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- PDB-5ylu: Crystal structure of the gastric proton pump complexed with vonoprazan -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ylu
タイトルCrystal structure of the gastric proton pump complexed with vonoprazan
要素(Potassium-transporting ATPase ...) x 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / gastric / proton pump / H+ / K+-ATPase / P-type ATPase / transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


H+/K+-exchanging ATPase / potassium:proton exchanging ATPase complex / P-type potassium:proton transporter activity / Ion transport by P-type ATPases / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / intracellular potassium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane ...H+/K+-exchanging ATPase / potassium:proton exchanging ATPase complex / P-type potassium:proton transporter activity / Ion transport by P-type ATPases / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / intracellular potassium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / ATPase activator activity / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / cell adhesion / apical plasma membrane / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gastric H+/K+-transporter P-type ATPase, N-terminal / Gastric H+/K+-ATPase, N terminal domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / : / Sodium / potassium ATPase beta chain ...Gastric H+/K+-transporter P-type ATPase, N-terminal / Gastric H+/K+-ATPase, N terminal domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / : / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL / Chem-HKT / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Potassium-transporting ATPase subunit beta / Potassium-transporting ATPase alpha chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79988962319 Å
データ登録者Abe, K. / Irie, K. / Nakanishi, H. / Fujiyoshi, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of the gastric proton pump
著者: Abe, K. / Irie, K. / Nakanishi, H. / Suzuki, H. / Fujiyoshi, Y.
履歴
登録2017年10月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium-transporting ATPase alpha chain 1
B: Potassium-transporting ATPase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,12411
ポリマ－147,4392
非ポリマー3,6859
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8310 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area53310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.820, 104.820, 367.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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Potassium-transporting ATPase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Potassium-transporting ATPase alpha chain 1 / Gastric H(+)/K(+) ATPase subunit alpha / Proton pump


分子量: 114456.734 Da / 分子数: 1 / 変異: R220C, S593C, G1005S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: ATP4A / プラスミド: pFB-based / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19156, H+/K+-exchanging ATPase
#2: タンパク質 Potassium-transporting ATPase subunit beta / Gastric H(+)/K(+) ATPase subunit beta / Proton pump beta chain / gp60-90


分子量: 32982.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: ATP4B / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18434

-
糖 , 1種, 3分子

#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 43分子

#3: 化合物 ChemComp-HKT / 1-[5-(2-fluorophenyl)-1-pyridin-3-ylsulfonyl-pyrrol-3-yl]-~{N}-methyl-methanamine / Vonoprazan / ボノプラザン


分子量: 345.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16FN3O2S / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / DOPC


分子量: 787.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CE1 / O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL / THESIT / オクタエチレングリコ-ルモノドデシルエ-テル


分子量: 538.755 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O9
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% glycerol, 20% PEG2000MME, 0.4M CH3COONa, 3% methylpentanediol, 5mM beta-mercaptoethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.18 Å / Num. obs: 58652 / % possible obs: 87.51 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 40.6363630375 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1201 / Rpim(I) all: 0.05748 / Net I/σ(I): 11.04
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.689 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 31309 / Rpim(I) all: 0.7873 / % possible all: 38.17

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.11.1_2575精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y0B

5y0b


解像度: 2.79988962319→48.1766667 Å / SU ML: 0.424251521214 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34782616616 / 位相誤差: 30.2648382541
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288360075303 2610 5.06756756757 %
Rwork0.236714923457 48894 -
obs0.239318208654 51504 87.511469059 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.7477478754 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79988962319→48.1766667 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9624 0 223 37 9884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01092419744410069
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3128404183713652
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08033520810311540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007824042079331744
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.69748650553759
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7999-2.85080.414316787834580.3895178749451016X-RAY DIFFRACTION35.1439790576
2.8508-2.90560.433400144627590.3746216056431207X-RAY DIFFRACTION41.837409121
2.9056-2.96490.426562521061860.3337720080251430X-RAY DIFFRACTION50.3989361702
2.9649-3.02940.3869333378311040.3335355694931712X-RAY DIFFRACTION59.4435351882
3.0294-3.09980.3582308060471360.3306642762782231X-RAY DIFFRACTION77.4795417349
3.0998-3.17730.3646714417921250.3199123657532947X-RAY DIFFRACTION99.5786061588
3.1773-3.26320.3464383261531600.2988372042782880X-RAY DIFFRACTION99.5415848068
3.2632-3.35920.3333036282231330.2798814395452905X-RAY DIFFRACTION99.6392259757
3.3592-3.46760.330105165141610.2671377470232876X-RAY DIFFRACTION99.6064283372
3.4676-3.59150.308444729011660.2471027420732894X-RAY DIFFRACTION99.836867863
3.5915-3.73530.2838979492551680.2352594746622925X-RAY DIFFRACTION99.9353796446
3.7353-3.90520.2631681707591320.2226854605452939X-RAY DIFFRACTION99.7725795971
3.9052-4.1110.2859505304721740.2150282765612882X-RAY DIFFRACTION99.7063621533
4.111-4.36840.2375984303381330.2013197307572978X-RAY DIFFRACTION99.7435075345
4.3684-4.70540.296942073041460.1816475804542933X-RAY DIFFRACTION99.7408487204
4.7054-5.17850.2108328207821760.1840726030572959X-RAY DIFFRACTION99.9043977055
5.1785-5.92660.2906028644451620.205526487482988X-RAY DIFFRACTION99.8731769182
5.9266-7.46250.2275737718291710.2117460384793015X-RAY DIFFRACTION99.6247654784
7.4625-48.18380.2352747506811600.2120632985443177X-RAY DIFFRACTION99.0501632532

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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