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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yk0 | ||||||||||||
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タイトル | The complex structure of Rv3197-ADP from Mycobacterium tuberculosis | ||||||||||||
![]() | Probable conserved ATP-binding protein ABC transporter | ||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Mycobacterium tuberculosis / macrolide antibiotic binding protein / non-canonical ABC protein | ||||||||||||
機能・相同性 | ABC1 atypical kinase-like domain / ADCK3-like domain / : / ABC1 atypical kinase-like domain / peptidoglycan-based cell wall / Protein kinase-like domain superfamily / ATP binding / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Probable conserved ATP-binding protein ABC transporter![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Rao, Z.H. / Zhang, Q.Q. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Discovery of the first macrolide antibiotic binding protein in Mycobacterium tuberculosis: a new antibiotic resistance drug target. 著者: Zhang, Q. / Liu, H. / Liu, X. / Jiang, D. / Zhang, B. / Tian, H. / Yang, C. / Guddat, L.W. / Yang, H. / Mi, K. / Rao, Z. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 189.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 147.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49599.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv3197 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.0M lithium sulfate, 0.1M Tris (pH 8.5), 2% (w/v) PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97906 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 40630 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 27.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1974 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5YJZ 解像度: 2.102→45.273 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.84
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.102→45.273 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -74.8595 Å / Origin y: 23.5845 Å / Origin z: 9.1689 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |