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- PDB-5yrp: Crystal structure of the EAL domain of Mycobacterium smegmatis DcpA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yrp
タイトルCrystal structure of the EAL domain of Mycobacterium smegmatis DcpA
要素Sensory box/response regulator
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / c-di-GMP / diguanylate cyclase / phosphodiesterase / GAF
機能・相同性
機能・相同性情報


EAL domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain ...EAL domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensory box/response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Chen, H.J. / li, N. / Luo, Y. / Jiang, Y.L. / Zhou, C.Z. / Chen, Y. / Li, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of ChinaU1332114 中国
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: The GDP-switched GAF domain of DcpA modulates the concerted synthesis/hydrolysis of c-di-GMP inMycobacterium smegmatis.
著者: Chen, H.J. / Li, N. / Luo, Y. / Jiang, Y.L. / Zhou, C.Z. / Chen, Y. / Li, Q.
履歴
登録2017年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory box/response regulator
B: Sensory box/response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3474
ポリマ－53,2992
非ポリマー492
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.053, 129.053, 165.535
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Sensory box/response regulator / c-di-GMP hydrolysis protein


分子量: 26649.271 Da / 分子数: 2 / 断片: EAL domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QUG3
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.75 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 8% polyethylene glycol 6000, 0.1M MgCl2, 0.1M MES, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→101.8 Å / Num. obs: 14428 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.3 % / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 8.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2235 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RNH

4rnh


解像度: 2.99→101.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / SU B: 25.648 / SU ML: 0.445 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.471 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30996 733 5.1 %RANDOM
Rwork0.25557 ---
obs0.25832 13688 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 69.077 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7 Å20 Å2-0 Å2
2--3.7 Å20 Å2
3----7.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.99→101.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3370 0 2 29 3401
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0193418
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9591.9884641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67937857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7675443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.15322.955132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.73615561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0431531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7346.861784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7356.8591783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.00310.2882223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.00210.2882224
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6687.0721634
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6677.0721635
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.80810.5342419
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.70255.0693849
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.68455.0663846
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.068 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 56 -
Rwork0.342 934 -
obs--93.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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