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- PDB-5yjs: Structure of vicilin from Capsicum annuum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yjs
タイトルStructure of vicilin from Capsicum annuum
要素vicilin-like antimicrobial peptides 2-2
キーワードPLANT PROTEIN / Cupin / 7S Globulin / Copper site / Binding pocket
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / Vicilin-like antimicrobial peptides 2-2
類似検索 - 構成要素
生物種Capsicum annuum (トウガラシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Shikhi, M. / Nair, D.T. / Salunke, D.M.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
インド
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Structure-guided identification of function: role ofCapsicum annuumvicilin during oxidative stress.
著者: Shikhi, M. / Nair, D.T. / Salunke, D.M.
履歴
登録2017年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: vicilin-like antimicrobial peptides 2-2
B: vicilin-like antimicrobial peptides 2-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3699
ポリマ－85,7132
非ポリマー6567
水5,837324
1
A: vicilin-like antimicrobial peptides 2-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3116
ポリマ－42,8571
非ポリマー4545
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area410 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18520 Å2
手法PISA
2
B: vicilin-like antimicrobial peptides 2-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0583
ポリマ－42,8571
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.030, 148.030, 148.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 vicilin-like antimicrobial peptides 2-2 / Bell pepper


分子量: 42856.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Capsicum annuum (トウガラシ) / 参照: UniProt: A0A452CSM5*PLUS

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非ポリマー , 6種, 331分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#5: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細The protein used in this structure was directly purified from its source. The sequence of this ...The protein used in this structure was directly purified from its source. The sequence of this protein was determined based on the high resolution crystal structure electron density map. The electron density corresponding to the UNK region was not clear most likely due to structural disorder and thus the sequence could not be determined.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 % / 解説: Cuboid shape
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50mM HEPES, 12% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 55184 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.16→2.28 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12位相決定
Coot0.8.5モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CAD

5cad


解像度: 2.16→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.505 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21671 2983 5.2 %RANDOM
Rwork0.17515 ---
obs0.17735 54852 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.354 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.16→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5808 0 37 324 6169
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0195968
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8051.9558039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02313013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7435736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.55124.054296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.66915994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.311540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9873.4292956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9873.4282955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1555.1193688
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1545.123689
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2173.9023012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2123.9023012
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4735.6384352
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.16239.2786348
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.16439.136297
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.162→2.218 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 222 -
Rwork0.265 3999 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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