PDB-5yi8: Crystal structure of drosophila Numb PTB domain and Pon peptide c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yi8

タイトル

Crystal structure of drosophila Numb PTB domain and Pon peptide complex

要素

Pon peptide from Partner of numb
Protein numb

キーワード

CELL CYCLE / Numb PTB domain and Pon complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pericardial nephrocyte differentiation / Malpighian tubule tip cell differentiation / enteroendocrine cell differentiation / regulation of nervous system development / sensory organ precursor cell fate determination / sensory organ precursor cell division / neuroblast development / muscle cell fate specification / regulation of asymmetric cell division / negative regulation of receptor recycling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

Model details

Drosophila Numb PTB recognizes repeating motifs in the N terminus of Pon

データ登録者

Shan, Z. / Wen, W.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Basal condensation of Numb and Pon complex via phase transition during Drosophila neuroblast asymmetric division.
著者: Shan, Z. / Tu, Y. / Yang, Y. / Liu, Z. / Zeng, M. / Xu, H. / Long, J. / Zhang, M. / Cai, Y. / Wen, W.

履歴

登録	2017年10月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yi8.cif.gz	80.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yi8.ent.gz	57.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yi8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yi8_validation.pdf.gz	708.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yi8_full_validation.pdf.gz	709 KB	表示
XML形式データ	5yi8_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	5yi8_validation.cif.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/5yi8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/5yi8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yi7C 3f0wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2np1-d 3np1-d 1np1-d 2gm3-6 1u18-d 3dvu-d 2oy2-d 4np1-d 1xiz-d 1nyk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein numb

B: Pon peptide from Partner of numb

ヘテロ分子

19.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein numb

B: Pon peptide from Partner of numb

ヘテロ分子

A: Protein numb

B: Pon peptide from Partner of numb

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
39.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.392, 43.392, 181.304
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Protein numb 分子量: 15905.161 Da / 分子数: 1 / 断片: PTB domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: numb, CG3779 / プラスミド: pETM3C / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P16554
#2: タンパク質・ペプチド	Pon peptide from Partner of numb / RE65495p 分子量: 3908.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q9W4I7
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.15 % / Mosaicity: 0.468 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M sodium formate, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9754 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月23日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9754 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14087 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.058 / Χ²: 0.912 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 67717

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	4.3	0.762	671	0.735	0.407	0.87	0.795	96.7
2.03-2.07	4.5	0.525	667	0.856	0.272	0.594	0.729	96
2.07-2.11	4.5	0.473	675	0.813	0.25	0.539	0.8	99
2.11-2.15	4.2	0.409	695	0.877	0.218	0.466	0.749	99.4
2.15-2.2	4.4	0.4	681	0.854	0.207	0.453	0.78	97.6
2.2-2.25	4.6	0.372	683	0.851	0.194	0.422	1.453	99
2.25-2.31	4.7	0.268	699	0.954	0.135	0.302	0.997	99.1
2.31-2.37	4.7	0.211	702	0.962	0.107	0.238	0.857	99.9
2.37-2.44	4.7	0.167	689	0.966	0.085	0.188	0.837	99.6
2.44-2.52	4.8	0.142	713	0.974	0.072	0.16	0.764	100
2.52-2.61	4.7	0.115	690	0.985	0.058	0.13	0.836	100
2.61-2.71	4.7	0.094	726	0.985	0.048	0.106	0.843	100
2.71-2.84	4.6	0.075	678	0.987	0.038	0.084	0.861	99.6
2.84-2.99	5	0.061	704	0.994	0.03	0.068	0.894	98.7
2.99-3.17	5.3	0.05	713	0.994	0.024	0.056	0.933	99.6
3.17-3.42	5.2	0.044	724	0.996	0.021	0.049	0.992	99.3
3.42-3.76	5.2	0.039	707	0.996	0.018	0.043	1.103	97
3.76-4.31	5.1	0.033	725	0.997	0.015	0.037	1.031	98
4.31-5.43	5.6	0.034	754	0.998	0.016	0.038	1.013	98.8
5.43-50	5.1	0.03	791	0.998	0.014	0.034	0.849	95.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3F0W

