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- PDB-5yr0: Structure of Beclin1-UVRAG coiled coil domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yr0
タイトルStructure of Beclin1-UVRAG coiled coil domain complex
要素
  • Beclin-1
  • UV radiation resistance associated protein
キーワードENDOCYTOSIS / autophagy regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic vacuole / maintenance of Golgi location / Macroautophagy / cellular response to aluminum ion / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of stress granule assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore ...lytic vacuole / maintenance of Golgi location / Macroautophagy / cellular response to aluminum ion / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of stress granule assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of lysosome organization / engulfment of apoptotic cell / DNA-dependent protein kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / early endosome to late endosome transport / negative regulation of autophagosome assembly / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / receptor catabolic process / protein targeting to lysosome / SMAD protein signal transduction / Ub-specific processing proteases / response to other organism / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / centrosome cycle / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / negative regulation of programmed cell death / spindle organization / lysosome organization / SNARE complex assembly / response to iron(II) ion / response to vitamin E / mitotic metaphase chromosome alignment / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / p38MAPK cascade / autophagosome membrane / chromosome, centromeric region / autophagosome assembly / autophagosome maturation / amyloid-beta metabolic process / regulation of macroautophagy / neuron development / phosphatidylinositol 3-kinase binding / cellular response to glucose starvation / mitophagy / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / phagocytic vesicle / JNK cascade / positive regulation of autophagy / negative regulation of autophagy / autophagosome / cellular response to amino acid starvation / cellular response to copper ion / cellular response to epidermal growth factor stimulus / SNARE binding / regulation of cytokinesis / chromosome segregation / macroautophagy / trans-Golgi network / circadian rhythm / SH3 domain binding / autophagy / response to lead ion / cellular response to hydrogen peroxide / late endosome / GTPase binding / midbody / protein-containing complex assembly / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / defense response to virus / cytoskeleton / response to hypoxia / early endosome / endosome membrane / lysosome / endosome / regulation of autophagy / nuclear body / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / cell division / DNA repair / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / dendrite / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region ...UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beclin-1 / UV radiation resistance-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pan, X. / Zhao, Y. / He, Y.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Targeting the potent Beclin 1-UVRAG coiled-coil interaction with designed peptides enhances autophagy and endolysosomal trafficking.
著者: Wu, S. / He, Y. / Qiu, X. / Yang, W. / Liu, W. / Li, X. / Li, Y. / Shen, H.M. / Wang, R. / Yue, Z. / Zhao, Y.
履歴
登録2017年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beclin-1
B: UV radiation resistance associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5892
ポリマ－11,5892
非ポリマー00
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area7270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.112, 45.112, 161.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-398-

HOH

21B-399-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Beclin-1 / Coiled-coil myosin-like BCL2-interacting protein


分子量: 5971.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Becn1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: O88597
#2: タンパク質・ペプチド UV radiation resistance associated protein


分子量: 5617.569 Da / 分子数: 1 / Mutation: C238S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Uvrag, Uvrag1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q8K245
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M citric acid pH 3.5, 3.0M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 8323 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 41.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.165 / Mean I/σ(I) obs: 22.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→35.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.572 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19455 419 5 %RANDOM
Rwork0.16943 ---
obs0.1707 7908 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.352 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→35.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数767 0 0 164 931
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.014844
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5271.6621133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0261.6391942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8485107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.27824.23759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.26915202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.138158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02118
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3851.85397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.361.845396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4572.706499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4542.711500
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4412.405445
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4382.418446
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.543.436628
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.32225.7931058
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.88924.9141015
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 27 -
Rwork0.168 564 -
obs--98.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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