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万見
- PDB-5yiz: Mouse Cereblon thalidomide binding domain complexed with racemic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yiz
タイトルMouse Cereblon thalidomide binding domain complexed with racemic thalidomide
要素Protein cereblon
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Zinc binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of large conductance calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination ...negative regulation of large conductance calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination / perinuclear region of cytoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide methionine sulfoxide reductase. / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / CULT domain / CULT domain profile. / Lon protease, N-terminal domain superfamily / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain ...Peptide methionine sulfoxide reductase. / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / CULT domain / CULT domain profile. / Lon protease, N-terminal domain superfamily / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-Thalidomide / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mori, T. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural basis of thalidomide enantiomer binding to cereblon
著者: Mori, T. / Ito, T. / Liu, S. / Ando, H. / Sakamoto, S. / Yamaguchi, Y. / Tokunaga, E. / Shibata, N. / Handa, H. / Hakoshima, T.
履歴
登録2017年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cereblon
D: Protein cereblon
G: Protein cereblon
J: Protein cereblon
M: Protein cereblon
P: Protein cereblon
S: Protein cereblon
V: Protein cereblon
Y: Protein cereblon
b: Protein cereblon
e: Protein cereblon
h: Protein cereblon
k: Protein cereblon
n: Protein cereblon
q: Protein cereblon
t: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,42478
ポリマ－197,36416
非ポリマー8,06062
水17,655980
1
A: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8515
ポリマ－12,3351
非ポリマー5164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6240 Å2
手法PISA
2
D: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7554
ポリマ－12,3351
非ポリマー4203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6280 Å2
手法PISA
3
G: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7554
ポリマ－12,3351
非ポリマー4203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6210 Å2
手法PISA
4
J: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9476
ポリマ－12,3351
非ポリマー6125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5650 Å2
手法PISA
5
M: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8515
ポリマ－12,3351
非ポリマー5164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5840 Å2
手法PISA
6
P: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7554
ポリマ－12,3351
非ポリマー4203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5670 Å2
手法PISA
7
S: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8515
ポリマ－12,3351
非ポリマー5164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5700 Å2
手法PISA
8
V: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9476
ポリマ－12,3351
非ポリマー6125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area5840 Å2
手法PISA
9
Y: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8515
ポリマ－12,3351
非ポリマー5164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5840 Å2
手法PISA
10
b: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7554
ポリマ－12,3351
非ポリマー4203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5730 Å2
手法PISA
11
e: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9476
ポリマ－12,3351
非ポリマー6125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5900 Å2
手法PISA
12
h: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7554
ポリマ－12,3351
非ポリマー4203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5750 Å2
手法PISA
13
k: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8515
ポリマ－12,3351
非ポリマー5164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5910 Å2
手法PISA
14
n: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9476
ポリマ－12,3351
非ポリマー6125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5630 Å2
手法PISA
15
q: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7554
ポリマ－12,3351
非ポリマー4203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5710 Å2
手法PISA
16
t: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8515
ポリマ－12,3351
非ポリマー5164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.376, 201.376, 123.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11t-504-

SO4

21t-504-

SO4

-
要素

#1: タンパク質
Protein cereblon / Protein PiL


分子量: 12335.271 Da / 分子数: 16 / 断片: UNP residues 322-430 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crbn / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C7D2
#2: 化合物
ChemComp-EF2 / S-Thalidomide / (S)-サリドマイド


分子量: 258.229 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10N2O4 / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 980 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.0M ammonium sulfate 0.1M sodium acetate (pH5.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 125695 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / Net I/σ(I): 20.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WX2

3wx2


解像度: 2→38.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21252 6311 5 %RANDOM
Rwork0.18398 ---
obs0.18541 119353 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.197 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→38.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11838 0 470 980 13288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0212616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0211649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9611.97417168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.4933.00226785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.89351473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.92523.704432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.086152093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.5331532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.02113479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0370.022785
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6192.6226036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.622.625987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7523.8927461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7573.8917430
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2083.0176580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1782.9966460
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.654.3239528
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.71422.42115054
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.52822.04114728
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 474 -
Rwork0.203 8766 -
obs--99.04 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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