3f0w

解像度: 2.001→36.796 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2274	699	5.03 %
R_work	0.1911	13198	-
obs	0.1929	13897	97.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.09 Å² / B_iso mean: 30.8975 Å² / B_iso min: 13.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.001→36.796 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1222	0	3	53	1278
B_iso mean	-	-	41.56	31.58	-
残基数	-	-	-	-	162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1246
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.951	1676
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	184
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	218
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.825	743

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0005-2.155	0.2937	127	0.2081	2454	2581	93
2.155-2.3718	0.2687	148	0.2035	2568	2716	98
2.3718-2.7149	0.2423	151	0.1968	2670	2821	100
2.7149-3.4201	0.2134	143	0.1969	2667	2810	100
3.4201-36.8027	0.2011	130	0.1792	2839	2969	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.3949	1.7864	2.9915	2.3947	-1.3853	2.8115	0.0536	0.2185	-0.1696	-0.5836	0.2239	-0.1014	-0.0774	0.6414	-0.2533	0.329	-0.1368	-0.0051	0.4183	-0.0395	0.2361	16.7455	-11.4557	-31.5564
2	1.8945	0.643	-0.6969	1.8614	-0.3198	1.7413	-0.0308	0.3602	0.1409	-0.0754	0.1238	-0.1354	-0.2411	0.196	-0.0846	0.1306	-0.0808	-0.0483	0.1941	0.0231	0.1697	17.506	-6.382	-13.8373
3	4.6448	0.9162	0.1057	5.9415	2.4787	5.8599	-0.065	0.1194	-0.0709	-0.1613	0.0994	0.4226	0.1116	-0.3803	-0.0332	0.1651	-0.0619	-0.0188	0.1183	0.0511	0.2025	8.7056	-15.7161	-7.1504
4	0.5084	-0.8179	0.5718	2.5898	-1.7126	1.2265	-0.0237	0.1127	-0.005	0.1845	0.0508	0.0041	-0.7785	0.2138	-0.0586	0.1962	-0.1213	-0.031	0.2104	0.0094	0.2368	17.0348	-1.2835	-10.7826
5	4.0601	-2.232	0.5778	8.595	1.9463	3.4926	0.0433	-0.0738	0.4471	-0.0047	0.065	-0.7634	-0.4891	0.7087	-0.1472	0.2547	-0.1528	-0.0298	0.4952	-0.0093	0.3934	24.9759	-2.7434	-13.141
6	3.7188	0.0387	0.1443	3.4852	0.6923	3.5258	-0.023	0.2071	0.1134	0.1583	0.12	0.4143	0.1068	-0.1899	-0.0644	0.1281	-0.0438	-0.0092	0.1858	0.0539	0.1739	11.6166	-13.8706	-14.965
7	3.735	0.1614	-0.1301	3.6005	0.1402	4.9437	-0.0607	0.2285	-0.1696	-0.0725	0.0493	-0.2249	0.1962	0.3813	0.0011	0.1326	-0.0697	-0.0292	0.2114	0.0065	0.1872	17.7006	-13.0386	-16.1303
8	6.9837	0.4394	1.4239	5.5269	-2.9871	8.449	-0.0965	-0.7354	-1.0465	-0.2409	0.3348	0.9036	0.6837	-1.3716	-0.1673	0.329	-0.1739	-0.0634	0.4249	0.0234	0.4029	3.5004	-18.2346	-19.674
9	6.1878	-4.4591	5.6773	5.7457	-3.6194	5.9206	0.1386	-0.2271	-0.2928	-0.076	-0.084	-0.6066	0.5925	0.7918	-0.1067	0.2209	0.0809	-0.05	0.3556	-0.0225	0.3375	21.1501	-22.6926	-16.6648
10	3.6762	2.1215	-0.4598	4.2843	0.3766	0.9223	-0.1318	0.3736	0.0553	-0.2959	0.2684	0.5686	0.0423	-0.1689	0.1887	0.2673	-0.1544	-0.0736	0.2049	0.0967	0.2686	47.9901	-26.5321	-2.1772

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 64 through 77 )	A	64 - 77
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 78 through 93 )	A	78 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 94 through 111 )	A	94 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 112 through 124 )	A	112 - 124
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 125 through 143 )	A	125 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 144 through 158 )	A	144 - 158
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 159 through 201 )	A	159 - 201
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 131 through 135 )	B	131 - 135
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 136 through 145 )	B	136 - 145
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 149 through 159 )	B	149 - 159

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