43.44010.4408-0.48638.78365.5728.739-0.2901-0.49870.08010.97920.25690.3050.49570.0711-0.03840.19490.06890.03540.26180.0180.135934.1389-13.298819.4157
50.86581.02560.92482.3540.59137.64850.1750.1288-0.2941-0.1276-0.1805-0.61360.39660.3947-0.0340.23570.06160.08560.1131-0.05050.161928.794-2.301639.7073
62.58741.08660.08042.22512.58373.99330.129-0.2296-0.03210.3412-0.40380.81550.2728-0.62810.27020.15780.0116-0.04570.5575-0.05050.4944-1.62851.366723.6484
78.009-1.6355-0.13398.66522.12089.0434-0.5660.28110.4919-0.4810.44271.5381-1.4122-1.73440.1130.43980.1697-0.0090.63070.01430.77261.618814.597333.7448
82.74020.6397-0.73766.6142.323.716-0.16930.6476-0.4042-0.684-0.24580.97880.2378-0.75440.3110.2214-0.0842-0.05810.3282-0.08280.278210.6241-8.89179.5756
95.0474-4.582-1.36497.66252.67861.9574-0.3089-0.213-0.43450.8338-0.27391.16590.5664-0.84050.41540.2393-0.10160.11770.3046-0.03550.29349.2537-8.769620.3566
102.13380.2586-1.02053.7655-0.54953.4762-0.1659-0.0557-0.12790.00680.13690.01290.2998-0.31690.00790.1116-0.0315-0.00410.1087-0.00670.103820.1682-4.614814.9587
110.16080.87331.17524.28065.87378.01660.0437-0.3937-0.61380.64760.0329-0.75831.79340.0608-0.05550.58740.05490.16310.44780.10120.51825.3167-20.256217.5121
122.49420.6391.46985.81963.92757.0799-0.2327-0.22870.2348-0.120.0935-0.60740.3593-0.38070.18320.64230.0857-0.0430.41620.11860.474129.846-31.42435.5013
139.880.39750.51838.39822.45816.2835-0.0705-0.3847-1.04360.1457-0.0068-0.19410.27520.15850.08570.12530.0340.02910.1612-0.0010.222438.91246.916347.6982
145.1102-0.2154-2.06213.81321.25524.56970.1057-0.08550.1501-0.0490.1042-0.5612-0.71480.4251-0.1660.1833-0.0387-0.01250.1914-0.04330.173441.623721.480145.5915
152.0943-1.1178-1.0453.8372.43934.59060.01620.13550.0603-0.37530.0584-0.2494-0.41650.1657-0.02970.1752-0.04110.02260.13980.0110.101132.839517.126142.8806
161.88380.26660.62153.74884.08287.9677-0.37950.56920.2388-0.56730.36170.1382-0.66850.4078-0.05670.3386-0.1481-0.00370.2610.03760.115734.042222.74736.9191
172.4735-0.0634-1.92962.7211-2.20258.44250.2083-0.20610.1640.4071-0.0708-0.4158-0.43210.4685-0.15180.1693-0.0296-0.0350.0881-0.02680.171129.92977.653912.4723
182.0085-4.78874.52938.15562.05547.37620.33960.4296-0.777-0.28480.2601-0.24991.37230.2658-0.55890.3344-0.01160.01930.2635-0.0850.393349.1932-17.53684.9128
191.74372.92422.49125.74614.09523.54320.1069-0.95890.73570.7883-0.4201-0.56240.03160.73490.26330.2576-0.0939-0.04540.4518-0.04110.385751.1208-5.805810.2156
207.0745-1.4859-3.2764.73341.04035.8436-0.0202-0.03330.33530.067-0.0135-0.0159-0.6957-0.03450.05710.2937-0.0362-0.0280.2588-0.05210.398748.821124.688247.5484
212.013-3.2538-1.65122.01930.49742.0125-0.21570.1822-0.7918-0.03990.076-1.17110.20961.0930.18020.346-0.02270.05620.3696-0.01740.560149.27213.834645.9993
220.7363-0.29141.76212.21272.81672.0057-0.22010.1412-0.37630.101-0.03080.6050.0314-0.29550.18360.1635-0.00970.02710.7904-0.06180.4132-3.49356.020231.0194
232.1342-3.4295-2.02845.75132.36716.6674-0.32830.5922-0.27550.0073-0.13261.00910.464-0.91720.33380.1914-0.0438-0.02140.516-0.08510.50461.5357-4.608717.0085
242.4241-0.08860.32844.8962.16014.3676-0.3443-0.59160.27220.4188-0.08280.8603-0.3913-0.96740.30160.2380.11960.01780.3272-0.08450.25868.817513.153138.749
253.51381.3412-0.2426.4521-0.1214.3051-0.38470.07220.6333-0.35040.06720.3312-1.0694-0.5920.22580.48430.1345-0.0830.18360.05420.233214.041621.830331.7124
261.8136-0.8476-0.07757.0144-1.82692.55830.01740.0756-0.01080.19420.00590.1293-0.1826-0.2617-0.00830.17270.0169-0.0130.1333-0.01350.090920.11558.373240.6663
272.6125-0.9458-0.72194.0536-0.40233.421-0.10030.01690.143-0.6431-0.0271-0.1756-0.20170.04240.14460.27150.01790.0080.1546-0.01290.124820.2249.249731.1882
282.15521.91070.54592.01033.70411.36580.16940.0715-0.0437-0.18670.3760.0778-0.6635-0.3602-0.47830.8572-0.06030.03630.56170.18030.465727.915235.640945.6505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 873:901)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 902:944)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 945:955)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 956:970)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 971:985)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 2:11)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 12:16)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain D and resid 873:903)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain D and resid 904:914)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain D and resid 915:964)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain D and resid 965:977)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 978:985)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain E and resid 874:889)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain E and resid 890:912)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain E and resid 913:948)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain E and resid 949:969)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain E and resid 970:985)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 9:12)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 13:20)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain E and resid 9:11)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain E and resid 12:17)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain D and resid 2:7)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain D and resid 8:16)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 874:908)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 909:922)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 923:947)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 948:976)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 977:985)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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